关于印第安人来自何处这一历史疑问，在20世纪末，科学家通过基因研究提出了新的假说。
托马斯·莫夫在报道中说，对美洲印第安人的遗传基因进行的新研究表明，南北美洲所有的印第安人中，是在1.5万年到3万年以前从亚洲越过白令海峡来到美洲大陆的。
1990年7月27日，埃默里大学的遗传学家道格拉斯·华莱士接受记者采访时说，他们的后代在美洲分散开来，最后变成了一些完全不同的部落，例如，美国东北部的阿尔公金族，中美洲的玛雅人，以及南美洲的蒂库纳人。新的证据有力地支持了少数陷入激烈辩论的语言学家，他们一直认为，现存的600种印第安语言可能基本上同出一源。
实际上，所有的研究人员都认为，美洲的印第安人是亚洲人的后裔，是越过白令陆地桥从今天属于俄罗斯的亚洲东北部移居到北美的阿拉斯加的。学者们普遍认为，在6000年到4000年以前曾经发生过另外两次移民浪潮。这两次移民浪潮使说两种不同语言的印第安人来到了美洲。一种是纳德内语，另一种是爱斯基摩—阿留申语。说纳德内语的主要是加拿大西北部的土著，阿帕查人和纳瓦霍人也说这种语言；说爱斯基摩—阿留申语的主要是阿拉斯加和加拿大北部边陲的居民。