接种以后要根据气温采取相应的管理措施。温度低可堆得高一些、堆得紧一些。若气温超过25℃，应将菌袋散置或以井字形堆放3～4层，堆与堆之间要留出35～40厘米的距离（兼作人行道），以利散热。当料筒所发出的热量超过平菇所能耐受的温度极限时，轻者菌丝生长停滞不前，重者会发生烧菌现象，菌丝发黄死亡。接种以后防止菌袋烧菌是早秋平菇袋栽成功与否的关键所在。
一般播种后2～3天就可以明显地看到接种菌块的菌丝恢复生长，色泽逐渐浓白，并向两侧蔓延。袋内温度逐渐上升，并超过环境温度，特别是超过30℃时就应采取强制通风措施，使其温度迅速下降。一般播种后10天左右菌袋内的料温基本能稳定下来。
翻堆是菌丝培养期间的一项重要工作，一般5～7天翻1次，使堆内菌袋受温均匀，发菌整齐，出菇一致。
在第一次翻堆时应用缝纫机针在接种层部位扎通气孔，横向每隔5厘米扎1针，针深0.5～1厘米，以利通风换气。若发现菌丝不吃料，应查明原因，采取相应措施，妥善处理。若发现有杂菌污染，可单独放置或单独处理，不得随意乱放。
装袋接种后如果气温低，在管理上就要以保温发菌为重点，将接种后的菌袋以井字形堆成8～10层高，1～1.2米宽，长度视栽培量而定的菌堆，并在上面覆盖薄膜保温。