利用低温降低微生物的代谢活动速度，抑制其生长繁殖及菇体内各种酶的活性是食用菌速冻保藏的基本原理。低温对微生物及食用菌中酶的影响有：
（1）低温对微生物的影响。微生物生长繁殖都具有最高、最适及最低三个生长温度。在最适温度条件下，代谢最旺盛，生长繁殖最快；当高于最高生长温度时，代谢活动减慢直至死亡；当低于最低生长温度时，代谢活动减慢直至休眠，一般不会引起死亡。在生产实践中，要杀死微生物时常用高温，而要保存微生物时常用低温。实际上，微生物对低温有着极强的忍耐能力，有些能适应低温的微生物如嗜冷菌，即使在冰点左右的温度下，仍具有一定的生长繁殖能力，而大多数微生物在迅速冷冻的情况下，即使在液氮温度下（-178℃）仍不会死亡。但是缓慢冷冻可杀死许多微生物的营养体而对其孢子及芽孢损害较小。这是因为缓慢冷冻时，尤其是在-12℃～-2℃条件下，微生物细胞内常形成大量冰结晶，可刺破其细胞膜，导致其细胞内溶物外流，最终死亡。
综上所述，尽管冷冻可以杀死许多细菌，但不是所有细菌。冷冻保护了食用菌，同时也保护了多种微生物，其中包括一些致病菌如肉毒杆菌、伤寒杆菌等。因此，食用菌速冻保藏主要是通过降低微生物代谢活动，抑制其生长繁殖来实现的，而且食用菌冷冻前的清洁和解冻后的及时食用是非常必要的。
（2）低温对酶活性的影响。酶是生物体内的一种特殊的蛋白质，是生物体内酶促反应的催化剂。在食用菌贮藏期间其活动会导致食用菌风味的改变及褐变现象的产生，但生物体内的酶对高温较敏感，一般在80℃～90℃时就可破坏其结构，使其失活，而对低温的耐受能力往往高于其对高温的耐受能力，低温并不能完全破坏酶的活性，只能减缓酶促反应速度。所以，在食用菌速冻保藏过程中，对菇体适于进行漂烫处理的最好进行漂烫处理，以利用高温，破坏菇体内酶的活性，阻止酶促反应及褐变现象的产生。而对于漂烫处理会影响风味、外观的菇类应尽量降低保藏时的温度，一般需维持在-18℃以下，就可明显地抑制酶活性，满足食用菌在速冻保藏时的需要。