菌丝是指滑菇等食用菌的丝状营养细胞，菌丝的聚集体称为菌丝体。食用菌菌丝多为有隔膜的双核菌丝。由单核孢子直接萌发而成的菌丝称为初生菌丝，又称为一次菌丝、单核菌丝。这种菌丝较细弱，分枝不多，生活期也较短，一般不能形成子实体。可亲和的初生菌丝进行质配，就形成每个细胞中具双核的次生菌丝，也叫二次菌丝、双核菌丝。这种菌丝粗壮，分枝多，可长期生活，不断繁衍，当条件适宜达生理成熟时就扭结形成担子果。参与子实体组成的菌丝称为三生菌丝或三次菌丝，包括生殖菌丝、骨架菌丝和联络菌丝三种。
在麦芽汁琼脂培养基上生长较好的滑菇菌落为浓密的棉绒状，较短，气生菌丝不繁茂，最初呈白色，逐渐变成奶黄色、淡黄色；在培养基靠近管壁的上方有时可见网状菌丝束，有黄褐色色素沉着，菌丝生长缓慢。