长期以来人们一直认为肉鳍鱼类是四足动物的祖先，甚至矛尾鱼不具内鼻孔的事实，也曾被推测为次生性的退化消失。但近年来，在这一方面却有着相当惊人的新发现。
云南早泥盆纪地层发现的杨氏鱼无内鼻孔亦不具鼻泪管等现象引起人们的关注。经检查前人研究描述过的标本，真掌鳍鱼、孔鳞鱼、雕鳞鱼、威尔士王子鱼等均与杨氏鱼有类似的情况。通过观察研究证明，过去认为总鳍鱼类具有卵圆窗的证据不足，过去推测为耳柱骨足板的成分也只是脑颅侧壁的一部分。这些发现对于总鳍类是四足动物祖先的推论的基础提出了挑战。
近年关于突变论的研究，间断平衡论、分支系统学、板块学说等一系列理论的出现，已经在一定程度上对渐变论提出了修正。在四足动物起源上也有不少问题须待解决，如有人重提肺鱼类可能是有尾两栖类的祖先的论点就与原先认为的孔鳞鱼类是有尾两栖类祖先和骨鳞鱼类与无尾两栖类有关的说法完全不同。不过四足动物的祖先是谁的问题还将深入下去。如果有人仍然认为总鳍类是四足动物的祖先，那就需要重新寻找证据，因为旧有的证据已被证明是不存在了。