同时，相关性要求为限制取得的不征税收入所形成的支出不得扣除提供了依据。实施条例规定，企业的不征税收人用于支出所形成的费用或财产，不得扣除或计算对应的折旧、摊销扣除。由于不征税收入是企业非营利性活动取得的收人，不属于企业所得税的应税收入，与企业的应税收入没有关联，因此，对取得的不征税收人所形成的支出，不符合相关性原则，不得在税前扣除。
实施条例规定，支出税前扣除的合理性是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。合理性的具体判断，主要是发生的支出其计算和分配方法是否符合一般经营常规。例如企业发生的业务招待费与所成交的业务额或业务的利润水平是否相吻合，工资水平与社会整体或同行业工资水平是否差异过大。
十三、工资薪金支出的税前扣除
新企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收人有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。据此，实施条例规定，企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。同时将工资薪金支出进一步界定为企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有薪金或者非现金形式的劳动报酬；包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与任职或者受雇有关的其他支出。
对工资支出合理性的判断，主要包括两个方面：一是雇员实际提供了服务；二是报酬总额在数量上是合理的。实际操作中主要考虑雇员的职责、过去的报酬情况，以及雇员的业务量和复杂程度等相关因素。同时，还要考虑当地同行业职工平均工资水平。
十四、职工福利费的税前扣除
实施条例规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资薪金总额14%的部分，准予扣除。这与原内、外资企业所得税对职工福利费的处理做法一致。目前，我国发票管理制度尚待完善、发票管理亟待加强，纳税人的税法遵从意识有待提高，对职工福利费的税前扣除实行比例限制，有利于保护税基，防止企业利用给职工搞福利为名侵蚀税基，减少税收漏洞。
十五、业务招待费的税前扣除
业务招待是正常的商业做法，但商业招待又不可避免包括个人消费的成分，在许多情况下，无法将商业招待与个人消费区分开。因此，国际上许多国家采取对企业业务招待费支出在税前“打折”扣除的做法，比如意大利，业务招待费的30%属于商业招待可在税前扣除，加拿大为80%，美国、新西兰为50%。借鉴国际做法，结合原税法按销售收人的一定比例限制扣除的经验，同时考虑到业务招待费管理难度大，坚持从严控制的要求，实施条例规定，将企业发生的与生产经营活动有关的业务招待费，按照发生额的60%扣除，且扣除总额全年最高不得超过当年销售（营业）收入的5%。
十六、广告费和业务宣传费的税前扣除
过去，内资企业对广告费和业务宣传费支出分别实行比例扣除的政策，外资企业则允许据实扣除。实施条例第四十四条规定，企业每一纳税年度发生的符合条件的广告费和业务宣传费支出合并计算，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，不超过当年销售（营业）收入15%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。这主要考虑：一是许多行业反映，业务宣传费与广告费性质相似，应统一处理；二是广告费和业务宣传费是企业正常经营必需的营销费用，应允许在税前扣除；三是广告费具有一次投入大、受益期长的特点；四是目前我国的广告市场不规范，有的甚至以虚假广告欺骗消费者。实行每年比例限制扣除，有利于收入与支出配比，符合广告费支出一次投入大、受益期长的特点，也有利于规范广告费和业务宣传费支出。
十七、公益性捐赠的税前扣除
允许公益性捐赠支出按一定比例在税前扣除，主要是为了鼓励企业支持社会公益事业，促进我国社会公益事业的发展。新企业所得税法规定，企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。~
实施条例将公益性捐赠界定为，企业通过公益性社会团体或者县级以上人民政府及其部门，用于《中华人民共和国公益事业捐赠法》规定的公益事业的捐赠。同时规定，将计算公益性捐赠扣除比例的基数由应纳税所得额改为企业会计利润总额，并将年度利润总额界定为企业依照国家统一会计制度的规定计算的年度会计利润。这样更方便公益性捐赠税前扣除的计算，有利于纳税人正确申报，体现了国家对发展社会公益性事业的支持。
十八、资产税务处理的原则
考虑到过去在资产取得、持有、使用、处置等税务处理上税法与财务会计制度存在一定的差异，并且主要是时间性差异，纳税调整繁琐，税务机关税收执行成本和纳税人遵从成本都较高，实施条例在资产税务处理的规定上，对资产分类、取得计税成本等问题，尽量与财务会计制度保持一致，比如固定资产取得计税成本与会计账面价值基本保持一致、残值处理一致，只是在折旧年限上有所差异，这样可以降低纳税人纳税调整的负担。
在企业重组的所得税处理方面，考虑到目前企业重组形式多样，发展变化较快，所得税处理较为复杂，很难用几个简单条款把企业重组的所有形式都规范清楚，有些规定还需要根据实际经验作适当调整，为保持实施条例的稳定性，实施条例第七十五条只对企业重组所得税处理内容进行了原则性概括，具体规定将在部门规章中明确。
十九、境外所得的税收抵免
为实施“走出去”战略，提高我国企业国际竞争力，新企业所得税法保留了现行对境外所得直接负担的税收采取抵免法，同时引入了股息红利负担税收的间接抵免方式。从国际惯例看，实行间接抵免一般要求以居民企业对外国公司有实质性股权参与为前提。如美国、加拿大、英国、澳大利亚、墨西哥等规定，本国公司直接或间接拥有外国公司10%以上有表决权的股票；曰本、西班牙规定的比例为25%以上。新企业所得税法中首次引人间接抵免，税收征管经验相对不足，为严格税收征管，实施条例规定，居民企业直接持有或间接持有外国企业20%以上股份，可以实行间接抵免。
间接抵免的母子公司的层次问题，目前各国的规定有所不同，如德国、日本为两层，西班牙为三层，美国为六层，英国不限层次。考虑到我国企业的海外投资状况和我国税收的征管水平，实施条例对间接抵免的规定比较原则，具体抵免层次和计算方法等详细规定，将在部门规章或规范性文件中具体明确。
二十、优惠政策的具体范围和方法
按照新企业所得税法有关优惠的规定，实施条例对优惠范围和方法作了进一步明确。主要内容包括：一是明确了免征和减半征收企业所得税的从事农、林、牧、渔业项目的所得的具体范围。二是明确了企业从事港口码头、机场、铁路、公路、电力、水利等基础设施项目投资经营所得，给予三免三减半的优惠。三是明确企业从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，给予三免三减半的优惠。四是明确了符合国家产业政策规定的综合利用资源生产的产品所取得的收入，可以在计算应纳税所得额时，减按90%计入收入总额。五是明确了企业购置用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的投资额的10%，可以从企业当年的应纳税额中抵免。六是借鉴国际通行做法，按照便于税收征管的原则，规定了小型微利企业的标准：（一）工业企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过100人，资产总额不超过3000万元；（二）其他企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。七是明确了促进技术创新和科技进步的五个方面的优惠：第一，企业从事符合条件的技术转让所得可以免征、减半征收企业所得税。第二，国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。第三，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时再加计扣除50%。第四，创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，可以按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额。第五，企业的固定资产由于技术进步等原因，确需加速折旧的，可以缩短折旧年限或者采取加速折旧的方法。八是明确了安置残疾人员的企业支付给残疾职工的工资加计扣除100%。
二十一、农林牧渔项目减税或免税规定
对农林牧渔项目实行不同的税收优惠政策，可以更好的体现国家政策的引导作用，突出优惠政策的导向性。粮食、蔬菜、肉类、水果等农产品，关系到国计民生，是维持人们基本生存条件的生活必需品，应当列为税收优惠政策重点鼓励的对象。同时为生产此类产品的服务业也应同样扶持，因此，实施条例中将此类归为免税项目。花丼、饮料和香料作物，以及海水养殖、内陆养殖，一般盈利水平较高，也不是人们基本生活必需品，在优惠力度上应与基本生活需要的农产品等免税有所区别，因此，实行减半征收。
二十二、高新技术企业执行15%优惠税率的规定
与原税收优惠政策相比，新企业所得税法对高新技术企业优惠的主要变化，表现在以下方面：一是扩大高新技术企业的生产经营范围。实施条例将高新技术企业的界定范围，由现行按高新技术产品划分改为按高新技术领域划分，规定产品（服务）应在《国家重点支持的高新技术领域》的范围之内，以解决现行政策执行中产品列举不全、覆盖面偏窄、前瞻性欠缺等问题。二是明确高新技术企业的具体认定标准。实施条例将高新技术企业的认定标准原则化处理，对研究开发费用占销售收人的比例、高新技术产品（服务）收人占企业总收入的比例、科技人员占企业职工总数的比例以及其他条件等具体标准，放在由国务院科技、财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定的认定办法中，便于今后根据发展需要适时调整。三是强调核心自主知识产权问题。实施条例最后采用“核心自主知识产权”作为高新技术企业的认定条件之一，相对容易操作，突出技术创新导向。
二十三、非营利组织收入的征免税
实施条例从8个方面对非营利组织作了具体规定，明确了非营利组织享受税收优惠的条件。从世界各国对非营利组织的税收优惠来看，一般区分营利性收人和非营利性收人给予不同的税收待遇。考虑到按照相关管理规定，我国的非营利组织一般不能从事营利性活动，为规范此类组织的活动，防止从事经营性活动可能带来的税收漏洞，实施条例规定，对非营利组织从事非营利性活动取得的收入给予免税，但从事营利性活动取得的收人则要征税。
二十四、居民企业之间的股息红利收入
原税法规定，内资企业之间的股息红利收人，低税率企业分配给高税率企业要补税率差。鉴于股息红利是税后利润分配形成的，对居民企业之间的股息红利收入免征企业所得税，是国际上消除法律性双重征税的通行做法，新企业所得税法也采取了这一做法。为更好体现税收优惠意图，保证企业投资充分享受到西部大开发、高新技术企业、小型微利企业等实行低税率的好处，实施条例明确不再要求补税率差。
鉴于以股票方式取得且连续持有时间较短（短于12个月）的投资，并不以股息、红利收入为主要目的，主要是从二级市场获得股票转让收益，而且买卖和变动频繁，税收管理难度大，因此，实施条例将持有上市公司股票的时间短于12个月的股息红利收入排除在免税范围之外。对来自所有非上市企业，以及持有股份12个月以上取得的股息红利收入，适用免税政策。
二十五、享受税率20%税收优惠的小型微利企业的具体标准
实施条例采取了按照工业企业和其他企业分类划分小型微利企业的办法，兼顾行业特点和政策的操作管理。在具体标准上，实施条例借鉴国际做法，结合我国国情，把年度应纳税所得额、从业人数、资产总额作为小型微利企业的界定指标。不论工业企业还是其他企业，将年度应纳税所得额确定为30万元，大大高于现行标准。同时将工业企业的从业人数界定为不超过100人，资产总额不超过3000万元；其他企业从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。
二十六、公共基础设施的优惠
重点基础设施投资大，回收期长，关系国计民生，实施条例规定，对企业从事港口码头、机场、铁路、公路、电力、水利等项目投资经营所得，给予三免三减半的优惠。与原来的“两免三减半”相比，减免期限作了适当延长，缓解基础设施建设初期的经营困难。
原外资企业所得税法规定以获利年度为企业减免税的起始日，在实践中出现了一些企业用推迟获利年度来避税的问题，税收征管难度大。实施条例规定了从企业取得第一笔生产经营收人所属纳税年度起计算减免税起始日的新办法，可以兼顾项目投资规模大、建设周期长的情况，较原内资企业从开业之日起计算减免税优惠，更为符合实际，也促使企业缩短建设周期，尽快实现盈利，提高投资效益。
二十七、汇出境外利润的预提税
为解决改革开放初期我国资金不足，吸引外资，原税法规定，对汇出境外的利润暂免征收预提所得税。按照国际通行做法，来源国对汇出境外的利润有优先征税权，一般征收预提所得税，税率多在10%以上，如越南、泰国税率为10%，美国、匈牙利、菲律宾、哥伦比亚的税率分别为30%、20%、15%、7%。如果税收协定规定减免的，可以按照协定规定减免，如我国与美国的协定税率为10%、内地与香港的安排为5%(25%以上股权）或10%。