一、学科意识不强
中国佛教文学作为跨学科的研究领域，需要文学、宗教、历史等各方面的知识，“中国佛教文学属于文学，因为它有文学的情感、文学的思想和文学的表现形式；中国佛教文学又属于佛教，因为它表现着佛教的教义、佛教的信仰和佛教的体验；中国佛教文学也属于历史和哲学，因为它的研究必须以以往的历史文献为基础，探讨佛教哲学中的文学、文学中的佛理与哲学”。中国佛教文学学科的特殊性导致这一学科概念的难以界定，研究内容模糊不清，长期以来这一领域的研究始终处于散兵游勇状。事实上国内外对中国佛教文学的研究起步并不晚，早在1920年梁启超先生就撰写了《翻译文学与佛典》、《佛典之翻译》等有关佛典文学的论文；1928年出版的胡适《白话文学史》的第九、十两章也对“佛教的翻译文学”作了专门论述；1932年出版的郑振铎《插图本中国文学史》第十五章对“佛教文学的输入”进行了探讨。以上三位先贤虽较早关注佛教文学，但当时更多关注的是其中的佛典文学，郑振铎先生虽然使用了“佛教文学”这一词汇，但并未有意识地提出来，事实上这一概念是20世纪上半叶由日本学者首先提出的，但当时他们对这一概念的使用还比较随便，仅把佛教经典中的的譬喻、说话之类的文字称为“佛教文学”，基本仍不出佛典文学的范囿。中国佛教文学概念的进一步深化源于1947年日本学者加地哲定的专著《中国佛教文学》，此书的出版试图进一步规范“中国佛教文学”的概念，有意识地规定佛教文学的研究内容，虽然他的定义并未得到学界的认同，但也因此深化了对中国佛教文学的认识。
二、学科队伍不专业
20世纪二三十年代较早关注佛教文学的梁启超、胡适、郑振铎诸先生都属文史研究者，这一情况一直延续至今，目前佛教文学没有自己的研究队伍，大部分是治古代史或古典文学的学者在兼治佛教文学。
学科分工愈来愈细的当今，治唐史者不谙宋史、治唐宋文学者不懂明清小说已成司空见惯的现象，研究古代史事、古典文学的学者自是难以精通佛教，而精通佛教的学者又不治文学，这种情况下杂交出来的佛教文学论文自然多是存皮毛之相，因此培养一支专业队伍已势在必行。从近几年的情况来看，佛教文学正在被越来越多人认识，而且很多高校在招硕士研究生时设有佛教文学方向，比如复旦大学、南开大学、四川大学、陕西师范大学等设有此方向。上述几所高校拥有国内治佛教文学的一些知名教授，比如孙昌武、陈允吉、项楚、周裕锴、陈引驰、吴言生等教授，他们也培养出了几批佛教文学的博士、硕士，这些博士、硕士毕业后分布在东西南北中各高校中，从师资上来说可以整合出一批专门的队伍，但目前国内学者在佛教文学的建设上殊少学科意识，而大部分此方向的研究者所在单位又无法给这批新近毕业的博士、硕士提供专门的平台，大部分毕业生只能回到古典文学的路子上。
三、佛教文学史的编写匮乏
20世纪80年代以来，与佛教文学有涉的论文越来越多，尤其是有关禅与文学的论文更是占多数，有关禅与文学的专著也相应出版了几部，这些论著使我们在佛禅与文学的关系上受到不少启发，但似乎还缺乏系统，缺乏完整的佛教文学史的观念，在这种情况下，佛教文学概念的确立、研究范围的界定本应提上日程，但直至如今仍找不出一本系统的、详尽的中国佛教文学史。依笔者所见，国内最早撰写“中国佛教文学”的当属龙晦先生，他在1995年出版的《灵尘化境——佛教文学》一书中试图“拉出一个系统”，并在重视文人佛教文学的基础上不忘僧人诗文部分，还特意加上了明清小说、文艺理论与佛教部分。客观地说，龙晦先生的“系统”在当时是比较先进的，但今天看来这部书还称不上真正的“佛教文学史”，就内容而言，此书没有“佛典文学”部分，虽设有僧人诗文，但对加地哲定所“最推崇以诗偈呈现自己佛法体验境界的禅门诗偈”等禅门文学部分多有忽略。龙晦先生在引言中已经提及他原本拟书名为《中国佛教文学史》，但因条件不够而改名，从此书的原拟名中可以看出作者是在有意为中国佛教文学把脉，试图理出一个系统来。可惜的是后来的佛教文学的编写并没有沿着这本书的足迹走得更远。陈引驰先生编著的《佛教文学》颇近“文学史”的形式，该书以时间为限，对佛教文学各方面均有涉及，但基本是描述性的，论述较为简略，一些章节也显单薄，比如第九章“近世诗人与佛教”部分，在时间上包括宋元明清，但仅有三小节就完成了本章内容，宋代部分仅举了一个苏东坡，清代部分仅举了苏曼殊。这些可能受书的体例限制，整体看来仍是缺乏史的梳理和内容的划分。2006年出版的弘学《中国汉语系佛教文学》体例上是按佛教文学的内容来设立章节，分佛典文学、佛教散文、僧传灯录语录公案、佛教诗词歌谣、变文俗讲等，内容上给人以散漫的感觉，而且大部分内容是侧重于佛门作品，立论基点乃是从佛教徒出发，故而此书更像是佛经讲义，殊乏系统性和文学性。
中国佛教文学史的编写是中国佛教文学学科建设中的大事，它对于学科队伍的培养和学科建设有着重要意义；中国佛教文学史的编写是一个复杂工程，迫切需要全体佛教文学研究者的通力合作。