为此，希特勒命令，中央集团军群应强渡第聂伯河与西德维纳河，向斯摩梭斯克方向实施钳形攻击，并占领该市；南方集团军群应兵分3路：一部围歼文尼察以西的苏军，一部向东南方向进攻，阻止苏军后撤，一部向基辅挺进；北方集团军群则继续向列宁格勒进攻。博克的部队在完成战役的第一阶段战斗后，博克就指挥自己的部队马不停蹄地向前攻击。博克命令：集中兵力向斯摩棱斯克方向实施主要突击，围歼苏军斯摩棱斯克集团，并夺取奥尔沙、维捷布斯克、斯摩棱斯克三角地带。
斯摩棱斯克是俄罗斯的西部重镇，战略地位十分重要。距莫斯科仅400公里，素有“莫斯科门户”之称，是历代兵家必争之地。1812年，拿破仑率领法军入侵俄国，就是经由这座古城进入莫斯科的。德军将领们企盼着能重温拿破仑的旧梦。
苏军虽然拼死抵抗，但是立足未稳的苏军又没有完备的防御体系，无法抗拒德军强大装甲部队的进攻，在德军接连不断的钳形攻势和不断地分割、包围下，被各个击破，德军于7月16日占领了斯摩梭斯克，通往莫斯科的门户被打开了。西南方向的形势也不妙。斯大林认为，西南方向是德军进攻的主要方向，他把苏军大部分兵力部署在乌克兰，设立了两个方面军：南方方面军、西南方面军。其数量超过巴甫洛夫的西方面军和西北方面军两个方面军的总和。西南方面军由基尔波诺斯指挥，编成内有第5、第6、第26和第12四个集团军，南方方面军由秋列涅夫指挥，编有第18、第9两个集团军。
尽管苏军在乌克兰地区部署了重兵，但是在德军的突然打击之下，苏军猝不及防，未能抵挡住德军的进攻。到9月初，苏军已经被迫退守乌克兰首都基辅。克莱斯特和古德里安指挥的两支装甲大军如两根利箭在基辅南北两侧齐头并进，进至第聂伯河后转头相向推进，准备将基辅兜进德军的大包围圈。
朱可夫认为，德军气势凶猛，最好趁德军尚未合围之机，主动撤出基辅，以保留实力。
斯大林的心情真是糟透了，战争局势很不好，自己的家人也陷入了德军的魔掌。据日丹诺夫报告，他的长子雅科夫，也就是苏军第14装甲坦克师第14榴弹炮团的连长，不幸被德军俘虏。
斯大林对自己的儿子的被俘有些不安。雅科夫万一挺不住，被摧垮了，按德国人的意志在广播和传单里乱说一气，这不仅将对自己的声誉有极大的损害，而且会对正拼死抗战的苏联军民的士气以很大的打击。在此前一天莫洛托夫曾告诉他，说瑞典红十字会主席通过瑞典使馆带来口信：问是否要委托他或其他什么人采取行动解救他的儿子。斯大林内心非常矛盾。
此刻，见朱可夫说要放弃基辅，就很不耐烦地拒绝了朱可夫的建议。他厉声打断朱可夫的话说：“要放弃基辅？要将部队撤出基辅？撤退，撤退！我们丢掉了拉脱维亚、立陶宛全部，白俄罗斯一部，以及乌克兰、摩尔达维亚的一部分，俄罗斯的西部也丢掉了，我们还要撤退，我们要撤到什么时候？现在德军已成了强弩之末，为什么我们不能再坚持一下子呢？再说，我们的人民在注视着我们，美国人、英国人乃至世界人民也在关注我们。美国政府对我们充满了疑虑，他们不相信我们会把战线稳在列宁格勒、斯摩棱斯克、基辅以西，我们必须做到这一点，这样，我们才能获得我们最需要的武器和物质援助。如果我们把基辅丢了，谁还相信我们，谁还肯帮助我们！”
斯大林一想到基辅的局势，就想起西南方向总指挥的布琼尼。布琼尼是久经考验的老元帅了，他恐怕是当前苏联最有经验的军事家了，他怎么也与朱可夫一样主张放弃基辅了？不管怎么样，基辅是不能丢的。
最后，斯大林下令，不许后退，不许炸毁桥梁，一定要守住基辅。而且他要求基尔波诺斯要实施更加积极的战术，对敌发起反攻。这样，苏军西南方面军错过了避开合围和保存实力的最后时机。
9月15日，德军完成了对苏军西南方面军第21、第5、第37和第26集团军的合围。
9月17日晨5时，方面军军事委员会再次向斯大林请求撤离，斯大林仍旧不许突围。
情况已经十分紧急，9月17日黄昏前，军事委员会不顾斯大林的反对，决定让苏军突围，但为时已晚。方面军司令部也与各集团军失去了联系，被德军分割、包围的苏军各自为战，虽然英勇奋战，但仍未能挡住德军的猛烈进攻。19日，苏军被迫放弃基辅。20日，苏军西南方面军司令员基尔波诺斯上将、军事委员会委员和参谋长等高级将领在突围中阵亡。有66万多人被俘，800余辆坦克和3000余门火炮被德军击毁或被缴获。
在北路，德军已经突破了苏军在拉脱维亚—俄罗斯边界的防线，占领了列宁格勒的西南门户普斯科夫，与位于拉多加湖西北的芬军主力遥相呼应，列宁格勒已经处在德芬军队的南北夹击之中。列宁格勒好像已成为德军的囊中之物。
气急败坏的斯大林给负责西北方向防御的伏罗希洛夫打电话。
“伏罗希洛夫吗？普斯科夫怎么又丢了？你们打算撤到哪里？撤到北冰洋上去吗？”
伏罗希洛夫手里紧紧握着话筒，头上冒出一层细细的汗珠。他轻声表示决心说：“普斯科夫我们丢了，但请放心，我们一定想办法重新夺回来。”
但是，自己用什么去阻止德军的凶猛进攻呢？改组后的列宁格勒军事领帅机构虽然围绕列宁格勒筑了3道防线，但因兵力不足，各条防线兵力薄弱，其中最外面的以卢加城为中心的，南起伊尔门湖西岸西姆斯克，沿卢加河一字摆开，至卢加河出海口金吉谢普，全长300公里的卢加防线，只有4个正规步兵师、3个民兵师和一些军校学员在防守，单靠这些兵力是无法阻止德军的进攻的。
想到这，他犹疑了一下，向斯大林请求说：“斯大林同志，我清楚我的职责，我会不遗余力地去完成党和人民对我的嘱托。但是，我们这里兵力薄弱，能不能再给我调几个师来。”
斯大林颇为不快地说：“现在到处都向我求救兵，我到哪里去找这些救兵？现在我连一个营也派不出，你自己去想办法吧。”
伏罗希洛夫碰了钉子，他了解斯大林的脾气，只要他拒绝了的事，你再怎么哀求也没有用，相反还会引起他的反感，只有自己想办法了。
德军北方集团军群的主要方向应该在列宁格勒西南和南部，北部只是次要方向，而且担任北部进攻的是芬军，战斗力相对比较弱。伏罗希洛夫决定：从北方面军调出6个师又一个旅，参加卢加河一线的防御，同时动员列宁格勒人民行动起来，加固卢加防线。
苏联军民在卢加防线上拼死抵抗，使莱布的北方集团军在卢加防线前裹足不前。
在莱布的司令部里，有人建议印发请帖给各兵团和部队的司令官，邀请他们参加预定在“阿斯托里亚”旅馆举行的庆功宴，使进攻的部队以为，德军的胜利已经指日可待。莱布希望，这份请帖变成一个号召、一种奖品、一笔预支或一种提示。在各个集团军里纷纷传说，这份请帖是按照元首本人的指示印发的。
但这一切都是白费心机，莱布的部队虽然一再企图突破卢加防线，但始终没有成功。
呆在“狼穴”的希特勒再也待不住了，他决定亲自到莱布的司令部走一趟，上前线督战。
7月20日夜，希特勒的专车从“狼穴”出发，开向莱布的司令部所在地普斯科夫。
一路上，希特勒没有心思观赏外面的风景，只是一门心思看着一张北方集团军群的作战地图，目不转睛地注视着地图上一个标着列宁格勒字样的粗大黑点。
“为什么？为什么莱布在军事上背运呢？在头两个星期，战争不是都按照自己的预定计划发展的吗？现在为什么会突然出乱子呢？这个在法国战役中赫赫有名的将军为什么在苏联老百姓匆忙凑合起来的防线面前却踏步不前呢？”
老莱布身材瘦长，动作有些迟缓。他不但在军事上积有丰富的经验，而且处世圆滑。他认真研究过希特勒的性格。他知道，无论哪一个高级将领，如果引起元首怀疑，认为谁没有能力去完成自己交代的任务，他就会立即被元首赶下台。
莱布见希特勒不辞辛苦来前线，他知道这既是自己的荣耀，又是对自己的最大的不信任，自己必须小心翼翼伺候他，要不然自己的宝位就不稳了。
第二天早上9点左右，莱布带着3位将军急匆匆来到希特勒的专列上。
希特勒见莱布来了，只是冷淡地向这个已经有点老态的65岁的元帅伸了下手，并向元帅的随行人员微微颔首招呼了一下，他没有请任何人坐下。
老莱布简单介绍了一下战况，然后想向元首解释自己的部队为什么直到现在还没有突破苏军的防线。希特勒冷冷地看了一眼莱布，不耐烦地说：
“我不想听你介绍糟糕的战局，更不想听你解释！我给你两个集团军、一个航空队，给你占领布尔什维克第二首都的机会和光荣，但是你却在一条临时组织的防线面前停止了自己的步伐，这简直是给你自己丢脸，你太让我失望了！”
希特勒越说越气，他嘴唇发青，吐沫四溅。略略停了一下，稍稍缓了一口气，然后冲着低眉垂首的莱布说了句：“我们看地图去吧。”莱布听到这句话，略微松了一口气，赶紧走到地图前。希特勒开始喋喋不休说道：
“你应该停止对卢加防线的正面攻击，在防线的西翼集中力量猛攻，就是在这里，诺夫哥罗德，和这里，金吉谢普。要猛攻，不要给敌人以任何喘息之机。”
“彼得堡一定要在最近几天内拿下来，只有如此，俄国在芬兰湾的舰队才会丧失作用。如果俄国的潜水艇失去了在芬兰湾和在波罗的海上的基地，那么它们就得不到燃料，它们就片刻也支持不住了。此外，瑞典的铁矿石才能源源不断地供应我们。如果兵力不够，你可以把中央集团军群的第3装甲集群调过来。”
莱布犹疑地问了一句：“元首，你是说，德军下一步的行动重点不是放在莫斯科？而是放在北路，也就是彼得堡吗？哈尔德的参谋部不是一直鼓吹应将进攻的重点放在中路吗，在他们看来，只要占领苏联首都莫斯科，战争也就宣布结束。”
“莫斯科的确很重要，但是，现在在我看来，他只不过是一个地理概念而已，占领和毁灭莫斯科应该是大戏的尾声，在此之前，应先在南方和北方取得决定性的胜利。特别是彼得堡，这个一直令我魂牵梦绕的城市，自然是应先占领，而且要彻底毁灭它，占领和毁灭这个城市，不仅可以取得巨大的战略利益，让德国严严钉死俄国彼得大帝打开的‘欧洲之窗’，把波罗的海变成德国的内海，而且通过占领布尔什维克主义的摇篮，还能瓦解敌人的反抗意志，摧毁他们的士气。你必须尽一切力量、不惜一切代价占领它。”