E-6A“水星”潜艇通信中继机在美国海军中服役，用于在战争情况下，确保国家指挥当局有效的与弹道导弹核潜艇、攻击核潜艇通信联络。
1986年首架E-6A制造成功，次年首飞。1989年两个TACAMO中队，即VQ-3和VQ-4中队，全面换装了15架E-6A，上述E-6A保留了E-3A的抗电磁辐射结构，通信中继设备基本照搬了原有的EC-130设备。
由于E-6A具有空中加油能力而航程增大、续航时间长、速度快、升限大，执行任务的能力和质量比EC-130有明显的改进。另外E-3A的原型为波音707客机，机体庞大，载重大，E-6A承继这些优点，便于进一步的加装设备和改进。
E-6A机体、发动机、飞行性能类似于E-3，当然E-3巨大的雷达天线罩被取消了，有75%的机体与E-3相同，这里不过多描述。总的来说与波音707-320B客机相似，采用推力106.8千牛的CFM-56-2A-2发动机。机舱类似E-3A，分3个区。翼前区包括四人机组驾驶舱、食品储存间、厨房、就餐间、洗手间，以及有8个折叠床的休息间，以便搭乘轮班乘员。
机翼段为8人值勤室，C3（指挥、控制、通信）中央操纵台及其它操纵台位于该段，操纵员中包括一名空中控制军官。翼后区为设备舱，内有收发机柜、发射机、拖曳天线及其收放绞盘、降落伞、设备的备件和行李间。机舱右侧有跳伞门。
E-6A的通信中继系统为TACAMO AN/USC-13系统，由中央控制台、发射/接收机系统、甚低频功率放大器、天线耦合器和双甚低频拖曳天线组成。中央控制台有4个座位，集中控制各个分系统工作。全机机组18人。
E-6A的发射/接受系统可接受来自本土指挥中心、海军甚低频岸基站、总统使用的E-4国家紧急空中指挥所、各空中指挥所发出的甚低频上行信号；高频收发机组可提供空对空、空对地通信能力；特高频范围内则可与空军卫星通信系统、海军舰队卫星通信系统或任一视距话音通信系统连接。语音通话系统包括AN/ARC-182甚高频/超音频保密话音通讯台。
AN/ARC-190高频通讯台，卫星通讯用超高频天线安装在翼尖舱。上述指挥指令由E-6A的信息处理系统处理，然后转入下行线路，进行加密、抗干扰调制编码。接着甚低频功率放大器和天线耦合器将信号放大到200千瓦以上，调谐至双拖曳天线上。其最主要的通讯设备为功率200千瓦的超低频电台，信号通过可由绞盘收放的长7925米的收放式拖曳天线发出。
双拖曳天线一长一短，长天线上发射功率较大。一条由机尾伸出，另一条由机身后腹部伸出。在不发报时天线收入机体内。天线一头有重量为41千克的稳定喇叭罩，天线与稳定喇叭罩重495千克，全部放出后阻力为8.9千牛（907千克）。稳定喇叭罩在气动力下可控制天线呈现合理的角度。在通信时拖曳天线由后机舱地板上的开口放出。飞机绕小圈轨道盘旋，天线接近垂直地下垂。作为偶极子的短拖曳天线长1220米从尾锥放出。由拖曳天线发出的信号能由潜艇拖曳天线接收。另外从机身前背部到垂尾尖端拉有一条固定天线。
导航系统包括LTN-90激光陀螺导航、LTN-211奥米加导航系统、AN/APS-133气象雷达。翼尖舱有AN/ALR-66（V）4电子支援系统，可提供威胁信息、敌我识别和威胁的方向与大致的距离。
美海军的核潜艇可在最佳深度通过潜艇尾部的拖曳天线接收TACAMO传来的信号，不需上浮，从而大大减少了被敌方发现的几率。核潜艇也可以发出一个通信浮筒，将甚低频天线拖到水面，改进通信效果。
目前美海军认为TACAMO系统是现有的最能抗核打击、最具灵活性的潜艇通信中继手段，将继续对其加以投入、改进。进一步改进主要是采用蓝绿激光技术，蓝绿激光可穿透海水，是理想的潜艇通信手段。该技术即可用于卫星对潜通信，也可用于飞机对潜通信。
E-6A衍生出了E-6B双重任务飞机。B型于1997年服役，1998年形成战斗力，所有E-6A在2003年前将改进为B型。B型具有A型所有的作战能力，即对潜通信。B型的改进之处在于加装了“空中发射控制系统”，能够控制陆基洲际弹道导弹发射的指令和通信，从而起到了美国核力量空中指挥所的作用。全机机组人员增至23人，外观上脊背增加了一个天线罩。
2002年初，波音公司将波音737客机改进型号所使用的“玻璃座舱”，移植到了E-6B上。新的座舱使海军能够更有效的使用国际民用航空组织现有航线和管制系统。现有E-6B的座舱将全部进行改进，新的座舱设备包括平板数字显示器和双重飞行管理系统。由于采用了商业产品，因此E-6B座舱的维护性大大改善。2005年完成所有改进工作。
此外雷声公司还将为E-6B安装新的战场管理、指挥、控制和通信任务设备，使该机型具有与海军主要的机载战略指挥和控制系统通信互联的能力。雷声公司的新设备总重量比以往的系统要小。新的通信系统可提供与高速DSL数据传输方式相同质量的数据链接，并具有保密通信能力。
2003年1月，改装后的E-6B开始联合测试。目前任务系统和座舱显示系统都得到了升级，将提升任务航电系统的能力、提供更强的数据处理能力、增加飞机的可靠性和维护性。任务系统升级后具有自动数据处理、按需分配多址等功能。系统还综合了一套定相阵列天线系统，增加了宽带数据能力。
机上增加了互联网协议发送程序安全网络和互联网协议发送程序非安全网络功能，主要包括2台独立机载服务器（机密和非机密）、通过指令管理的局域网通信链接访问地面服务器、便携电脑的空中用户界面、Ku波段（高速）上传链路和DAMA或Northstar网下传链路。
座舱升级内容是安装了以波音777和737-700下一代航电技术为基础的多功能显示器系统（MDS）。MDS将能提供最先进的通信、导航和监视能力。
2004年5月，美海军表示E-6B将进行航电和任务系统升级。第I批次改装将弥补旧系统的缺陷和功能退化，为E-6B飞机提供开放式系统结构。改装内容包括采用数字式空中内部通信交换系统和内部通信系统、任务计算机设备以及超高频指挥、控制和通信系统。电源和冷却系统也将作改进，以提高其起飞前、飞行后和地面待战的使用效率。
E-6B是美国执行战略信息和机载指挥任务的特种飞机。CAE公司将于2008年夏天向位于Tinker空军基地附近的LINK公司训练设施交付满足D级性能的E-6B作战飞行训练器。该训练器将用于训练美国海军飞行员、副驾驶员和飞行工程师。该模拟器装有CAE“奖章-6000”可视系统，将支持对机组人员全天候作战和空中加油等特殊任务场景的训练能力。
2006年12月，波音公司已完成第16架也是最后一架E6-8“水星”指挥飞机的改进工作，将在今后几天内交付给美国海军。该机的改进包括一个类似于新一代波音737飞机玻璃驾驶舱的现代化新座舱，以及一个先进通信系统包，可为机组提供更快的数据处理、更好的通信系统性能和态势感知。
E-6B是美海军潜艇群的通信系统中继飞机和战略机载指挥飞机，是在波音707飞机的基础上发展的，最初在1989～1992年间交付。E-6B飞机改进项目涉及两个合同，总金额1.8亿美元，除上述改进要求外，还要求降低飞机的总重量，改进其可维修性，并满足“全球空中交通管制”要求。
E-6A的通信中继机翼展45.16米，机长46.61米，机高12.93米，机翼展弦比7.2，机翼面积283.4米2，主轮距6.73米，前主轮距17.98米。
使用空重78378千克，载油量70305千克，最大起飞重量155128千克；冲剌速度981千米/小时，巡航速度（12000米）842千米/小时，巡逻高度7620～9150米；升限12800米，机场临界长度2042米，作战任务航程（不空中加油）11760千米。不空中加油续航时间10.5小时，一次空中加油续航时间29小时，多次空中加油续航时间72小时。