明代朱棣等人编纂《普济方》一书，记录了六万一千七百三十九个药方，这是我国最完备的古医方书。而在药物学方面，则以李时珍的贡献最大。李时珍(1518~1593年)毕生以行医为业。他行万里路，阅书八百余种，耗三十年心血，于1578年写成《本草纲目》。全书，十六部，五十二卷，一百九十万字，按纲目分类，载药一千八百九十二种，较前新增三百七十四种，其中植物药一千零九十四种，动物药四百四十四种，矿物药三百七十五种；附方一万一千零九十六则，新增医方八千一百六十则；图一千一百六十幅。诙书全面地总结了在它之前的我国药物学的巨大成就，药物学的研究提高到一个新的阶段。完成这样一部巨着，诚如英国研究中国科技史的专家李约瑟所说，“对任何人来说都是难能可贵的。”1603年，《本草纲目》在江西翻刻，很快风摩全国，至今国内已有该书三十多种版本。1606年，该书传入日本，1783年，被译成日文，后来，又被泽成拉丁、德，法、英、俄等文字。此外，16世纪名医韩愗着《韩氏医通》两卷，开创中医史上记载完整病历之先例。
1642年吴有训(1561~1661年)写成《瘟疫论》，对瘟疫的传染病源、途径，免疫性都有独到分析，我国自此始有关于瘟疫病的系统专着。
明代还开创了中医学民间学术组织，徐春甫(1520~1596年)于隆庆二年在京都发起建立我国最早医学组织“一体堂乙仁医会”，会友四十六人，宗旨为“穷探《内经》，‘四家’之奥，精益求精；深戒徇私谋利之弊，会友之间善相劝，过相规，患难相济”。
清朝前期，医学有所发展。乾隆时官修的《医宗金鉴》，征集家藏秘籍及世传经验良方，采其精萃，补其未备，并对医学经典《金匮要略》和《伤寒论》等书作了不少考订工作，是一部介绍中医临床经验的名着。另外，眼科专家傅仁宇1644年刊行《审视瑶函》六卷，定眼科为一百零八证，分五十三别类，是中医眼科学总结性的着作。王清任(1768~1831年)为了对尸体进行仔细考察，不惜甘冒封建礼教可能施加的迫害而偷偷解剖刑毕尸体，编撰出《医林改错》一书，绘有图谱二十四幅，对人体内的动脉、肺、胰脏、胰管、胆囊管、幽门等的叙述，基本相同于现代解剖学的结论。他提出“脑髓说”，改正传统中医“灵机在心”的谬误。他也是我国第一个做动物解剖学实验的医学家。
据可靠记载，人痘接种法创于明代中期。俞茂鲲1727年着《痘种金镜赋集解》谓：“闻种痘法起于明朝隆庆年间(1567~1572年)宁国府太平县。”1742年出的《医宗金鉴》已详细介绍了痘衣、痘浆、水苗、旱苗四法。人痘接种法是中医学对人类健康作出的又一大贡献。
1688年俄国曾派医生专门到北京学习种痘，后经俄国传入土耳其、北欧。1717年英国公使蒙塔尔夫人在君士坦丁堡学得此法，再行于英国，直到1796年英国兽医贞纳试种牛痘成功，才逐渐取代此法。
清朝前期，我国还出现了专门的医学杂志。唐大烈(？~1801年)在苏州府编纂《吴医汇讲》，先后集采作者四十一人、医文九十六篇，成书十一卷。清代民间医生十分活跃，占有很重要的地位。医学家赵学敏盛赞“铃医”(走方郎中)的“廉”(“药物不取贵”)、“便”(“山村僻邑仓卒即有”)、“验”(“以下咽喉即能去病”)，他与铃医赵柏云合作《串雅》内、外篇，载方四千余个，是中医史上罕见的铃医专着。
纵观明代、前清，中医学进入集大成之阶段。就医学着作而言，全书有徐春甫着《古今医统大全》(1556年)一百卷，参考、引证古今医籍两百三十余部。类书有1723年刊《古今图书集成·医部圣录》，共五百二十卷。丛书有明代王首堂编《古今医统正脉全书》等。医案有1549年江瑾编《名医类案》、1770年魏之瑗编《续名医类案》等，医话有(记临证体会、读书心得、轶事轶闻)1636年黄承吴着《折肱漫录》
等。入门书籍有汪昂于1694年刊《汤头歌诀》等。明代、前清时期，中国与外国的医学交流更加密切和频繁。此时期编定的朝鲜医书《医方类聚》《东医宝鉴》等，大量收载了中医药物、药方。《大南会典》载，明朝医书《医学入门》《景岳全书》等在越南广泛流传。越南名医黎有卓依据《内经》等中医典籍着有《海上医学心领》。有明时代，日本医生频频来华学习，其中吉田宝桂曾留华十余年，并曾为明世宗诊过病。尤需注意的是，此时中国医学已直接与欧洲开展了交流，1517年，葡葡牙药剂师皮来资被聘来华。
1669年，波兰传教土卜弥柯据《本草纲目》植物部分选译出《中国植物志》(拉丁文本)，这是目前所知西方介绍我国本草学的最早文献，对欧洲植物学的发展起了极大推动作用。1671年，卜弥柯有关中医脉学的作品《中医秘典》用法文出版。1707年英人弗洛伊尔据此撰就《医生诊脉的表》出版于伦敦，在欧洲，他被认为是最早发明用脉搏计数作为诊断方法的医学家。1670年荷兰人布纪夫用英文出版了介绍针灸术的着作。1683年荷兰医生赖尼介绍了中国针灸术。
其后法、德、意、瑞典、英、捷、俄等国都引进了中国的针灸术。清初，西医也开始传入中国。1827年英东印度公司医生郭雷枢在澳门设诊所，次年扩为医院，这是外国人在中国设立的第一所医院。1834年，美国公理会国外布道会派遣第一个传教士医生伯驾来华，次年在广州开办眼科医院(“博济医院”)。全盛时期的中医学开始面临西医的挑战和与西医取长补短，携手并进的机遇。
近代中医学的发展沿革
几千年来，中医学是我国人民救死扶伤、防病健身、生存繁衍的有力武器。同时，中医学对我国人良破除迷信、消除愚昧，提高科学意识，对增进各族人民的文化交流和团结友谊、对提高中华民族的国际威望都起过不容低估的作用。
然而，1840年鸦片战争爆发后，我国逐渐沦入半殖民地半封建社会的深渊。一百多年来，和中国的国力，包括科学技术整体水平在内的全面衰退相吻合，中医学这块瑰宝也日渐黯然失色，甚至到了山穷水尽、奄奄一息的地步。
中医学的衰败，有外因，也有内因。
自16世纪始，建立在近代自然科学形成和发展基础上的西方医学开始传入我国，近代以来，西医学大规模地进入我国。长期以来，对于这一陌生的医学，生活在自然经济占统治地位、政治上闭关锁国、思想上固步自封的旧中国的多数中医学家抱着排斥、拒绝、抵制的态度。纵有少数目光较远大者别有看法，但总不过五十步笑百步而已。如明代汪昂(1615~1694年)，对西医态度较开明，主张不分畛域，择善而从，开“汇通论”之先声，但他对西医只不过有一点皮相的一鳞半爪的接触。近代名医唐宗海(1862~1918年)着有《中西汇通医书》五种，提出“中西汇通”一词，主张“损益乎古今”“参酌乎中外”，也吸收了一些西方解剖学知识，但其基点也只是用西医印证中医。汇通派代表之一的张汤纯(1860~1933年)也断言“中医之理多包括西医之理”“天朝”心态总不能涤尽。而如恽树珏(1873~1935年)之既肯定“西医断不能代替中医”，又强调“中医不改良，亦终无自存之希望”，需“取西医学理补助中医”的较公允、较科学、较全面的观点，和者甚寡，而实行起来更是难于上青天。而旧社会的历届反动政权，无不竭力迎合帝国主义的殖民政策，在文化上践踏、抛弃祖国的包括中医学在内的优秀遗产。1914年，北洋军阀政府即主张取消中医中药。1925年，国民党政府拒绝全国教育联合会关于把中医纳入医校教育课程的申请；1928年，“第一次中央卫生委员会议”通过了“废止旧医以扫除医药卫生之障碍案”，制定了中医限期登记、训练、改造中医、限制中医开业、禁止中医登报介绍，宣传等六条措施，并高压解散了全国中医药团体代表大会。在这种情况下，不可避免地出现了近代中医学每况愈下的局面。
作为中医学理论基础和指导思想的阴阳五行说和整体观，体现了我国古代朴素唯物论和辩证法，但是，毋庸讳言，这种哲学思想受时代的限制，远未能达到辩证唯物主义的水平，它对人与自然的关系及人自身的认识，与其说是建立在观察、分析、认知的基础上，毋宁说是更多地基于天才的预测和思辨。同时，中医学理论在具体应用这种哲学思想时，又往往过于大胆地用类推、比附代替了冷静、实事求是的研究、总结，因而中医学理论不但终归不能摆脱唯心主义和形而上学的影响，而且表现出经验大于理性，推断多于实证，并且蒙上一层浓郁的玄学的神秘色彩。几千年的封建专制使中国近代科学处于久孕未育的难产状态，也就使中医学始终无法冲破旧的羁绊，开拓出崭新局面。如：既然近代化学一直没能挣脱中国的炼丹术的母腹而呱呱坠地，那么中医使用的药物只能原封不动地采自原始状态的动、植、矿物，而不可能进一步分析、认识它们的化学结构。更谈不上提炼、人工合成其中的有效成分，因而人们对药物的认识只能停滞于感性阶段而未能真正上升到理性阶段。又如，封建礼教严禁解剖人的尸体。南朝时唐赐一次饮酒吐出二十条虫，临终前嘱其妻、子剖尸观察。其子唐副遵遗命而从，官府发现后判其妻“伤夫五脏”、子“大不孝”，一并斩首。因为长期不能作人体解剖，中医理论对人体器官的认识就始终达不到建立在解剖学基础上的西医的水平，而“经络”
的物质存在状况也一直处于虚无缥缈之境。由于中医缺乏实证科学的依据，使得西方近代科学大量输入中国后，不但一些服膺和鼓吹“全盘西化”的人物将中医贬为“迷信”，就连像鲁迅这样的进步思想家，也曾一度误认中医为“有意或无意的骗子”(后来鲁迅纠正了自己的误识)。
新中国成立后中医学的发展
中国共产党是中国优秀文化遗产的自觉扞卫者和继承人。早在第一次国内革命战争时期，井冈山根据地就大力推行“用中西两法治疗”伤病员和群众疾病。1932年，在江西苏区红军开办了小型卫生材料厂，大量用当地产的草药制造丸剂、水剂、敷料。1933年，红四方面军川陕根据地开设了中医院。抗日战争时期，延安制药厂年产中药丸、片、水剂等十余万斤。中医为中国革命作出了宝贵贡献。
1944年中共中央在重要文件《文化工作中的统一战线》中明确指出：
团结中、西医是个路线问题。
新中国成立后，中医犹如枯木逢春，焕发出新的生机。1952年第一届全国卫生工作会议上，毛泽东同志题词：“团结新老中西各部分医药卫生工作人员，组成巩固的统一战线，为开展伟大的人民卫生工作而奋斗！”会议确定了我国的卫生工作方向：“面向工农兵，预防为主，团结中西医。”1955年，成立了隶属于卫生部的中医研究院，各地也相继建立中医医院和中医科学研究机构，1956年，全国卫生工作会议制定了卫生事业十二年计划，规定了发扬祖国医学、整理我国古代医学史料的任务和具体规划。北京、上海、南京、成都都创立了中医学院。不久，各省相继建立了二十二所中医学院，另外一些医学院也已建立了较完善的中医系，中医学研究机构达四十三所，西医中也有近三分之一的人员不同程度学习了中医中药知识。60年代，人民出版社出版了中医典籍及医典评注、白话解释等近三百种，加上各地出版同类书籍共五百种左右，全国性和地方性中医药杂志十余种，现代中医学着作数百种。自改革开放以来，遵循中医、西医、中西医相结合三支力量长期并存，共同发展的方针，中医得到了突飞猛进，一日千里的发展。1977年2月召开的全国中西医结合工作会议，明确指出我国卫生工作必须努力发扬中医中药和中西医结合的特点。1979年，原属“中华医学会”的“中医学会”独立为全国性的学术组织，之后，相继成立了“中医理论研究会”“中医内科学会”“中医外科学会”“中医针灸学会”“气功科学研究会”“医古文研究会”等学术团体。几十年来，召开了一系列有中外学者参加的中医学学术会议。
至今，全国共有中医学院数十所，专门的中医院千余所。中医研究单位六十多个，生产中成药三千多个品种，中药材种植面积六十余万亩。
中国古代医事制度沿革
中国的医事制度在西周时期就初具规模。据《周礼·天官》记载，当时已建有医官制度，把从医者分成医师、士、府、史、徒等不同职业、不同等级。其中医师为众医之长，掌管国家医药的行政法令，同时管理且协助各科医生办好医疗卫生事务。医师的下属官职为士，分为食医、疾医、疡医、兽医四种。食医，主管王室之饮食卫生，相当于现代营养师，疾医，近似今天的内科医生，主治万民之疾苦；疡医，专管医治肿瘤、溃疡金创、骨折等病，相当于现代外科和骨伤科医生；兽医，专理牲畜之病。士之下的府，掌管药物、器具和会计事务；史，掌管文书及医案；徒，供役使、看护。医生等级的升降和俸禄的多寡，年终由“医师”考核，根据成绩优劣，确定他们的级别和俸禄。考核的标准是临床的治愈率，“十全为上，十失一次之，十失二次之，十失三次之，十失四为下”。周代还制定了一套病历记录和报告制度，规定医生必须详细记录病人的治疗经过，对于死亡的病人要求作死亡原因的分析报告。这不仅是我国，也是世界上最早的病历记录制度。
在随后的秦汉、晋、五代、隋等朝代，我国的医事制度更趋完善。无论是医疗机构的设置，人员的编排，还是管理、考核制度的制订都达到相当高的水平。特别是到了唐朝和宋朝，其医事制度代表了我国古代医药管理的最高水平。
在唐朝，建立了集管理、医疗与教育于一身的太医署，太医署隶属于太常寺。
太医署的规模相当庞大。太医令是全署的最高行政长官，总管医、针、按摩、咒禁四科的教学和考试，太医丞是太医令的助手，医监、医政是专司监察的官吏。上述人员构成太医署的“领导班子”。从有关史籍记载看，太医署下设医学和药学两个医疗教学部门：医学部各科都由博士和助教负责教学工作；药学部的府、史主管行政事务，主药和药童负责教学业务，药园师负责药园的栽培、管理，掌园专门负责药材的收藏保管。太医署的考试制度相当严格，考试按月、季、年进行，分别由各科博士、太压令、太常寺少卿主持，根据学业成绩分别授予医师、医正、医士或医人等不同称号。