一八四0年十一月二十九日，琦善来到广州，取代了林则徐两广总督的职务。
琦善一到广州，就替英国人“伸冤”。他把广州各级地方文武官员招来，神气十足地宣布：“本大臣奉皇上谕旨，前来办理因禁烟不善招致战祸的事务。”他说到这里，扫视了一下众人的表情，然后继续说，“前些日子，我们与英军在磨刀洋交战，是怎么回事呢？”
陈连升闻声走出，向琦善禀报说：“总督大人，英军侵入我磨刀洋海域，我奉林总督之命，带三千水师，将英军赶出了磨刀洋。”
“是不是你先开的炮？”琦善问。
“总督大人，出其不意，攻其不备，方能取胜啊！”
“胡说！”琦善没等陈连升说完，就吼道，“英军原本不愿交战，可你竟然首先挑起战争，该当何罪，来人呐！”
“喳！”几个刀斧手应声而出。
“把陈连升给我推下去，斩首示众。”琦善狠狠地命令道。
陈连升连忙申辩说：“总督大人，卑职无罪。反击洋人侵犯，这是我义不容辞的责任。”
“住口！”琦善拍案大叫，“给我推下去。”
“是。”刀斧手一拥而上，刚要动手捆绑陈连升，众将领赶忙跪下给陈连升求情，纷纷诉说英国侵略者的滔天罪行。
琦善为了笼络人心，便说：“看众人面上，姑且戴罪留任，以观后效。”
“谢大人。”众将齐声谢恩。
事过之后，琦善对陈连升等爱国将领十分仇恨，深感他们是推行卖国政策的障碍，决心寻找机会除掉他们。
琦善先后采取了一系列的卖国行动。几天以后，他就逐渐撤回了防守的水师，裁减兵船三分之二，解散了所有的乡勇，拆除了设置在海口内的全部木排和铁链。这样一来，英国兵船就毫无顾忌地在我国内海横冲直撞。
琦善撤防以后，认为谈判的时机已成熟，就和义律进行了一次会谈。他奴颜婢膝地说：“义律先生，我来广州所做的事情，您都看见了，我们希望中英两国永久和平相处，自由贸易，互通有无。”
义律这个诡计多端的家伙，早已看出琦善软弱可欺，便威胁道：“英中是否休战，要看总督大人是否有谈判的诚意。”接着便提出了停战的条件，“这次战争，我方所造成的一切损失，贵国必须赔偿，仅鸦片损失费就有六百万元。此外，还要割让香港给我们，以利英中贸易。”
“这……”琦善一听义律所提的条件，不由得倒吸了一口冷气，他最后含含糊糊地说道：“贵国提出的条件，且容我们商量一下。”
义律狡猾地笑着说：“既然这样，请总督大人先在协约上签个字吧。”说着，便把早已拟好的协约摆到琦善面前。
“这……”珐善一看义律步步进逼，不容和缓，心中有些慌了，他擦着额头上的汗珠说，“希望义律先生体谅本大臣的难处，我主张暗割香港。”
“什么？暗割？哈哈，哈哈哈！”义律狂笑着说，“割让就是割让，要名正言顺地割，岂有暗割之理？总督大人，请您也体谅我的难处，如果贵国不接受我们的条件，我也不好回去交差。望大人以友谊为重，诚心相见。”
琦善苦苦哀求道：“义律先生，不是本大臣没有诚意，关于割地一事，非同小可，请容我奏明皇上，以后再……”
义律一看琦善推来推去不肯签字，就板起面孔，打断他的话说：“那好，既然大人无谈判诚意，就只好在战场上见面，我告辞了。”说完，夹起公文包，挺着胸脯，带着随从扬长而去。琦善擦着满头大汗，像泄了气的皮球一样，瘫软在椅子上。
几天以后，义律为了向琦善施加压力，又挑起战争，派兵进攻沙角炮台。沙角炮台守将陈连升，和他的儿子陈长鹏，率领六百名士兵，与好几千英国侵略者展开了殊死搏斗。由于众寡悬殊，援军又迟迟不到，最后终于全军覆没。陈长鹏不当俘虏，跳水自杀。英国侵略军由于付出了很大的代价才占领沙角炮台，所以对陈连升恨之入骨，把他的尸体剁成了肉泥。
琦善一看英军又重新开战，就慌了手脚，他惊慌失措地下命令说：“快，快传我的命令，各炮台立即撤兵，不准与英军交战，违者斩首。”
他的心腹鲍鹏凑到他的面前说：“总督大人是否应该前去调停？”
就在这时，一个士兵气喘吁吁地跑来向琦善报告说：“总督大人，我军遵照您的命令，撤出了各炮台，可英军并不罢休，他们长驱直入，已攻到了虎门炮台。”
琦善听到这个消息，吓得魂不附体，他浑身一个劲地哆嗦，再也说不出话来。鲍鹏赶紧劝那个士兵说：“知道了，你去吧，用不着大惊小怪的。”等士兵走后，鲍鹏又对琦善说，“总督大人，事不宜迟，我去了。”
琦善瘫软在椅子上，点头表示同意。
鲍鹏来到穿鼻洋，和义律签订了臭名昭着的《穿鼻洋条约》，条约上规定：赔偿烟价，割让香港，开放广州。