生态环境和自然资源是经济发展的基础。“九五”期间要加强生态环境保护和建设。依法保护并合理开发土地、水、森林、草原、矿产和海洋资源，完善自然资源有偿使用制度和价格体系，逐步建立资源更新的经济补偿机制。
（1）生态保护和建设：“九五”期间，要继续大力开展植树种草、防沙治沙、改良草场、水土保持等工作，有效保护和恢复生态环境；要重视对热带森林、天然林、湿地、生物多样性丰富地区和生态脆弱区等特殊生态系统的保护。
实行“谁开发，谁保护；谁破坏，谁恢复；谁利用，谁补偿”的原则，加强资源开发活动的环境管理，重视旅游资源和旅游区的环境保护，加速推行环境影响评价等行之有效的环境管理制度。
2000年，基本建立自然保护和自然资源管理的法规体系，初步实现资源的合理开发与利用；基本控制自然生态恶化加剧的趋势，部分地区有所改善，生态建设开始步入良性发展。
新增森林面积998万公顷，森林覆盖率达到15．5％，平原农田全部实现林网化；治理水土流失面积2500万公顷；治理沙漠化面积343万公顷；治理和建设草地1830万公顷。
造林绿化，要以增加森林资源、保护和改善生态环境为目标，以防护林体系工程建设为基础，“九五”期间造林3300公顷，初步构筑起绿色生态屏障，发挥森林在生态环境建设中的主体作用。
加快森林资源培育和用材林基地的建设，提高森林资源的数量和质量，重点建设速生丰产林基地，增加用材林蓄积量，缓解木材供需矛盾，减轻对公益性森林资源的压力。
加快大型防护体系的建设，重点建设“三北”、长江中上游、沿海、太行山绿化、平原农田防护林体系工程。“九五”期间启动黄河中游防护林体系、淮河太湖流域防护林体系、珠江流域防护林体系、辽河流域防护林体系工程。
以解决农村能源短缺、保护植被、加快脱贫致富为目标，大力发展经济林和薪炭林。
合理开发利用资源，发展林业工业，促进林业建设的良性循环。
水土保持是改善生态环境和实现山区人民脱贫致富的基础。“九五”期间继续大力开展七大流域水土保持工程建设，重点加快黄河中游和长江中上游水土流失严重地区治理步伐，目标是：黄河流域，治理水土流失面积625万公顷；长江流域，治理水土流失面积720万公顷；珠江流域，治理水土流失面积125万公顷，海河流域，治理水土流失面积235万公顷；淮河流域，治理水土流失面积120万公顷；松花江、辽河流域，治理水土流失面积285万公顷；其他流域，治理水土流失面积390万公顷；治理华北平原、东北平原盐碱地面积200万公顷。
（2）农业和农村环境保护：紧密围绕2000年农业发展目标，抓好农业生态环境保护。大力发展生态农业，控制农田污染和农药化肥对水环境的污染，力争做到农业环境污染和生态破坏加剧的趋势得到基本控制，重点地区农业环境质量有所改善，农业资源得到保护和合理利用，促使农业走上高产、优质、高效和发展道路；乡镇环境质量和农民居住环境得到改善，与小康生活水平基本适应。
每年耕地净减少量控制在20万公顷；建设50个生态示范区，200个生态农业县，耕地面积1300万公顷；建设农村能源综合建设县300个，年能源开发和节约能力增加2000万吨标准煤；化肥流失率降低到60％，可降解地膜使用量达到30％；建设农业系统各类保护区98个；建设有机食品和绿色食品生产基地1000个，面积1000万公顷，产品种类达2000种以上；农畜水产品农药残留超标率低于2％。加强法规建设，依法管理环境。制定农业环境管理法规和标准，健全农业环境管理体系，加快农业环境监测网建设，完善农业环境监测总站和50个农牧渔各行业的中心站，建设和配套150～200个基层站，实现监测工作常规化。
努力控制农业污染。对10个农业环境重点污染区进行综合整治。防治农用化学物质污染，有效施用化肥，加快农药新品种研制开发，增加高效低残留的新品种产量，农药年用量控制在25万吨（折纯量）。推广病虫害的综合防治和生物防治。防治畜禽养殖厂的粪便污染和水产养殖带来的污染。
2000年，大中型畜禽养殖场粪便处理率达到60％以上。
大力开展生态农业建设，发展高产、优质、高效农业，使生态农业成为促进我国农业持续、快速、健康发展的中坚模式。
节约和保护耕地。落实《基本农田保护条例》，依照有关规定将必须保护的耕地划入基本农田保护区，增施有机肥料，推广配方施肥技术。防治农畜水产品污染，开发生产无污染产品，建设有机食品和绿色食品生产基地。建立农业环境重点保护区，保护农作物和畜牧业的品种资源和野生种源，保护农业生物多样性。建立遗传基因库，开展农业生物多样性的研究与开发利用。开展乡镇环境综合整治，改善乡镇环境和农民居住环境。保护渔类资源，重点保护影响渔业资源的产卵场、索饵场、洄游通道、越冬场等重点渔业水域。大力开展生态渔业示范区建设，建设10个内湾生态渔业示范区。
（3）自然保护区和生物多样性保护：加快建立和完善全国自然保护区网络，进一步扩大自然保护区的数量和面积，形成类型齐全、不同级别、布局基本合理、面积适宜、建设与管理初步协调的自然保护区网络。加快自然保护区建设和珍稀濒危物种的就地保护，积极开发物种迁地保护和可持续利用技术，建立一批国家级珍稀濒危物种的迁地保护和繁育基地，加强对珍贵濒危物种进出口和野生动植物资源开发利用的监督管理，有效保护生物多样性。
建成自然保护区（包括风景名胜区和森林公园），面积达到一亿公顷，占国土面积的10％，其中国家级自然保护区130个。
建设以保护大熊猫、白暨豚、银杉、金花茶等珍稀濒危野生动植物为对象的自然保护区、具有国际意义的湿地自然保护区以及自然生态系统保存完整的西藏羌塘、青海可可西里、内蒙古科尔沁、海南东沙群岛珊瑚礁等自然保护区。
从抢救和保护生物多样性出发，加紧建设热带、亚热带等生物多样性丰富地区和人口密集地区的自然保护区。加强草原和草甸生态系统、海洋和海岸生态系统、地质遗迹、古生物遗迹等类型的自然保护区的建设。
建立和完善国家级珍稀濒危动物驯养繁殖基地，建设国家级珍稀濒危动植物物种基因库和各类物种、生态环境和遗传资源数据库，保护和开发作物和家畜以及野生缘种的遗传资源。
建设国家级生物多样性保护开放研究室和珍稀濒危野生动植物保护研究实验室。