栽培中经常用的滑菇菌种是从滑菇和出滑菇的菇木上分离得到的。将滑菇或出滑菇的菇木在无菌条件下取一点，经过药剂消毒和无菌水清洗，放入事先做好并经过灭菌的试管培养基上，在25℃～28℃条件下培养12～15天就可使用。但是一般菇农使用的菌种都是经过科研人员分离后进行出菇试验和国家相关部门审定后才进行销售和使用的。分离所用的滑菇是鲜滑菇。
菌种好比农作物的种子，在食用菌生产中起着关键作用，菌种优劣是食用菌生产成败的关键。优良的菌种，可以提高产量，保证质量，降低成本。没有优良菌种，轻则产量低，重则失收。滑菇生产的制种技术和其他食用菌生产制种过程基本相同，一般包括4个方面：
1菌种筛选选种。包括纯种分离、生理测定、出菇试验、发掘新菌种。
2菌种选育育种。即用诱变、杂交、遗传工程、原生质融合等育种技术来培育新菌株。
3菌种保藏。目的是使优良菌种不老化，不退化，不污染，不死亡。
4菌种复壮。如果菌种出现衰退现象，设法恢复其原有的优良特性。通过选种、育种、保藏、复壮方法，获得并保持优良菌种。