第二次世界大战爆发后，随着战争形势的发展，日本于1941年占领了印度支那半岛后，亚太地区形势然紧张起来。
麦克阿瑟的部队在雷伊泰岛登陆。7月，华盛顿动员菲律宾陆军与美国驻菲部队合并，麦克阿瑟被任命为美国远东军司令，司令部设在马尼拉。同年12月7日珍珠港事件爆发，10小时后日机轰炸了菲律宾的美军克拉克空军基地，炸毁了机场上几乎全部美国B-17型轰炸机和大部分战斗机，极大地削弱了美国远东军的防守力量。
3天后日本开始进攻菲律宾。麦克阿瑟指挥的远东军仅有美军1.9万人，菲律宾军1.2万人，另外还有10余万当地民兵。空军仅剩下菲律宾军队的150架飞机，海军只有一支小舰队。
在日军的强大攻势下，远东军损失惨重并节节败退，麦克阿瑟只得放弃马尼拉的防守，将部队撤到早已有所准备的马尼拉湾西面的巴丹半岛组织抵御。
日军对巴丹半岛多次发动猛攻，远东军凭借坚固的工事英勇抗击，多次击退日军。但这时战争形势对远东军十分不利，美国在西太平洋地区的空军已损失殆尽，无法从空中配合陆军防守再加上此时美政府正花大量精力援助欧洲战场的反法西斯战争，影响了对远东的援助；日本突然发动太平洋战争后，日本海军在太平洋上一度占据优势，使美国本土难以有效地支援菲律宾的远东军。这一切使巴丹的守军处境日益恶化。
到了3月，日军向巴丹大规模增兵，使远东军的坚守更加困难。日本方面兴高采烈地宣布，若能生擒麦克阿瑟，将在东京帝国广场当众绞死他。这时美国政府为了在太平洋地区进行陆海军协同作战，命令麦克阿瑟把军队指挥权交给温赖特将军，他自己到澳大利亚去担任新建立的西南太平洋地区盟军的总司令。3月11日夜里，麦克阿瑟登上鱼雷艇准备驶离巴丹时，向众人发誓：“我还会回来的！”他离开之后，远东军坚守巴丹近两个月，最后因寡不敌众而向日军投降。
麦克阿瑟乘鱼雷艇闯过日军海空巡逻队的封锁后，于3月17日到澳大利亚的墨尔本。尽管他受到当地人民的热烈欢迎，他的心情还是非常沮丧。当他得知巴丹守军投降的消息后说：“我是那个失败事业的领导者，从我痛苦的内心深处，我祈祷仁慈的上帝，不久就把那里的失地收回。”麦克阿瑟这时怀着强烈的复仇情绪，他认为自己活着就是为了早日重返巴丹。他在澳大利亚建立起西南太平洋地区盟军司令部，积极着手整顿澳大利亚防务，组织和训练部队，积蓄反攻力量，制定积极的进攻计划。他命令他的参谋人员要用“这是巴丹”来回答所有的电话，他本人的专机“吉恩号”也改称“巴丹号”。
1942年6月中途岛战役之后，美国在太平洋地区逐渐由防御转入进攻。麦克阿瑟主张趁势攻占日军在西南太平洋最重要的海空军基地——新几内亚东部的腊包尔，然后正式开始对日本的战略反攻。尽管海军上将尼米兹主张先考虑欧洲战场而在太平洋地区采取守势，但因英国不同意盟军过早渡过英吉利海峡对德作战，美国决定采纳麦克阿瑟的主张先在太平洋地区对日发动进攻。为此必须首先守住美军在西南太平洋地区的军事基地，尤其是新几内亚东南部的莫尔兹比港。
8月25日夜，日军1200人在莫尔兹比港以东90英里外的米尔恩湾登陆。这次作战是对该城的第二个潜在威胁，要不是敌人犯了一个大错的话，这座城市就将处于南路来自科科达、西路来自米尔恩湾的日军各路纵队合击的压力下。日军不知道麦克阿瑟在距离他们登陆点15英里的岛上正在修建一座机场。
即使在有了600人的增援和2辆轻型坦克的支援之后，日军还是发现他们在人数上和枪炮数量上都远远不及对方。他们对米尔恩湾机场掘壕固守的敌军进行了10天徒劳的正面进攻。他们从早到晚一直受到美国和澳大利亚战斗机“直到枪膛子弹打光才停止扫射”的攻击。日军在这场注定要失败的进攻中共有1000人伤亡，而剩下的幸存者突然撤退了。米尔恩湾的胜利是盟军在太平洋地面战斗中的首次重大胜利。
与此同时，5000名日军仍在从科科达向南进发，坚持不懈地向莫尔兹比港跋涉。日军不断渗透，守军节节败退。
尽管巴布亚的日军人数还不到盟军人数的1/2，但他们于9月16日，仍得以前进到离莫尔兹比港不到20英里的地方。晚上，日军侦察兵已能看到港口上来回搜索的防空探照灯。澳大利亚人正在山路上建造新的防御据点，但他们的防御能力有限。
麦克阿瑟决定攻打日军的后方。他让第32步兵师的两个团开赴新几内亚发动反击战。
9月16日夜，麦克阿瑟给柯廷打了保密电话。他向总理承认他非常担心。他说：“防守莫尔兹比港的澳大利亚地面部队在战术上的被动保守，严重威胁着附近的机场”，“如果阻止不住日军前进，”在新几内亚的同盟国部队将重蹈马来西亚的覆辙。
正如每个澳大利亚人痛苦地意识到的那样，那年年初在马来西亚，澳大利亚一个整个师被一小股日军包围并俘虏。麦克阿瑟说形势很严重，他希望布莱梅立即来巴布亚并亲自控制局势。他没有明确指出，但暗示他希望布莱梅能让澳大利亚人投入战斗。
这是麦克阿瑟一生中的关键时刻之一。如果丢了莫尔兹比港，他的军旅生涯也将随之付诸东流。
麦克阿瑟早已认识到新几内亚是澳大利亚的屏障，其东南的莫尔兹比港则是新几内亚的战略要地和通向澳大利亚的跳板，因而增强了该地的防备。
1942年7月，日军两支部队约1.3万人先后在莫尔兹比港东北边的布纳登陆，向西攻占了科科达，8月进入欧文斯坦山向莫尔兹比港进发。中途受到盟军飞机袭击，加之补给缺乏，日军被迫停止前进。
麦克阿瑟率领澳大利亚军两个师和美军一个团，于11月2日收复了科科达。这次战役使日本意识到原来认为1943年才会开始的盟军的反攻这时已经开始了。
由于西南太平洋战场的胜负决定着整个太平洋战争的前途，日本决心加强在所罗门群岛和新几内亚的防御，并新设了三个军驻扎在这一带。但在12月中旬，麦克阿瑟指挥盟军攻陷了布纳，把日军压迫到了海边。
1943年1月，沿海日军被盟军消灭了1.2万人。与此同时，日军在瓜岛战役中也遭到惨败。
3月22日，日本制定了《陆海军中关于东南方面作战协定》，决定把主要战场放在新几内亚。日本联合舰队也向南太平洋进军，企图阻止盟军的反攻，并不断向美军占领的莫尔兹比港等处发动袭击，但日军最终未能攻占莫尔兹比港。
1943年美军在反攻路线上存在着两种不同意见。以麦克阿瑟为代表的陆军主张，应该沿着新几内亚向菲律宾发动反攻；海军却认为应沿着中部太平洋路线反攻。最后华盛顿决定采用“双叉冲击”的战略，从西南和中部太平洋两路同时发动反攻，使日军顾此失彼，无法相互援助，最后两路美军在菲律宾会师。
在西南太平洋战场的作战计划是，由海军上将哈尔西先率军占领所罗门群岛东南，建立进攻腊包尔的空军基地，然后逐步向北推进；麦克阿瑟则随后率军进攻新几内亚北岸的莱城，接着北上占领俾斯麦群岛中的新不列颠岛；最后陆海军联合围攻腊包尔。
在哈尔西行动成功后，麦克阿瑟于9月5日指挥澳军第九师在莱城以东登陆，次日又增加了澳军第七师和美军一个伞兵团，11日攻占了莱城南边的萨拉茅阿，15日又攻占了莱城西面的拉姆普。此时离日军在新几内亚的军事重镇马丹仅有50英里了。
1944年4月2日，麦克阿瑟指挥7000军队在莱城西北的赛多尔登陆，向马丹节节进逼，4月24日攻占了马丹。4月底他又向腊包尔北部的阿德米雷尔提群岛发动进攻，击溃了4000日军的抵抗，并将其全歼，5月占领了该群岛。
同时哈尔西的部队也于1944年3月攻克了腊包尔东南的布干维尔岛。这样，驻守在腊包尔的10万日军被盟军团团包围，陷入了孤立无援的境地。
1944年暮春，麦克阿瑟率领15个师的盟军对新几内亚及其以东群岛的日军发起了最后攻击，在进攻战术上，海军提出了从正面逐岛压迫敌人迫使其后退的“跳岛战术”。但麦克阿瑟却认为这种战术将造成惨重的伤亡，他主张采用一种伤亡更少的战术，即所谓“蛙跳战术”或“越岛战术”。
具体就是向敌人防守坚固的主要据点的外围作跳跃式进攻，不正面攻击这些据点，而是迂回到敌人背后，将他们分割包围，用空军和海军切断敌人的补给来源，将他们困死。不等据点里的敌人被歼灭，其余部队又越过该地，再包围前面的敌军据点。对腊包尔的日军就采取了这种战术。
麦克阿瑟的这种战术很奏效，使盟军在伤亡较少的情况下得以控制更多的地区。他于这年4月派澳军从马丹沿海向西推进，另一方面下令盟军主力进攻马丹西边的军事重镇荷兰地亚。
4月22日5万美军在荷兰地亚及其东边的文塔佩登陆，很快突破日军防线，迅速包围了艾塔佩东边的威瓦克，使日军第18军军部和3个师团被围困在威瓦克，处于孤立无援、坐以待毙的境地。
未等威瓦克的日军被歼灭，5月中旬麦克阿瑟又指挥美军向西推进120英里，跳跃到托埃姆，渡过海峡占领了韦克德岛。
5月下旬又指挥部队跳跃到荷兰地亚以西350英里的比阿克岛，遭到日军顽强阻击，一直激战到8月美军才取得胜利。
比阿克岛的战斗尚未结束时，麦克阿瑟又于7月6日指挥美军跳跃到了诺埃姆富岛，迫使新几内亚的日军撤到了最西端的鸟头半岛。但麦克阿瑟又指挥美军一个师迂回到了鸟头半岛西北的桑萨波角登陆，切断了日军退路，打通了向菲律宾跳跃前进的道路。
1944年7月，美军经过激战，攻占了日军控制的马里亚纳群岛。美国下一步的进攻目标应指向哪里？早在这年春天海军和陆军便就这个问题产生了分歧。
以尼米兹为首的海军主张绕过菲律宾，直接进攻台湾或硫磺列岛、冲绳岛等地。这一主张受到麦克阿瑟为首的陆军的反对，这位陆军上将认为，首先，菲律宾是日本缩小防御区域后的防守重点，日本一旦失去菲律宾，就不能从海上得到荷属东印度的石油供应而无法继续进行战争；其次，如果美军放弃菲律宾而进攻台湾是极为冒险的，有可能受到日军的两面夹击；第三，攻克菲律宾后可以直接进攻日本冲绳；第四点更重要，从政治上考虑，美军应该去解救受日本人奴役的1700万菲律宾人民，这是美国义不容辞的责任。
麦克阿瑟对两年前的巴丹战败仍耿耿于怀，复仇之心十分迫切。因此他在与尼米兹讨论这个问题，当尼米兹说到参谋长联席会议倾向于海军的主张时，麦克阿瑟大发雷霆，说菲律宾是被美国人遗弃了的，如果不能解放菲律宾人，就会给美国的荣誉抹黑。在1944年7月27日，罗斯福总统将这两位骁将请到了夏威夷，由自己的参谋长、海军五星上将莱希和哈尔西上将作陪，一道共进晚餐。大家心平气和地讨论了太平洋战争的局势，两位意见分歧的将军指着墙上的地图，向总统兼三军总司令罗斯福详细阐述了自己的主张。罗斯福尽力使双方的分歧缩小，最终按照麦克阿瑟的意见制定了作战计划，把下一个进攻目标定为菲律宾，尼米兹保证向陆军提供有力的支援。
为了完成沿新几内亚海岸挺进的行动，麦克阿瑟必须控制这个巨大岛屿西端的杰尔芬克湾和福克尔科帕半岛的主要地形。比亚克岛以西50英里的诺埃莫福尔岛上有3个日军机场。空军指挥官肯尼建议，如果飞机从诺埃莫福尔起飞，就可对福克尔科帕半岛实施大规模空袭，继而控制杰尔芬克湾。
麦克阿瑟决定在打赢比亚克岛战役后利用空降与两栖联合突击攻占诺埃莫福尔。7月2日，第158步兵团在诺埃莫福尔登陆，来到距离其中一个机场只有100码的地方。第二天上午，第503伞降步兵团的一个营被空投到机场增援进攻部队。独立日那天又空投了第二个营。
诺埃莫福尔的2000日本守军撤回到该岛中心的高地上。他们顽强战斗，但最终还是被歼灭了。美军伤亡400人。日军只有极少数人幸存下来。
夺取诺埃莫福尔后，7月30日，麦克阿瑟突袭了福克尔科帕半岛上的一个名叫桑萨波的渔村。第6步兵师大举登陆，其中还包括几千名修机场的陆军工兵。桑萨波附近几乎没有日军。入侵部队两周后发起攻击，他们几乎不费吹灰之力就击退了无心恋战的日军。
现在麦克阿瑟控制了长1300英里的整个新几内亚岛。他在夏威夷期间，“厄尔特拉”情报显示，日军为阻止麦克阿瑟从新几内亚岛向菲律宾的前进，正在构建一个三角防御区。
这个三角防御区以哈马赫拉岛、棉兰老岛东部的帕劳群岛和棉兰老岛为依托。8万日军地面部队和拥有500架飞机的3个航空军驻守在这个三角防御区内。将近半数的日军部队驻在哈马赫拉岛。敌人似乎已经了解麦克阿瑟的企图。
麦克阿瑟决定离开总司令部几天，参加第31师进攻哈马赫拉岛的战斗。9月10日，达斯蒂·罗兹开飞机把他从莫尔兹比港带到霍兰迪亚。两天后，麦克阿瑟登上“纳什维尔”号，这艘巡洋舰加入了沿新几内亚海岸向西北行进的护航运输舰队。9月15日破晓时分，“纳什维尔”号和其他战斗舰艇驶入哈马赫拉湾，炮击敌人的海岸防线。面对此番猛烈炮击，日军低下了头，但是大自然却做出了反应：甘科诺拉火山爆发。一时火光冲天、浓烟四起。当入侵舰队向东北方向转弯朝莫罗太岛驶去时，整个舰队被铺天盖地的巨大尘云笼罩了。
上午8时，第31师的第一波次登陆。登陆艇在离岸200—300码的长长的河口沙洲处停了下来。战士们沉着地下船，涉水上岸，把他们的M一1半自动步枪举过头顶，这时，肯尼的C-47运输机在他们上空飞过，向附近的海岸和丛林喷洒大量的滴滴涕。因为热带的斑疹伤寒比日军更危险。
10时15分，埃格伯格、莱尔巴斯和麦克阿瑟来到岸上。尽管实际上不远处有3个渔村，并且麻风病在几英里的范围内肆虐，但没有任何明显迹象表明该岛曾被人占领过。麦克阿瑟在岛上逗留了3个小时后回到“纳什维尔”号巡洋舰上。
当这艘巡洋舰返回霍兰迪亚时，无线电通信一直处于静默状态。船上可以接收信息，但是到本次军事行动结束前不能发出任何信号，以免让敌人知道这艘舰在战场上及其所处的位置。
美国及盟国参谋长联席会议在魁北克召开会议，9月15日晚，尼米兹向参谋长们通报了几小时前从哈尔西那里得来的一条消息。哈尔西的一支快速航空母舰特混舰队最近在空袭莱特岛上的目标时，实际上并没有遭到日军飞机的任何抵抗。一名跳伞的飞行员在莱特岛上躲了一天后也获救了。这名飞行员报告说，曾帮助过他的菲律宾人说这个岛“一攻就破”。哈尔西请尼米兹批准化集结一支登陆部队，发起突然进攻，攻占莱特。
这些材料也被送到了“纳什维尔”号巡洋舰上。当麦克阿瑟看到这些材料时，他的眼前像过电影般闪现出了一幅幅画面：军事史上的一次最大胆的袭击，一场可与坎尼之战和滑铁卢之战比美的伟大战役，一个即便是科西嘉天才（拿破仑一世的绰号——译者注）也要品味品味的绝妙战略行动。用金凯德的第7舰队和尼米兹提供的其他进攻登陆舰艇等可用的海上运输力量，他就能把6个师的部队全部送上岸。但为什么要把6个师全都送到莱特岛的海岸上呢？那是最稳妥也最平淡无奇的做法。一个伟大的指挥官是可以做到一箭双雕的，他要同时攻打莱特岛和吕宋岛。他的部队要组成锤子和铁砧般的阵式：4个师的兵力从林加延湾登陆，2个师在莱特岛上岸，那么在菲律宾的42.5万名日军就会像坚果一样被麦克阿瑟的军队捶烂！
麦克阿瑟给马歇尔发去了一封电文，阐述了以上观点。如果参谋长联席会议同意了这项卓越而大胆的计划，就能一劳永逸地解决关于吕宋岛的激烈争论。
9月17日，上午9时，“纳什维尔”号在霍兰迪亚靠岸时，麦克阿瑟兴高采烈地走下船。就他所知，总司令部成员们正在讨论他的那项同时攻打吕宋岛和莱特岛的计划。这趟旅行使他精神振奋，他觉得似乎可以把握命运了。
马歇尔是否要作出修改还不清楚，但在麦克阿瑟回到新几内亚几天后，马歇尔派作战处处长约翰·赫尔少将前往澳大利亚。赫尔希望更多了解有关麦克阿瑟解放菲律宾的计划。麦克阿瑟告诉赫尔应该绕过的是台湾，而不是吕宋。位于吕宋的空军和海军部队可以轻而易举地孤立台湾。没有必要攻占它。另一方面，他奚落了金提出的通过实行海军封锁削弱菲律宾的日本兵力的建议，麦克阿瑟认为，如果这种封锁能伤害谁的话，那伤害的也只能是菲律宾人，而不是日本人、他自己的目标则是切实可行的：在吕宋登陆30天后解放马尼拉。这是一个清晰而明确的誓言。
10月5日。麦克阿瑟终于获得了他自1942年春一直苦苦企求的那句话：他可以攻打吕宋。10月14日，他飞回莫尔兹比港，次日上午动身前往霍兰迪亚和莱特岛。
到1944年夏季之前，麦克阿瑟的每一步重大行动都是对空中力量的一次肯定。他已学会像其他地面指挥官一样合理利用空中兵力，他既了解航空兵的灵活性，也了解其脆弱性。他知道飞行员能做什么，不能做什么。他知道根据天气状况、飞机的种类和数量搭配、地面部队的紧急需求、空中战役的总体需求和敌军的行动，空战每日是怎么变化的。
莱特岛长115英里，北部和南部宽40英里，但中部只有15英里，很适合麦克阿瑟的部队登陆。那里的机场可停放肯尼的在林加延湾海岸线内飞行的战斗机，这些飞机将为吕宋的两栖进攻提供掩护。但是当肯尼仔细研究将在1944年夏投入使用的这4个机场时，他才发现他们在岛上的位置不利。这几个机场都位于莱特湾或莱特湾附近，而且靠东面，这是整个岛上天气最恶劣的地方，而进攻的时间正处于雨季。机场所在的地点又排水不畅。当初在那里建造机场出于商业考虑，它们足以容纳往返于当地首府塔克洛班的轻型飞机。它们或许能承受日本战斗机和其它比肯尼的P-38和P-47稍小的飞机的起降。如果不重建这些机场，它们是绝对不能停放他的轰炸机的。
肯尼坚持要在攻打莱特的计划中将攻占岛的西岸包括进去，这样可为他提供平坦的、排水良好的机场。麦克阿瑟表示同意，因为进攻莱特的最初计划就是从两例实施打击。在莱特湾东侧实施两栖进攻，与此同时，空降第11师在西侧空降，占领可用于建造机场的场地。但当进攻日期提前到10月20日时，上述方案便被放弃了。麦克阿瑟的工兵们告诉他，雨季到来时，很难在塔克洛班建造机场。麦克阿瑟早就知道这一点，实际上，在他们当中某些人还没有出生时他就知道这一点。他早在1903年就考察过塔克洛班海岸附近的地形，那时他也是一名陆军工兵。尽管如此，麦克阿瑟还是把他们的反对意见放到一边，要求他们于登陆5天后在塔克洛班建好一座5000英尺长能够停放一个战斗机群（约75架飞机）的临时机场，随后再建几个停放轰炸机、侦察机和更多战斗机群的机场。他指望在他们登陆的头3天由哈尔西用他的快速航母上的战斗机为他提供掩护，而凯西的工兵则竭力在泥泞中建造机场。700多艘舰船延西北航线向北进发，目标是菲律宾中部。
麦克阿瑟将军登陆莱特岛与这次进攻相比，1944年6月6目的横渡海峡的进攻只是一次摆渡战。这确实是一支无敌舰队，整个进攻舰队由20多艘航母。12艘战列舰和近100艘巡洋舰和驱逐舰及上千架飞机护航，掩护和输送着75万士兵，带着他们所有的装备和火炮穿越宽广无垠的海域到达敌人大后方的遥远的海岸作战。
10月20日黎明，战列舰和巡洋舰靠近了要登陆的海岸，并开始用他们的大口径火炮轰击。炮弹的轰鸣震撼着莱特湾的水面，震撼着寂静的清晨。
攻击部队由4个师组成：第1骑兵师和第24步兵师在塔克洛班机场附近登陆，这是这一天最重要的战术目标；其他两个师，即第7步兵师和第96步兵师，将在南边10英里处的杜拉格附近登陆，在那里有肯尼要占领并将赶修的3个简易机场。
上午10点，登陆部队的第一波上岸，他们在大部分地区几乎都没受到什么抵抗。日本部署在莱特岛上的部队约2000人，但他们知道他们建造的掩体经受不住太平洋舰队为制压海岸防御而进行的炮击。只有在有岩洞的地方如比亚克，他们才可能把岩洞加固并挖深，这样一来哪怕是直径16英寸、重达1吨的海军炮弹也很难摧毁它们，除非是刚好命中。但是莱特岛的海岸上几乎看不到任何岩洞。于是，日军将大部分防御部队撤到俯视海岸的山上，在那里他们能用迫击炮和机枪扫射登陆部队。
从10英里外的“纳什维尔”号巡洋舰的甲板上，很难看到岸上发生的事情。密集的炮火传来震耳欲聋的声响，头顶上有变幻莫测的火箭弹曳光，时而传来在低云层中穿过的海军战斗机的呼啸声，加上沿海岸线的浓烟和从下直伸向云间，带着火舌的浓黑烟柱，这一切都好像是这场战争的背景，而不是战争本身，麦克阿瑟沉静地观测着。
下午2点30分，登陆艇靠近海口沙洲，开始慢慢停靠在另外四艘已经靠岸的登陆艇旁，其中一艘登陆艇正起着火。在登陆舰停靠地的内陆上，海军的俯冲轰炸机正在向日军阵地进攻。舰上的舷梯降下，4名随军记者冲下舷梯，其中两人带着照相机，准备记录下这位将军重新踏上菲律宾国土的这一时刻。麦克阿瑟下船，他的属下、奥斯梅纳、肯尼和金凯德紧紧尾随其后上岸。在舷梯底部，海水没过了他的膝盖。
他的下巴向前伸着，显得气宇轩昂，他大步走了约50码才走上柔软的沙滩。当他的美国和菲律宾伙伴围上来时，他只简单地说了一句话：“我回来了。”这是一句简洁的、无可辩驳的事实，从他的嘴里平静地说出，好像是在随意地交谈。一会还要正式发表讲话。奥斯梅纳伸出手来与麦克阿瑟握手，以官方身份欢迎他回到菲律宾。
滩头阵地的报告表明，这将是战史上代价最小的重要登陆行动之一（最后的伤亡人数是49人死亡，192人受伤）。它与前不久在帕劳群岛的浴血战争截然不同，在那里尼米兹为攻占佩莱利乌岛伤亡1万人，而该岛却不再具有任何战略重要性。那天在莱特湾登陆的有5万多人，4500辆车辆和10.7万吨供应品。尽管这次登陆并不像麦克阿瑟在头一天晚上祈祷的那样是一次不流血的胜利，但他确实感到他的祈祷得到了一些回报。
在这个重要的一天里，麦克阿瑟将要完成的最后一件事是写公报。他写道：“在一场大规模两栖作战中，我们已经占领了菲律宾莱特岛的东岸，它离莫罗太600英里，离米尔恩湾2500英里，我们在16个月前就开始进攻米尔恩湾了……这次是总司令亲自指挥作战”。
第二天（10月23日）早晨，麦克阿瑟跟他的参谋们离开“纳什维尔”号巡洋舰，参加奥斯梅纳正式就任菲律宾共和国总统的仪式。就职仪式在塔克洛班的地区议会大厦前的台阶上进行。这座大厦和这个城镇一样，在战争中没有受到严重的损害。仪式结束后，麦克阿瑟向莱特的游击队长鲁珀托·坎列昂上校授予了服役优异十字勋章，奥斯梅纳任命坎列昂为莱特岛总督。
那天晚上回到“纳什维尔”号后，他听说哈尔西不告而撤出战场，去追击日军航母去了。一场大海战已经开始让莱特湾的水面不能平静。金凯德告诉麦克阿瑟说，日军的弹药好像快用光了，“纳什维尔”号应该到战场支援作战。
第二天晚上莱特湾上空开始回荡起枪炮声。漆黑的夜幕被桔红的火焰和眩目的白光撕破。海水在弹药的爆炸中颤抖。这时候，哈尔西的第3舰队以最大航速向北去追逐日军的航母，航母上共有29架飞机。哈尔西以30节的速度撤离战场，使从菲律宾中部水域到莱特湾的主要航线失去掩护。10月25日上午，当战争进入高潮时，金凯德坚持要麦克阿瑟离开“纳什维尔”号巡洋舰，以便让该舰投入战斗。麦克阿瑟不情愿地转移到另一艘舰“瓦萨奇”号上，克鲁格的第6集团军指挥所就设在这条船上。
从北部进入莱特湾的日本舰队部署成纵队，正好遭遇到美军6艘老式战列舰，其中5艘是从珍珠港的泥浆中打捞出来的。美军指挥它利用海军传统的T形交叉战术，集中这6艘老战列舰的火力一次对付一艘来袭的战列舰。日军舰队眼看着自己的几艘巡洋舰被炸后，剩下的调头逃跑，又遇上了美军潜艇跟踪。哈尔西在这场战争中也做出了贡献。
从南部进入莱特湾的日军舰队有5艘快速战列舰、9艘巡洋舰和14艘驱逐舰。夜间，他们有两艘战列舰已经被美军潜艇击沉，但现在这支舰队很有威慑力地压倒了莱特湾的16艘美军护航航母。他们的飞行员们没有受过攻击战列舰的训练，而飞机上的武器装备通常也是不用于海上作战的。尽管如此，它们还是云集在来袭日舰的上空，迫使他们采取规避措施，同时，金凯德的驱逐规则用鱼雷对日军战列舰和巡洋舰进行攻击。日军舰队的海军将军们经过数小时的忙乱行动后，精神已彻底崩溃了，只得撤出他们的舰队，而美军潜艇追踪其后。
日军联合舰队在莱特湾海战中损失3艘战列舰、4艘航母、6艘巡洋舰和14艘驱逐舰。然而10月25日，当日本海军的希望之光渐渐消退时，他们亮出了他们的杀手铜——神风特攻队。日本的9架自杀飞机在莱特湾上空盘旋，它们没有冲向金凯德的舰艇，而是跟这些护航航空母舰相撞，致使一艘航母沉没，三艘遭到严重损坏。
在随后的24小时中，日军摧毁了将近一半的P-38飞机。肯尼将战斗机群其余的飞机调来，但这些战斗机仍继续遭受打击。在一天时间内，这座小城和机场要被敌人轰炸十几次。晚上的空袭最密集，对麦克阿瑟的参谋部的一些参谋（如威洛比）来说，这是一次可怕的经历，但麦克阿瑟仍像往常一样没把这些空袭放在心上。
占领莱特的关键地点不是塔克洛班而是奥莫克，这是岛上最大的港口，位于西部海岸，离第6集团军进攻的地方30英里。为了到达奥莫克，克鲁格的战士们不得不边打边前进，翻越横亘在他们前方的山脉，并进入莱特岛。穿过莱特谷的稻田，还得翻过一座山进入奥莫克山谷中。到了那儿，他们还要再超过几座山峰，才能到达西北部的海岸平原。攻占奥莫克镇。在东京日军总部，日军参谋们越是仔细研究地图，就越确信为夺取莱特岛值得打一场大仗。地形对守军一方非常有利。
但在菲律宾的日军司令山下泰文将军却反驳说，尽管莱特有地形上的优势，但没有必要为它而战。山下曾因从美国手中夺取新加坡而名声大振。他个子不高，秃顶，肌肉发达，智慧过人；没有人会怀疑他的能力或他的好斗本性。在他看来，自从联合舰队在莱特湾战役中失败后，试图攻占莱特岛是完全没有意义的。尽管日军可以让美军为莱特付出很高的代价，美军还是不可避免地会夺取这里。他认为全力攻打吕宋而放弃莱特更有意义。
山下的想法是正确的，但是他仍没有说服日军总部，总部将增援力量送至奥莫克，决定让美国第6集团军在那些偏远的山上和山谷中打一场艰难而惨酷的战役。
尽管克鲁格的第6集团军在人力和火力上都占有强大的优势，但他们的挺进速度却不快。正如工兵军官所预言的那样，潮湿的季风已将山谷地区变成了一片浅湖。因为那年秋天，几十年来最恶劣的季风气候入侵菲律宾中部。必须调用登陆艇到莱特谷运送补给品和装备，而空军工兵在塔克洛班和杜拉格建造足够的机场的努力也几乎被完全破坏了。在适合飞行的天气里，日军与美军在空中势均力敌。实际上，美军并没有像原先预想的那样获得空中优势，第6集团军只得在无制空权的情况下继续进攻，直到10月中旬还没有拿下莱特岛。
麦克阿瑟刚刚使第77步兵师隶属于自己，这个师参加了6月份的关岛之战。麦克阿瑟告诉克鲁格如果第6集团军感到没有能力占领奥莫克，他将考虑让艾克尔伯格指挥莱特战役，而且第8集团军将利用第77师作前锋向奥莫克发起进攻。在这个关头，克鲁格妥协了，他要求再给他3个星期时间攻占莱特，并说第6集团军欢迎第77师加入，并打算用第77师在奥莫克登陆。
在珍珠港事件纪念日这天，第77步兵师在奥莫克南几英里处的海岸登陆，给了日军出其不意的打击，奥莫克城在3天后被攻克。这是一次完全成功的战斗，但美中不足的是：仍有4万多日军在莱特岛上作战，看来他们不会投降，日军仍占据着奥莫克山谷的绝大部分。克鲁格的形势岌岌可危，肯尼要建立空中优势还缺少机场跑道，而且这场该死的大雨还在不停地下着。
蒙巴顿元帅（左）在马尼拉停留时访问麦克阿瑟将军。在莱特岛中部的缓慢推进，加上没有建成机场，使得原计划在吕宋的登陆时间推迟了，这使麦克阿瑟感到非常为难和懊恼。
12月18日，他被授予新设立的陆军五星上将军衔，受衔日期比马歇尔晚两天，比艾森豪威尔早两天。
当天他还发布了一份特别公告，宣布莱特岛已经光复，只剩下一些扫荡工作。他将这一任务交给了艾克尔伯格和第8集团军。克鲁格和第6集团军撤出。他们将去攻打吕宋。