先是卫尉萧懿为征虏将军、豫州剌史，从历阳（今安徽和县）走小路讨伐寿阳（今安徽寿县）的叛军。崔慧景叛乱后，东昏侯派密使告诉萧懿回京平叛。萧懿率军主胡松、李居士等几千人从采石（今安徽当涂县西北）上岸，驻扎在越城（今江苏南京市南），举火，台城的军民看见，都击鼓欢呼。崔恭祖先曾劝慧景派二千人阻截西岸的官军，使其无法渡江，慧景以为台城旦夕即降，那时外面的救兵自然会逃散；现在勤王义师已到近前，崔恭祖要求出击，慧景不允许。后来便派儿子崔觉率精锐部队几千人渡南岸。义师在黎明时进攻，几次战斗，战士都将拼死冲锋，崔觉终于大败，投秦淮河而死的有二千多人。崔觉独自骑马败回，拆断朱雀桥阻挡义军。当天夜里，崔恭祖与勇将刘灵运赴台城投降。崔慧景军心大乱，乃带着几个亲信偷偷逃走，想往北渡过长江。城北的军队不知道情况，还在战斗。城内官军出击，杀死几百人。萧懿的义师渡河登上北岸。崔慧景的残余部队才全部逃走。慧景围攻台城共12天，军队分散在建康城的很多地方，也不修筑营垒。等到他逃走时，大家逐渐逃散。崔慧景单马跑到蟹浦，被渔父所杀。
