培养料配制的好坏直接关系到产量的高低。以种平菇常用的原料棉籽壳为例，必须选用无虫、无霉变的新鲜棉籽壳，使用前烈日下曝晒2～3天。拌料时按干重加石灰1％～2％。料水比为1∶1.2～1.5。
料拌匀后堆成高1～1.5米，宽0.8～1米，长不限的堆，再用木棒在堆中纵横穿2～3个孔，覆盖塑料薄膜堆置发酵。当料温上升到60℃时进行翻堆，必须将上部分的料翻到下部去，外部的料翻到里面去，堆的大小和第一次相同。当料温再次升到60℃时，发酵可告一段落，在料堆四周可喷洒无公害农药以杀死四周潜伏的菇蝇类及螨类等害虫。