公元265年，司马炎代魏称帝，建立西晋王朝，史称晋武帝。为了永久统治天下，他把同姓子弟都封为王，让他们分守全国重要城邑。
公元302年，河间王司马颐与长沙司马义联合起来攻杀了司马同。这时，成都王司马颖专权辅政，任用孙惠，封他为大将军参军。不久，司马颐和司马颖联合攻杀了司马义，然后又将司马颖废掉。孙惠由于擅自杀死司马颖的门将梁俊，更换姓名潜逃。
后来，东海王司马越在下邳大举起兵，声势很大，表示拥戴皇室。孙惠对司马越抱有很大的希望，于是化名南岳逸士秦秘之，给他写了一封信。孙惠在信中称颂司马越的举兵好像是猛兽吞食一只小狐狸，高峻的泰山压一个小小的鸟卵，必胜无疑。
司马越非常赏识孙惠的文才，派人张贴榜文寻找写信人。后来终于找到孙惠，就任他为记室参军，负责军中文书工作，并参与谋议大事。此后孙惠屡次升官，受到重用。