随着风势逐渐减弱，在科林伍德到达之后的整整40分钟，纳尔逊才乘坐“胜利”号赶到法西联合舰队。英舰“胜利”号的辅助帆一直挂到最后一刻，它以最快速度前进，途中遭到了敌舰的炮火攻击。随着它的靠近，火炮的命中率也越来越高，它的中桅和转向轮也被击落。
英舰“胜利”号敌舰从“布森陶尔”号和“敬畏”号中间穿过时实施了报复，双弹和三弹火炮打裂了法国旗舰的舰尾。这几艘法舰离得很近，“胜利”号从中间经过的时候，它的索具碰到了法国军舰的索具。英舰“胜利”号向“敬畏”号的舰首发射右舷火炮，然后沿着它的右舷侧航行。当“胜利”号的舰炮向这两艘军舰持续开炮的时候，“敬畏”号战斗桅楼里的射手也在向它的上层炮台甲板开炮。下午1点25分左右，纳尔逊正是被“敬畏”号战斗桅楼里的大炮击中，同时被击中的还有上层甲板上的很多人。英舰“胜利”号竭力阻止下面的水手和海员登到船上来。
“胜利”号后面紧跟着“鲁莽”号。“鲁莽”号军舰遭到临时拼凑起来的法西联合舰队的第二个横队的“海王星”号的猛烈轰击，这使“鲁莽”号偏离航线并失去控制。在目标出现时，“鲁莽”号的炮手不断开炮，将火力对准右边的法舰“敬畏”号，还有左舷舰首处的“海王星”号。下午1点40分左右，“敬畏”号漂移到了“鲁莽”号那里，被英国水兵紧紧咬住，因而无力回击“鲁莽”号的炮火。英国人登上“敬畏”号并将其俘获。这里，“鲁莽”号发现法舰“烈火”号穿越浓烟向它驶来，于是在近距离内向其发射右舷炮。这艘已经毁坏的法国军舰撞到“鲁莽”号的右舷舰首。“鲁莽”号的船员把“烈火”号的倒下的后桅绑在他们的船上，并将其作为通道，登上并俘获了这艘军舰。
英舰“海王星”号出现在高高耸起的法舰“圣提希玛·特立尼达”号旁边，其分布在三层甲板上的98门大炮正对着英舰的四层甲板上的136门大炮。英国人本来是不太可能取胜的，但是他们英勇无畏，“圣提希玛·特立尼达”号最后被迫投降。一如“巨人”号和“征服者”号那样，英舰“海王星”号在经过“布森陶尔”号时，也向其发射了一枚舷炮。这艘法国旗舰里面一定是地狱般的景象。在它投降后，一位海军上校前来接管，他还接管了毫发未损的法国总司令维伦纽夫，并把他送交到英舰“火星”号。
尽管交战双方都受到了损失，但是法西联合舰队显然还有更多军舰。如果这些军舰均能加入战斗，英国人就会感到很大压力了。在投降之前，维伦纽夫发出命令，要求军舰调转方向支援战场中心。但当时海面上没有一点风，他们不得不用小船将舰首移向右转，这些军舰才缓慢地向中心移动。
从法西联合舰队中驶出的5艘军舰向西航行，准备接近纳尔逊的小舰队的侧翼。在他们的行动被发现时，英舰“阿伽门农”号和“埃贾克斯”号正要进入战区中心的主战场。尽管如此，这两艘军舰还是向靠近它们的法舰齐射舷炮。纳尔逊方面的最后两艘军舰是“弥诺陶尔”号和“斯巴达”号。它们转到迎风的方向上，穿过“T”字形的行进编队，扫射法西舰队“非凡”号的舰首，这艘船是海军少将皮埃尔·杜马诺瓦·佩里（1770～1829年）的旗舰。然后它们又占据了杜马诺瓦的军舰之间的阵地，这是战役的中心区，也是很多严重被毁的英国军舰所在的地方。杜马诺瓦似乎是要去援助最初编队中的靠后的那些法西军舰。这时，他看到科林伍德命令6艘英国军舰组成一个松散的战斗编队来迎击他，法西联合舰队海军中队的最后一艘军舰上的海军中将费德里科·格拉维纳（1756～1806年）也已经退出战役。于是，杜马诺瓦继续向直布罗陀海峡航行，接着又掉转方向，前往罗谢堡。格拉维纳带领10艘军舰成功抵达加的斯的安全地带。
法国战舰“阿基利”号的爆炸标志着特拉法加海战的结束。这艘战舰与英舰“亲王”号激烈交战时，前桅楼着火，紧接着一枚舷炮把主桅打落下来，火势开始迅速蔓延。从那时起，爆炸就是不可避免的了，最终大火的高温引燃了火炮。尽管如此，英舰“亲王”号还是小心避开爆炸，把小船放入水中前去营救法国水兵。爆炸发生在下午5时45分左右，法舰“阿基利”号上的500名船员中只有100名获救。
两位指挥官对最终结果的预测基本是准确的。英国人俘获或摧毁的拿破仑战舰不少于18艘——纳尔逊本来希望是20艘。胜利来之不易，英国的主要战舰也损失惨重，很多战舰的桅杆都被打落，不得不拖回基地。纳尔逊的上风纵队的伤亡人数为571人，科林伍德的下风纵队为1120人，法西联合舰队大约超过6000人。准确的数字无据可查，大概西班牙的30艘战舰中有8艘被击沉，法国的70艘战舰中有13艘被击沉，而英国战舰无一艘被击沉。这场战役对西班牙影响深远，使这个国家无法镇压其南美殖民地的独立运动。法国的损失小一些，保留了充足的海军后备力量，迫使英国很难封锁它剩余的中队，而且皇家海军要想追击并消灭护卫舰中队和那些掠夺国际贸易的战时私掠船也不大容易。此外，在国内外的英属船坞工作的英国工匠们忙碌了数月，修复那些在战争中受损后勉强驶回港口的战舰。
战役分析
纳尔逊战略的成功提出了一个问题：英国的纵队为什么要切断法国的战舰编队？显然，这是因为从法西战舰编队中穿过必然会有效阻止“切入口”顺风方向的那些军舰快速掉头加入战斗。虽然英国的步兵横队习惯于在陆上击败法国纵队。但是横队在海上安全航行必须留下间隙，当最近的敌舰过于接近这个间隙时，横队的火炮就无法向敌舰开火。为了使横队能够在海上击败纵队，临近“切入口”的军舰需要在英国军舰刚刚靠近横队时，就能够将它们的火炮架起来瞄准开炮。如果军舰的设计没有大的变化，要想使更多的火炮瞄准船头或船尾，那么就需要法西联合舰队改变阵形，与英国军舰平行航行。在某种程度上，有一些法西军舰确实是这样做的。法舰“烈火”号在战役开始时就采取了这种战术，它在“圣安娜”号一侧航行，同时向英舰“皇家主权”号开火。在使用这种战术的时候，战役变成了一场势均力敌的混战。但是随着越来越多的英国军舰陆续抵达，它们在数量上占据了优势，法西联合舰队的军舰就陷入了困境。
维伦纽夫还可以采用另一种战术，即双纵队阵形，将第二列横队和第一列横队形成一个棋盘格阵形。这样第二列就能够在英国军舰扫射法西联合舰队第一列横队时轰击英国军舰。在特拉法加海战中，法西联合舰队尾部的许多军舰就采取了这种战术，但结果却没有什么两样。纳尔逊的计划破坏了法西联合舰队这种设想——他选择好攻击目标，然后在相对较短的时间里，将他的大部分舰队力量集中于少部分敌舰。
纳尔逊还拥有一支训练更为有素、经验更为丰富的军队，在这方面他占有绝对优势。令人遗憾的是，对于法国人维伦纽夫而言，尽管他执行了拿破仑的计划，将军舰集结在一起，但是对于他已经清楚地认识到的问题，却找不到解决办法。特拉法加海战是横帆帆船时代的最后一场重大战役。
遥远的战场
这并不是说，其他小规模的战役不能给所向无敌的皇家海军提供有益的教训。法国及其同盟国仍然拥有大量军舰，皇家海军则想极力缩减兵力。然而拿破仑关注的是大陆事务，所以把重大的海军规划弃之一边。帝国舰队在基地等待时机，当主要的英国海军中队在这些基地外围密切观察的时候，护卫舰的舰长则在寻找和自己的军舰同等规模的俘获对象。
小型武装船只能够获得“捕拿特许证”，这是长期以来的一个海战传统。特许证赋予这些船只合法的权利去攻击敌方军舰，并且可以把捕获的货物或舰船作为奖赏。如果没有这种捕拿特许证，他们的行为就被视作海盗行为。这类船的船长往往在精心挑选的商船航线上巡航，只有当船舱装满捕虏的货物，或者船员人手缺乏时，这些船只才返回国内。这一时期船员人数的不足或是因为疾病，或是因为需要人手将捕获的船只驶回国内。随着贸易的全球化，这些私掠船在全世界各地航行，寻找掠夺对象。
英国作为最大的全球贸易商，遭受了太多的掠夺。英国将其海上力量都集中在组织战舰编队击败法国战舰上，因而没有足够的小型船只来反击世界各地的私掠船。尽管如此，英国的远征船队仍装载了各种能够获得的物资，目的是攻击法国的海外基地。
通往印度的商船航线（绕过非洲南部，再沿着东北方向横渡浩瀚的印度洋）为世人所知，具有重要意义。有利的是，这条航线的两边是南非的荷兰属殖民地，再往下是毛里求斯和留尼汪岛。不利的是，荷兰那时是拿破仑欧洲帝国的一部分，毛里求斯被法国占有，其港内停泊着一支非常活跃的私掠船中队。英国军队在开普敦登陆，仅仅靠一次武力炫耀就占领了这个殖民地。更为有效的计划是接管毛里求斯和留尼汪岛。在19世纪的联合行动模式中，英国派遣一支步兵力量（英国本国的军队加上东印度公司的英印联合军队）来攻占和驻守沿岸基地。同时，海军部队对付敌舰并提供支援。但这并不是什么新计划，200多年来，英国和其他的欧洲大国始终是这样做的。
到1810年6-7月时，法国在这个地区拥有3艘护卫舰，即“贝洛”号（40门火炮）、“米涅瓦”号（40门火炮）和“维克托”号（22门火炮）。7月3日，它们袭击了东印度公司的3艘800吨的商船。这些商船是当时最大的商船，还有一些建造得更大，重达1400吨的商船。此外，这些船的构造比海军护卫舰的构造更坚固，肘板和零件所用的材料是铁质，而非橡木。除了服役时间最长的由印度制造的英国海军“胜利”号护卫舰之外，东印度公司船队中超过半数的船都被定在1400吨这个吨位上，越来越多的船只在孟买建造，使用的材料是柚木，这种材质在热带水域比橡木要好。
尽管与传统的护卫舰相比，大商船的体积更大，但是它的武器装备却略轻。一艘800吨的大商船能够装载重达3218磅的火炮。除非为了装载货物（这是真正的目的），船上没有真正的军舰所要求的作战船员或空间，否则这样的武器装备的重量是相当可观的。法国海军中队俘获了两艘这样的大商船，如“赛伊伦”号和“温德姆”号。
然而，营救已经开始。在英国这两艘舰船被俘获之前，一支英国舰队就已经在距离毛里求斯以东720公里的罗德里格斯岛集结。护卫舰“博阿迪西亚”号（38门火炮）和“海上仙女”号（36门火炮）载着3650人的英印部队，准备为运输船护航。它们起航的日子恰巧与那两艘船被俘获是同一天。这是一个偶然的巧合。3天后，这支小舰队与另外几艘军舰会合，它们分别是“天狼星”号（36门火炮）、“伊菲吉妮”号（36门火炮）和“魔术师”号（36门火炮）。法国军队在留尼汪岛四周的不同地点登陆，以最小的伤亡占领了这个岛屿。法国海军中队的大部分军舰继续前进，袭击位于留尼汪岛东南、大港口对面的帕塞岛。按照计划，该岛将会成为一个安全的作战基地，用来防御附近的其他岛屿。8月14日，英国军队在稍作抵抗之后该地就被占领，接着法国海军中队疏散开来继续侵袭。在此期间，只有英国海军上校（后来成为海军少将）内斯比特·威洛比（1777～1849年）指挥的“海上仙女”号留在帕塞岛。
留尼汪岛海战（1810年）