法国国王路易十三从1617年开始亲政，任命阿尔伯·德·吕伊纳为顾问。路易十三一方面在国内压制各地贵族的势力，另一方面加入席卷欧洲的反宗教改革运动。一时间，天主教徒在法国的布道活动十分猖獗。天主教徒不仅控制教会，而且还控制许多学校和知识舆论界。耶稣会创始人依纳爵·罗耀拉的《神性修炼》和弗朗索瓦·德·萨尔的《虔诚生活入门》等著作广为传播。他们在巴黎组成“虔诚教友派”，主张天主教绝对不妥协，驱逐异教徒。新教徒起而反抗。从1626年开始，新教徒在英国人支持下，在拉罗歇尔和朗格多克两地起兵。一场天主教和新教之间的战争重新爆发起来。胡格诺教徒的王公们，如苏比兹、罗昂、拉福尔斯等人都带领军队同国王军队作战。1621年国王军队在战斗中占优势，苏比兹被打败，逃往布列塔尼。天主教徒收复朗格多克和加龙河流域。蒙彼利埃和蒙托邦等城市的新教徒仍然在进行抵抗。
国王顾问阿尔伯·德·吕伊纳死于蒙托邦。路易十三为了避免德意志骑兵入侵，1621年同新教徒媾和。新教徒保留了拉罗歇尔和蒙托邦。他们在其他地方的要塞都削平了，南特敕令得到承认。1624年红衣主教黎塞留执政，他继续推行压制新教的政策。1626年他曾和胡格诺教徒在拉罗歇尔鉴订条约。罗昂公爵在英国支持下发动暴动。黎塞留率军从雷岛赶走英国人，包围拉罗歇尔一年多。最后新教徒被迫投降，城市被毁。1629年路易十三签署阿莱斯恩典敕令，恩赐新教徒有礼拜的自由，新教徒可以保留他们的信仰，但要在所有省份恢复天主教。新教徒不得拥有军队，要拆除一切工事，承认法王。阿莱斯恩典敕令标志法国宗教战争的结束。