中世纪的异端运动起源于7世纪拜占廷帝国的保罗派农民运动。保罗派宣扬二元论教义，主张取消教阶制，简化宗教仪式，废除偶像崇拜，恢复早期基督教的平等，被基督教中占统治地位的派别斥之为异端。10世纪初，巴尔干半岛兴起波高美尔派农民运动，反对教会的封建特权，要求没收教会财产，对西欧异端运动产生了直接的影响。11世纪下半叶，意大利、法兰西、弗兰德尔、德意志等西欧地区的农民和城市市民，先后进行了反抗罗马教会封建神权统治的异端运动。异端运动不否定基督教的信仰，而是谴责教会的腐化，否认罗马教皇的权威。西欧异端运动的主力军是城市市民和平民，主要异端派别有意大利的阿诺德派、英国的威克里夫派、捷克的胡司派和圣杯派、德国的再洗礼派、法国的阿尔比派等。12世纪—13世纪初，异端运动发展至高潮，在法国阿尔比派的势力已经超过罗马教会。为此教皇英诺森三世组成讨伐阿尔比的十字军，此后还设立了镇压异端份子的异端裁判所。罗马天主教会和世俗封建统治者对异端运动的残酷镇压，并没有阻挡异端运动的继续。法国南部、意大利北部和西班牙的华尔多派，在下层民众的掩护下一直继续活动，直到16世纪上半叶汇入宗教改革运动中。
