（4）要继续加强与房地产有关部门的配合，严格按照财政部、国家税务总局、国家国有资产管理局《关于转让国有房地产征收土地增值税中有关房地产价格评估问题的通知》（财税字［1995］61号）、国家税务总局和国家土地管理局《关于土地增值税若干征管问题的通知》（国税发［1996］4号）、国家税务总局和建设部《关于土地增值税征收管理有关问题的通知》（国税发［1996］48号）等联合发文的要求，加强部门之间的配合和协作，共同搞好土地增值税的征管工作。
二、土地增值税的纳税地点
土地增值税的纳税人应向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。
“房地产所在地”，是指房地产的坐落地。纳税人转让的房地产坐落在两个或两个以上地区的，应按房地产所在地分别申报纳税。
在实际工作中，纳税地点的确定又可分为以下两种情况。
（1）纳税人是法人的。当转让的房地产坐落地与其机构所在地或经营所在地一致时，则在办理税务登记的原管辖税务机关申报纳税即可；如果转让的房地产坐落地与其机构所在地或经营所在地不一致时，则应在房地产坐落地所管辖的税务机关申报纳税。
（2）纳税人是自然人的。当转让的房地产坐落地与其居住所在地一致时，则在住所所在地税务机关申报纳税；当转让的房地产坐落地与其居住所在地不一致时，在办理过户手续所在地的税务机关申报纳税。
三、土地增值税的纳税申报时间
（一）一次性付款转让房地产
土地增值税的纳税人应在转让房地产合同签订后的7日内，到房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并向税务机关提交房屋及建筑物产权、土地使用权证书，土地转让、房产买卖合同，房地产评估报告及其他与转让房地产有关的资料。
（二）以分期收款方式转让房地产
对于以分期收款方式转让房地产的，主管税务机关可根据合同规定的收款日期来确定具体的纳税期限。纳税人按照合同约定的收款日期和当地规定的预征率先预交，全部售房款收完后进行清算，多退少补。
（三）项目全部竣工结算前转让房地产
纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本核算或其他原因，无法据实计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行结算，多退少补。主要涉及以下两种情况。
1.预售
纳税人以预售方式转让房地产的，对在办理结算和转交手续前就取得的收入，税务机关也可以预征土地增值税。具体办法由省级地方税务局根据当地情况制定。
对纳税人预售房地产所取得的收入，当地税务机关规定预征土地增值税的，纳税人应当到主管税务机关办理纳税申报，并按规定预征率预交土地增值税，待办理决算后，进行清算，多退少补；当地税务机关规定不预征土地增值税的，也应在取得预售收入时先到税务机关登记或备案。
2.部分转让
纳税人进行小区开发建设的，其中一部分房地产项目因先行开发并已转让出去，但小区内的部分配套设施往往在转让后才建成，在这种情况下，税务机关可以对先行转让的项目在取得收入时预征土地增值税。
（四）房地产开发企业因经常发生房地产转让而难以在每次转让后申报的税收政策
国税函［2004］938号文件规定：
（1）取消《土地增值税暂行条例实施细则》第十五条第一款对土地增值税纳税人因经常发生房地产转让而难以在每次转让后申报的，定期进行纳税申报须经税务机关审核同意的规定；
（2）纳税人因经常发生房地产转让而难以在每次转让后申报，是指房地产开发企业开发建造的房地产、因分次转让而频繁发生纳税义务、难以在每次转让后申报纳税的情况，土地增值税可按月或按各省、自治区、直辖市和计划单列市地方税务局规定的期限申报缴纳；
（3）纳税人选择定期申报方式的，应向纳税所在地的地方税务机关备案。定期申报方式确定后，一年之内不得变更。
四、房地产开发企业土地增值税的清算
（一）清算基本政策
土地增值税清算，是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税清算申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。
由于房地产项目开发周期较长，成本与费用的确认与收入难以及时配比，土地增值税采用的是先预征后清算的征收模式。财政部、国家税务总局于2006年3月2日下发了《关于土地增值税若干问题的通知》（财税［2006］21号）文件明确规定，对未按预征规定期限预缴税款的，应根据《税收征管法》及其实施细则的有关规定，从限定的缴纳税款期限届满的次日起，加收滞纳金。
财政部、国家税务总局对土地增值税的清算工作予以了高度重视，相继制定《国家税务总局国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发［2006］187号）、《不动产、建筑业营业税项目管理及发票使用管理暂行办法》（国税发［2006］128号）、《土地增值税清算管理规程》（国税发［2009］91号）、《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函［2010］220号）等文件以规范土地增值税的清算工作。
（二）土地增值税的清算单位
（1）以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算；
（2）对分期开发的项目，以分期项目为单位清算；
（3）开发项目中同时包含普通标准住宅和非普通标准住宅的，应分别计算增值额。
土地增值税以纳税人房地产会计核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。在这里需要首先研究什么是土地增值税的成本核算对象。《房地产开发企业会计制度》规定，企业应根据本企业的经营特点，选择本企业的成本核算对象。房地产开发企业一般以每一独立编制设计概算和施工图预算的单位工程作为成本核算对象，即以每栋独立的房屋作为成本核算对象；对同一开发地点、结构类型相同、开竣工时间相近，并由同一施工队伍施工的群体开发项目，也可合并作为一个成本对象。如果房地产企业以每栋独立的房屋作为成本核算对象的话，结合国税发［2006］187号文件的规定“开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额”。如果房地产企业以开发小区作为成本核算对象，同样也适用该文件的规定。这一点非常重要，因为只要能把普通标准住宅和非普通标准住宅分别计算增值额，就可以执行《土地增值税暂行条例》对普通标准住宅的优惠政策，增值率不大于20%的免征土地增值税。
知识链接
土地增值税清算时不同性质开发产品盈亏能否互补
某房地产开发企业开发了一栋商住混合楼，住宅中有普通标准住宅及非普通标准住宅，如果普通标准住宅分开计算时增值额为负数，是否可以不分普通标准住宅及非普通标准住宅，合并在一起计算土地增值税？
普通住宅与非普通住宅应当分别核算：
国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发［2006］187号）规定，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
国家税务总局《土地增值税清算管理规程》（国税发［2009］91号）规定，清算审核时，对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税［1995］048号）规定，对纳税人既建普通住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用《土地增值税暂行条例》第八条（一）项的增值额不超过20%免税的规定。
以上是政策的原则性规定，目前清算的实践中，确实存在自愿放弃普通住宅免税优惠从而降低整体开发产品增值率以便适用较低的土地增值税率的情况。但这样做也减少了税款支出，所以是否可以合并计算，还需要当地主管税务机关的认可。我们建议贵公司与当地主管税务机关充分沟通以寻求良好的清算方式。
（三）土地增值税的清算条件
1.应当进行土地增值税清算的项目
第一，房地产开发项目全部竣工、完成销售的。
第二，整体转让未竣工决算房地产开发项目的。
本项规定适用于房地产企业转让在建项目的情况，转让已进入建筑物施工阶段的“在建项目”应当按“销售不动产”计算缴纳土地增值税。
第三，直接转让土地使用权的。
转让土地使用权包括转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，都要进行土地增值税的清算。
第四，纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。这是一项常规政策，企业在向工商行政机关办理注销登记之前，应当先与税务机关结清所涉及的所有税款，注销税务登记。
凡符合应办理土地增值税清算条件的纳税人，应在规定日期内向主管地方税务机关提出清算税款申请，并据实填写《土地增值税清算申请表》，经主管地方税务机关核准后，即可办理税款清算手续。纳税人清算土地增值税申请不符合受理条件的，税务机关不予核准，将有关资料退回纳税人，并说明理由。
2.可要求纳税人进行土地增值税清算的项目
第一，已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的。
开发项目达到上述标准的，税务机关可以要求纳税人按照转让房地产的收入与扣除项目金额配比的原则，对已转让的房地产进行土地增值税的清算，未转让的部分在实际转让时再进行土地增值税的清算。
第二，取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。此项规定主要是针对有的房地产企业借口整个项目未销售完毕而不进行土地增值税清算的情况，当取得销售（预售）许可证满三年时，税务机关可以要求企业对已经销售的部分进行清算。
第三，省税务机关规定的其他情况。
凡主管地方税务机关要求纳税人办理土地增值税清算手续的房地产开发项目，主管地方税务机关应签发《土地增值税清算通知书》送达纳税人。纳税人在接到《土地增值税清算通知书》之后，在规定时间内，填写《土地增值税清算申请表》报送主管地方税务机关，进入清算程序。
（四）土地增值税清算时的相关问题
1.土地增值税清算时收入的确认
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
2.房地产开发企业未支付的质量保证金，其扣除项目金额的确定问题
房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
3.房地产开发费用的扣除问题
（1）财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
（2）凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。
（3）房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条（一）、（二）项所述两种办法。
（4）土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
4.房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费的扣除问题
房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
5.房地产开发企业取得土地使用权时支付的契税的扣除问题
房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
6.关于拆迁安置土地增值税计算问题
（1）房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发［2006］187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
（2）开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发［2006］187号第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
（3）货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
7.关于转让旧房准予扣除项目的加计问题
《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税［2006］21号）第二条第一款规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
8.土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题
纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。