清朝末年同治光绪年间，曾发生过好几起奇案、冤案，杨乃武与小白菜的案件就是其中一件，甚至被称为晚清四大奇案之一。杨乃武与小白菜一案发生在清同治十二年（1873年）。浙江省余杭县余杭镇发生了一起命案，豆腐店伙计葛品连暴病身亡。他的妻子毕秀姑和秀才杨乃武作为犯罪嫌疑人，被严刑逼供后招认罪状。杨乃武家住余杭镇，33岁时中了举人。为人正直，爱打抱不平，所以看不惯余杭镇的知县刘锡彤的一些做法，两人因此结下积怨。刘锡彤怀疑杨乃武与葛品连的妻子毕秀姑通奸，怕事情败露一起用毒药毒死葛品连，于是将杨乃武和毕秀姑二人拘押，并严刑逼供，使两人屈打成招，被判死刑。杨乃武的姐姐杨淑英、妻子詹氏不服，屡屡上诉，但都因为刘锡彤贿赂上下，官官相护，使此案依旧维持原判。但这个案子惊动了朝廷中一批主持正义的官员，他们联名上诉，要重查此案。慈禧太后亲自过问此案，朝廷下旨，由刑部开棺验尸，真相大白，冤案才得以昭雪。
家住余杭镇的葛品连在豆腐店打工，靠赚取微薄的收入养家，毕秀姑18岁和葛品连成婚，人长得漂亮，常穿绿白衣裙，人送外号“小白菜”，小白菜和葛品连结婚后租住杨乃武的房子。杨乃武和毕秀姑经常往来，两家相处得很和睦。因为杨乃武中过秀才，能识文断字，所以秀姑会经常到杨乃武家聊天，杨乃武也教她识字。这样时间久了，街坊邻居就开始有闲言碎语了，大家开玩笑说“羊吃白菜了”。这些话传到葛品连耳中，他心里很不是滋味，也开始怀疑起来，于是搬出杨家。十月初七的那一天，葛品连觉得不舒服，浑身发热，双膝红肿，毕秀姑劝他不要去豆腐坊干活了，在家里面好好休息一下，他不听仍然坚持去豆腐坊帮工，初九的早晨回到家里，就开始浑身发抖，体内有寒症，喉咙中好像有东西堵着，口里还吐出了白沫，毕秀姑托人买来东洋参和桂圆熬成汤给他服下，但仍不见好转。把医生找来，说是痧症，开了处方，服用之后仍不见效果，一直到晚上气绝身亡，家人悲痛万分，给他换了衣服，尸体并没有什么异样。
直到初十那天晚上，尸体开始有变化了，口鼻中有淡淡的血水留出来，葛品连的干娘怀疑是中毒而死，于是告到衙门要求验尸。知县刘锡彤听说后亲自率领验尸的官员前往验尸，验尸的人叫沈祥，他早和刘锡彤商量好了，把血水灌入葛品连口和鼻子中认作“七窍流血”，银针在咽喉处试探后拿出见有青黑物，认作是服毒致死。于是将毕秀姑抓进大牢，逼她承认与杨乃武私通后谋杀亲夫。秀姑不认，于是他便用夹手指的刑具残酷地夹秀姑的手指，秀姑忍受不住便承认了与杨乃武私通，然后用买来的砒霜毒死丈夫。刘锡彤随即传杨乃武对质，杨乃武不承认，大骂知县诬陷人。虽然杨乃武是新科举人，本不该用刑，但刘锡彤和上面打好了照面，然后对杨乃武动用重刑，杨乃武也被迫承认了。刘锡彤认为案子已经基本属实了，然后将验尸结果和审讯的情况报到杭州知府，杭州知府陈鲁听信知县的一面之词，对杨乃武又施以酷刑，逼他录口供。杨乃武只得被迫胡编一通，说是以毒老鼠为借口，到钱宝生药铺买来四十文钱的砒霜，交给毕秀姑，让她投毒的。为了获得钱宝生卖砒霜的旁证材料，刘锡彤回到余杭镇传讯钱宝生核对，但钱宝生声称自己家开的是小店铺，根本没有卖过砒霜。县衙的人对钱宝生威逼利诱，让他大胆地承认，不会连累他，要是不承认的话，杨乃武的证词中提到了他，一定会加重治他的罪。钱宝生于是作了伪证，还开出了卖砒霜的票据。杭州的知府陈鲁见到三个证据都齐了，就上报给浙江巡抚杨昌睿，杨昌睿认为案情属实，以“谋夫夺妇”罪上报刑部执行。杨乃武不忍心含冤受刑，于是在狱中写下诉状，申诉冤情，让自己的姐姐杨淑英带出去上访。
杨淑英和杨乃武的妻子詹彩凤，带着诉状一同上京到督察院控告，结果无人理会的二人反而被押送回浙江。第一次上诉失败后，杨淑英找到了杨乃武在杭州的同学吴以同，当时吴以同住在胡雪岩家中，正巧当时的兵部侍郎夏同善期满回京，路过杭州，胡雪岩为他饯行。在席中吴以同说出了杨乃武的冤情，夏同善答应回京后有机会的话定会帮忙。随后，杨淑英和詹彩凤又第二次来到京城，夏同善介绍她们遍访了三十多位浙江籍在京官员，并将写好冤情的状子投递到刑部。夏同善又联系到翁同龢，将案子的内情说给了慈禧太后。朝廷下旨派礼部侍郎胡瑞澜为钦差，到杭州复审此案。刘锡彤得知此事后，买通了上面的人，所以此案的审理仍然用大刑，杨乃武的两个腿都夹断了，毕秀姑的手指也被彻底夹断了，两个人在重刑之下再次含冤受诬，胡瑞澜将案子报到刑部。刑部却发现案情有疑点，有多处不符合常情，于是奏报到朝廷，又令胡瑞澜重审，并下旨这次会审不准动刑。杨乃武和毕秀姑这次虽然拼死翻供，但因为重要证人钱宝生已经病故，无法对质，案子还是无法重新审判。
吴以同又联合浙江三十多士人联名奏请，请求将犯人押到京城审问，夏同善等京城的多名官员一同在慈禧太后面前为此案说话。朝廷下旨将此案的卷宗、人犯、证人连同葛品连的尸体一起押运到京城，刘锡彤也一同前往，刑部、督察院和大理寺一同会审，杨乃武详说了案情的经过，否认和毕秀姑通奸的事，更不承认投毒。毕秀姑也口呼冤枉，照实直说。又审问了尸亲及证人，提审了验尸的沈祥、药铺伙计等人，他们都意识到案情的严重性，一一供出实情。接着，又开棺验尸，发现尸身确属病死，并非中毒身亡，蒙冤三年多的案件终于真相大白了。
二月十六日，清廷下谕，革去刘锡彤余杭县知县职务，发配边疆赎罪。杭州知府陈鲁、宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼、锡光草率定案，予以革职。侍郎胡瑞澜、巡抚杨昌睿玩忽人命，也予以革职。其他人员也已拟罪：沈祥杖打八十；门丁沈彩泉杖打一百，流放三千里；毕秀姑因为不避嫌疑，致招非议，杖打八十；杨乃武不遵礼教，革去举人；钱宝生病故，免去刑罚。
杨乃武与小白菜的冤案历经三年又四个月，案情曲折，轰动朝野。杨乃武出狱后，已是倾家荡产，生活苦难，他依靠亲友的帮助，赎回了几亩桑地。这时他虽然只有36岁，正当年富力强的有为之年，但经过这场灾难，早已是心灰意冷，轻易不与外界交往，专心致志研究孵育蚕种。余杭盛产丝绵，行销全国。杨家世代养蚕，对育种有一定的经验。过了三年，杨乃武所育蚕种的名气就传开了，远近都来购买，他家的蚕种牌记是“风采牡丹，杨乃武记”。凡是杨家卖出的蚕种，都盖上了这个牌记。每到育种时，全家大小日夜忙碌，家里生活也日渐好转。杨乃武就是这样安静地度过了自己的后半生，1914年患疮疽不治而死，享年74岁，坟墓安在余杭镇西门外安山村。毕秀姑出狱后，在南门外石门塘准提庵削发为尼，法名慧定。庵里没有香火，以养猪、养鸡为生。从此就在青灯古佛旁、晨钟暮鼓中了却残生。她的墓塔建在余杭东门外的文昌阁旁，为了表白自己的清白和坦然，墓址选在河岸路旁。1930年圆寂，享年76岁。