暂时不使用的菌种应及时保存，否则菌丝会很快衰老，降低活力，影响产量和质量。菌种保存的常见方法有斜面低温保存法、液体石蜡保存法和木屑试管保存法等。有条件的还可用液氮罐保存法和冷冻真空干燥保存法。现介绍3种较实用的保存法。
（1）斜面低温保存法。将斜面试管菌种存于4℃～6℃的冰箱里，一般每2～3个月转管一次。农村如无电冰箱，可用石蜡封口试管，再用塑料薄膜包封或装在密闭的广口瓶内，悬在井底保存。
（2）液体石蜡保存法。在斜面试管内，注入1层无菌的液体石蜡，使菌丝与空气隔绝，试管口用塑料薄膜包扎，放在室内干燥处（不必放冰箱），一般也可放1年以上。
（3）木屑试管保存法。用木屑或麦粒，按原种培养基方法配制，装入大号试管中，容量为管高的2／3，塞紧棉花塞后再用牛皮纸包扎管口，高压蒸汽灭菌后接种，25℃～28℃条件下培养到长满菌丝，移入低温干燥环境保存。如埋在尿素、硝酸铵或地洞中存放效果更好。