随着金针菇大面积的推广栽培，国内绝大多数已采用塑料袋替代玻璃（塑料）瓶栽培金针菇。
培养料的配制和瓶栽的相同。但在配制培养料之前要先将粗的木屑过筛，以防刺破塑料袋。另外，由于袋口比瓶口大，水分容易散失，袋栽的培养料含水量要比瓶栽的略大一些（以不低于70％为宜）。
装袋可分手工装袋和机器装袋，目前绝大多数以手工装袋为主。由于不小心塑料袋容易刺破，影响成品率，因此，装袋场所的地面要平整，操作人员的指甲要剪平。装袋的方法是先把少量的培养料装入袋内，用食指把袋的两个角压入袋内，做成有四个角的底部（现在有的塑料厂已生产有四个角的塑料袋供应市场），并压紧袋内培养料使之站稳。然后再继续装料，并用手指压实、压平。装好料的袋要求四周光滑、均匀，使袋成为圆筒形。如果袋的表面凹凸不平、空隙大，子实体往往容易在此处发生，影响培养料表面子实体的发生量。17厘米×33厘米的聚丙烯塑料袋以每袋装300～350克为宜，15厘米×33厘米的聚乙烯塑料袋以每袋装250～300克为宜。料装多了造成浪费，料装少了影响产量。袋口采用塑料套环塞棉塞，也可简化用塑料绳扎口。为防止在搬运时箩筐底部及四周硬物刺破塑料袋，要在筐内垫上牛皮纸或塑料膜。
有条件的可购买装袋机，以减轻劳动强度，提高劳动效率（每小时可装500袋左右）。机器装料松紧度适中，不易刺破塑料袋。