在医生的指导下正确选择对胎儿无损害，而又对孕妇所患疾病最有效的药物。
尽量避免联合用药；避免使用尚未确定对胎儿有无不良影响的新药；药物剂量尽可能为最小量；能局部用药时尽量避免全身用药，如患有滴虫性阴道炎孕妇，选择甲硝唑阴道用药比全身用药更安全。
孕妇出现紧急情况必须用药时，尽量选用确经临床多年验证，无导致畸胎作用的药物。有可能对胎儿产生损害的药物只有在没有其他药可选，且母亲病重急需用药时才选用。但需与医生充分沟通，权衡利弊后方可使用。对于未经动物实验以及未经临床资料证实有无危害的药物尽量不用。
根据孕周大小，即胎儿所属发育时期考虑用药。如孕期3个月以内是胎儿心脏及中枢神经系统发育的重要时期，用药要特别慎重，可以推迟治疗的，尽量推迟到这个时期以后。
不是只有药物会导致畸形发生，还要注意其他各种致畸的可能因素，在和医生咨询时不要忘了让医生给予详细的解释。
用药前注意说明书中有无对孕妇血清药浓度以及对胚胎胎儿毒性的说明。
根据药物对胎儿影响程度不同，选择从对胎儿影响最小的药物用起。
孕期应尽量避免不必要的用药，包括保健品。
为防止药物诱发胎儿畸形，在妊娠前3个月，不宜使用已明确对胎儿有害的药物。在妊娠后期使用一般无害的药物时也需权衡利弊。
一般情况下，已有证据证明对胎儿危险的药物，在孕期禁止使用。
分娩前数小时，避免使用可通过胎盘作用的药物，如镇静剂、安定等。
几乎能通过胎盘的药物均能通过乳腺进入乳汁，因此孕期不适宜用的药物哺乳期及新生儿期也不宜使用。
服用中药时，要根据说明书进行选择，如标明孕妇禁用或慎用的尽量避免使用。