本区地处云贵高原南部边缘，与贵州茂兰国家级自然保护区毗邻。区内喀斯特地貌极为发育，喀斯特形态多种多样，景观奇特，生境复杂多样，生物多样性资源极为丰富，喀斯特森林保存完好，森林覆盖率达94.8％，据初步调查，区内有维管束植物173科、522属、915种，其中蕨类植物64种，裸子植物11种，被子植物840种，列入国家重点保护的珍稀濒危植物的有短叶黄衫、香木莲、伞花木、掌叶木、异裂菊等21种，还发现植物新种13个，并有翠柏、单性木兰、桂楠等稀有树种为建群种的群落分布；陆栖脊椎动物有26目、70科、260种，其中哺乳类48种，鸟类148种，爬行类47种，两栖类17种，列入国家重点保护的野生动物有豹、蟒、猕猴、穿山甲、黑熊等29种。
本区极具特色的喀斯特森林地貌在全球极为罕见，有极高的保护价值和研究价值。
广东自然保护区
物种宝库——车八岭国家级自然保护区
车八岭国家级自然保护区位于广东省始兴县东南部，面积达7545公顷，1982年经广东省人民政府批准建立，1988年晋升为国家级，主要保护对象为中亚热带常绿阔叶林及华南虎等珍稀动植物。
本区主要植被为亚热带常绿阔叶林，并保存有比较完好的原始季雨林。区内物种资源比较丰富，热带、亚热带和温带植物并存，高等植物种类近2000种，其中国家重点保护植物有观光木、伯乐树、野茶树等10多种；珍稀野生动物有20多种，其中有国家一级重点保护动物华南虎，被誉为“物种宝库”、“南岭明珠”，是理想的科研、教学基地。
内伶仃岛-福田自然保护区
内伶仃岛-福田自然保护区位于广东省深圳市境内，面积达858公顷，1984年经广东省人民政府批准建立，1988年晋升为国家级，主要保护对象为猕猴、鸟类和红树林。
本区由内伶仃岛和福田两个部分组成。内伶仃岛位于深圳蛇口区南面约10公里的海面上，陆地面积仅50公顷，岛上植被茂盛，高等植物有400多种，高等动物有猕猴等70多种，猕猴种群有数百只，在如此弹丸小岛上分布大群猕猴实属非常难得，在全世界也不多见。福田位于深圳市沿海地带，东西长约11公里，面积800多公顷，红树林和鸟类资源丰富，与香港米埔自然保护区只一水之隔。
海龟湾——惠东港口海龟自然保护区
惠东港口海龟自然保护区位于广东省惠东县境内，面积达800公顷，1986年经广东省人民政府批准建立，1992年晋升为国家级，主要保护对象为海龟及其产卵繁殖地。
本区属亚热带海洋性气候，地处大亚湾与红海湾交界处，东北西三面环山，南面濒海，为一东西长1000米、南北宽70米的沙滩带，近岸水深10-15米，海底平坦，饵料丰富，是海龟的传统产卵场，也是南海北部大陆沿岸唯一的产卵场。海龟属国家二级重点保护野生动物，由于长期随意捕杀和挖取龟卵，已面临濒危境地，该保护区的建立对保护和恢复海龟种群具有重要意义。
中国原始生态“天然氧吧”——南岭自然保护区
南岭自然保护区位于广东省乳源、连县、阳山三县境内，面积53067万公顷，由1984年建立的乳阳、大顶山、大东山、称架山四个省级保护区合并组成，并于1994年晋升为国家级，主要保护对象为亚热带森林和珍稀动植物。
本区地处南岭山脉中心地带，保存有较完整的亚热带常绿阔叶林、山顶矮林、针叶林等森林植被。区内动植物种类极其丰富多样，孕育着许多以南岭为起源中心和分化中心的特有的动植物种。区内高等植物有1417种，其中国家重点保护植物24种；动物中有哺乳类70种，鸟类125种，两栖爬行类41种，其中国家重点保护动物23种，并为华南虎的主要栖息地之一。
保护区丰富的物种资源和复杂的亚热带森林植被，是南岭森林生态系统的核心和精华，具有重要的保护价值和科研价值。
中国红石公园——丹霞山自然保护区
丹霞山自然保护区位于广东省仁化县境内，面积达2.8万公顷，1993年韶关市人民政府批准建立，1995年晋升为国家级，主要保护对象为丹霞地层、丹霞地貌与自然环境。
丹霞山是丹霞地层和丹霞地貌的命名地。丹霞地层是华南地区上白垩统丹霞组标准剖面，丹霞地貌则是中外公认的同类地貌类型的典型代表。在目前我国已发现的300多处丹霞地貌中，丹霞山是其中分布面积最大、发育最典型、造型最丰富、风景最优美的丹霞地貌集中分布区，具有特殊的学术价值、科研价值和科普教育价值，同时也是开展地质旅游的胜地之一。
湛江红树林自然保护区
湛江红树林自然保护区位于广东省湛江市境内，面积1.9万公顷，1990年经广东省人民政府批准建立，1997年晋升为国家级，主要保护对象为红树林生态系统。
本区地处雷州半岛，受热带海洋气候的影响，沿海滩涂上分布着较大面积的红树林植被，其中红树植物有12科、16属、17种，是除海南岛外我国红树植物种类最多的地区。此外，保护区内拥有数量和种类众多的鹤类、鹳类、鹭类等水禽及其他湿地动物，据初步统计，仅鸟类就有82种，其中留鸟38种、候鸟44种。
湛江红树林保护区作为我国现存红树林面积最大的一个自然保护区，在控制海岸侵蚀、保持水土和保护生物多样性等方面发挥着越来越重要的作用。
我国第一个自然保护区——鼎湖山自然保护区
鼎湖山自然保护区位于广东省肇庆市境内，面积达1133公顷，1956年经国务院批准建立，是我国建立的
第一个自然保护区，1980年加入联合国教科文组织国际“人与生物圈”保护区网，主要保护对象为南亚热带常绿阔叶林及珍稀动植物。
本区地处热带北缘，是中国南亚带季风常绿季雨林保存比较完整的地区。区内的天然森林为世界上特殊的森林类型之一，林中动植物资源丰富，种类繁多，高等植物有2400多种，属于国家重点保护植物有桫椤、苏铁、格木、野荔枝、鸡毛松等数十种。本区特有植物种类亦较多，单以鼎湖山命名为“模式标本”产于此地的植物就有20多种。保护区内复杂的森林植被和丰富的食源，为各种动物栖息和繁殖提供了理想的场所，高等动物有100余种，属于国家重点保护动物的有豹、苏门羚、蟒等。
该保护具有很高的科研价值，是开展生态系统定位研究的理想场所。
海南自然保护区
坡鹿在中国的唯一产地——大田自然保护区
大田自然保护区位于海南省东方县境内，面积达1314公顷，1980年经广东省人民政府批准建立，1986年晋升为国家级，主要保护对象为海南鹿及其生态环境。
海南坡鹿仅产于我国海南岛的西部和西南部，种群数量极少，为我国特有的珍稀濒危动物和国家一级重点保护野生动物，对研究海南岛特殊的动物区系有重要的作用。大田保护区境内分布着海南坡鹿种群得到了扩大和增殖，在保护海南坡鹿方面发挥了极其重要的作用。
海上森林——东寨港自然保护区
东寨港自然保护区位于海南省琼山市境内，面积达3337公顷，1980年经广东省人民政府批准建立，1986年晋升为国家级，1992年被列入“世界重要湿地名录”，主要保护对象为红树林生态系统。
红树林是热带和亚热带海岸特殊的森林植物群落，我国仅在南方少数省区的沿海有所分布。东寨港及其附近的海滩上尚保存有面积较大、生长良好的红树林，且红树林树种之多，为全国之最，全球红树林树种约40多种，我国分布有24种，而东寨港就有19种。
该保护区的建立对保护生物多样性和维护海湾生态平衡等方面都有重要作用。
人类的近亲长臂猿栖息地——坝王岭自然保护区
坝王岭自然保护区位于海南省昌江县与白沙县的交界处，面积达5639公顷，1980年经广东省人民政府的
批准建立，1988年晋升为国家级，主要保护对象为黑长臂猿及其栖息生态环境。
黑长臂猿是一种典型热带原始森林动物，在我国只分布于云南南部和海南岛。本区属于热带湿润气候，植被为热带雨林，境内原始森林古木参天，粗大的藤木植物缠绕在林木间，山涧溪水常年不断，林中花果四季皆有，为黑长臂猿的栖息和繁衍提供了良好的环境。
本区不仅保护了海南黑长臂猿的全部种群，也是我国唯一的以黑长臂猿为主要保护对象的自然保护区。
最“尊贵”的海岛——大洲岛自然保护区
大洲岛自然保护区位于海南省万宁县东部的海面上，面积达7000公顷（其中陆域面积达420公顷，海域面
积达6580公顷），1987年经万宁县人民政府批准建立，1990年晋升为国家级，主要保护对象为金丝燕及海洋生态系统。
大洲岛地处南海海域，属热带海洋性气候，岛上峰峦耸翠、怪石嶙峋、林木葱郁、沙滩洁白、风光秀丽，在该岛的南岭危崖险洞之中，栖息着珍稀鸟类金丝燕，为我国仅存的金丝燕栖息地。金丝燕窝为名贵的滋补品，由于长期掠夺性采摘，数量已极其稀少，经过近几年的保护，金丝种群已发展到40群左右。
该保护区的建立，对保护和恢复金丝燕种群以及近海海洋生态保护有着重要意义。