农家干酪的制作工艺流程是：
原料乳选择及预处理→添加发酵剂和凝乳酶→凝乳→切割、加温搅拌→排除乳清→清洗→堆积、添加风味物质→包装→成品
农家干酪的操作方法主要包括以下几方面：
（1）原料乳选择及预处理。农家干酪是以脱脂乳或浓缩脱脂乳为原料，并按要求进行检验。一般用脱脂乳粉进行标准化调整，使无脂乳固体达到8.8％以上。然后对原料乳进行63℃、30分钟或75℃、15秒的杀菌处理。冷却温度就根据菌种和工艺方法来确定，一般为25℃～30℃。
（2）添加发酵剂和凝乳酶。将杀菌后的原料乳注入干酪槽中，保持在25℃～30℃，添加制备好的生产发酵剂。加入后应充分搅拌，使发酵剂与乳混合均匀。
（3）凝乳。凝乳是在25℃～30℃条件下进行。当乳清酸度达到0.52％时凝乳完成。
（4）切割、加温搅拌。用水平和垂直式分别切割凝块，凝块大小为1.8～2厘米。切割后静置15～30分钟，加入45℃温水至凝块表面10厘米以上位置，边缓慢搅拌边在夹层锅内通入热水加温，在90分钟内达到52℃～55℃，搅拌使干酪粒收缩至0.5～0.8厘米大小。
（5）排除乳清及清洗。将乳清全部排出后，分别用29℃、16℃、4℃杀菌纯水在干酪槽内漂洗干酪粒三次，以使干酪粒遇冷收缩，相互松散，并使其温度保持在7℃以下。
（6）堆积、添加风味物质。水洗后将干酪粒堆积于干酪槽的两侧，尽可能排除多余的水分，再根据实际需要加入各种风味物质，最常见的是加入1％的食盐和稀奶油，使成品含脂率达到4％。
（7）包装。农家干酪属典型的非成熟软质干酪，所以一般多采用塑料包装。应在10℃以下贮藏并尽快食用。