1840年，约翰·劳埃德·斯蒂芬斯，这位非常受欢迎的游记作家，在造访了科潘遗迹之后这样写道：“所有的一切都是谜，神秘得令人捉摸不透的谜。”斯蒂芬斯先是骑着骡子，然后改划独木舟，最后又穿过洪都拉斯的雨林地带。他一心想要找到已经不复存在的古代玛雅的城镇。
玛雅人金字塔
在随后的3年中，他踏遍了墨西哥南部和中美洲，发现了40多处遗址。正是在这些地方，在丛林的深处，散乱地分布着许多宫殿和金字塔，以及许多刻着象形文字的碑石和雕塑。斯蒂芬斯认为，所有这些显然都源于某种卓越的文明。
那些追寻斯蒂芬斯的足迹而来的考古学家们都接受了这一观点。在他们解读了墓碑上的符号之后，他们对此更是深信不疑。这些符号都是一些数字，它们表明玛雅人已经精通数学。他们制造了日历，记录的时间长达几百万年。而且他们还相当精确地绘制了复杂的天体运行图。一些杰出的考古学家据此认为，玛雅人或者至少他们的统治者，已经具有了高度的智慧。
西尔韦纳斯·莫利和埃里克·汤普森分别于1946年和1954年在各自的著作中提到了玛雅。根据他们的描绘，玛雅是一个独特的爱好和平的民族。这两位杰出的考古学家发现，在玛雅遗址的周围并没有明显的防御工事的遗迹。莫利和汤普森由此认为，玛雅曾是一个宗教王国，其中国王兼任祭司，他们终日苦思冥想着宇宙中的数学问题。这种思考偶尔也会被前来送食物的农夫打断，这些农夫都依赖于他们的智慧。
刻在墓碑上的数字也为我们提供了玛雅文明消亡的时间。在科潘被记录下来的最后一个日期（根据玛雅人的日历推断）是公元820年，其后玛雅人的其他一些城市也都如多米诺骨牌似的先后消亡了：纳兰霍亡于849年，卡拉科尔亡于859年，蒂卡尔亡于879年。但令人不解的是：这些文明为何消亡呢？玛雅人与墨西哥的阿兹特克人和秘鲁的印加人不同，因为后两者均是被西班牙征服者摧毁的，而玛雅人则在公元900年之前已经放弃了他们的城镇，这比哥伦布进行航海活动还早了将近600年。也没有迹象表明玛雅人的城镇曾遭到过另一个印第安文明——阿兹特克人的好战的祖先的破坏。在这些城镇之间也不可能发生战争——至少莫利和汤普森这样认为。由他们两人所刻画的爱好和平的玛雅人的形象曾主导考古学界的思潮。
因此，至少在过去的几十年中，玛雅文明的消亡，如同吞没了它的丛林一样，是个让人捉摸不透的谜。
一些学者试图从环境方面寻求答案。例如，莫利就认为，玛雅人为了得到更多的耕地，不断地毁林造田，直到最后他们用尽了自己的土地。也有人认为，原因在于玛雅的农夫耗尽了他们的耕地。还有人提出自然灾害，如地震，台风或持续的干旱等作为解释。也有人归因于疟疾和黄热病，毕竟在西班牙人的征服之后，疾病无疑起了很大的破坏作用。
所有这些理论都面临一个共同的难题，就是缺乏证据支持。也许我们很难驳倒它们。但试想，一场足以毁灭玛雅文明的环境灾难，总该在地质层中留下某些痕迹吧——但我们却未曾发现任何蛛丝马迹。
汤普森的理论是：某个文明程度较低的民族（可能来自墨西哥中部或墨西哥湾沿岸地区），进入了位于尤卡坦半岛的玛雅人的最北部的一座城镇，并推翻了那儿的统治者。汤普森认为，与其说这是一次军事侵略，不如说是一次文化侵略。它颠覆了玛雅人在当地已确立起来的政治和宗教秩序。这一情况向南蔓延，反过来又导致了玛雅农民的暴动。这些农民曾经对祭司权贵们俯首帖耳，但他们却不愿向野蛮的入侵者进贡。
至少有一些证据可以支持汤普森的理论。在尤卡坦半岛上的一些玛雅人的城镇中，发现了一些来源于10世纪的带有墨西哥中部风格的橘黄色的陶罐。随后又在那里陆续发现了一些墨西哥湾沿岸风格的建筑。但问题在于，并没有任何遗迹，能够说明玛雅人的中心地带的南移曾受过外来的影响。至于陶罐和建筑，它们可能来源于和平时期的商业活动。即使能证明外来者曾侵入北部地区，陶罐和建筑上的日期也不足以说明这种入侵是发生在玛雅文明消亡之前还是在其后。外来者也很可能只是在玛雅的统治者已经撤离的情况下，填补了一个空白而已。
尽管如此，由于缺少其他更可信的观点，汤普森和莫利的看法仍继续主导着玛雅学术界。直到20世纪60年代和70年代，语言学家们终于能够解读古代玛雅人的单词和数字之后，情况才有所转变。参照译出的文本来看，汤普森和莫利关于玛雅文明消亡原因的解释存在许多漏洞。而且，这些文本也彻底改变了学术界关于玛雅文明的看法。
如果不是因为汤普森，这些文字可能早在几年甚至几十年前就被翻译出来了。汤普森一直坚信，这些文字和先前译出的那些部分一样，只是一些古怪的数学概念和日历。也曾有人提出这些玛雅人的墓碑上刻着的可能既有单词或字母，又有数字和图像，但他们受到了奚落，很快放弃了解读这些文字的努力。
由于汤普森的巨大影响，学者们普遍忽视了迭戈·德·兰达所做的工作。兰达是一位方济各会的传教士。他曾于16世纪50年代访遍了玛雅城镇的各处遗址——这比斯蒂芬斯的探访活动几乎早了300年。兰达曾做过一些初步的尝试，想把玛雅人的符号和字母联系起来。这些尝试都不正确，但他的思路却是对的。可惜，兰达是一个狂热的传教士而非学者，在确信他所收集的玛雅人的书中所载的只不过是些“关于邪恶的迷信和谎言”之后，他将它们付之一炬。
只有四本书逃脱了西班牙传教士的破坏，并在热带雨林的潮湿的环境中幸存下来。其中有一本后来被存放于柏林国家图书馆。在第二次世界大战后期，图书馆发生火灾，这本书几乎也化为灰烬。幸运的是，一位名叫尤里·克诺索洛夫的苏联战士从火中抢出了它，并将它带回家乡。然后，在远离汤普森的思想影响的情况下，克诺索洛夫开始了研究。
1952年，他宣称自己破译了密码：玛雅文字既不全是字母
（如同兰达所认为的），也不全是数字和图像（如同汤普森所认为的）；事实上，克诺索洛夫写道，它是音节和单词的组合。
汤普森对克诺索洛夫的工作冷嘲热讽——这正表现了前者一贯的作风。“这是发生于俄国的严格的党内合作结果的又一真实事例”，他以显然是鄙视的笔调继续写道：“从自由世界的立场来说，我们希望其在军事方面的研究也会如此。”
然而，其他一些学者逐渐开始质疑汤普森，并接受相信克诺索洛夫的观点。当1975年汤普森去世时，人们已经能够理解玛雅人的语法和句法，学者们可以着手翻译玛雅人的作品了。
要做的工作还有很多，因为幸存下来的不仅仅只是四本书，还有刻或绘在石碑上、玛雅人的陶罐上以及城墙上的成千上万的文字。这些东西一经译出，就动摇了由莫利和汤普森所提出的玛雅人的形象。在一座座墓碑上，翻译者们看到了关于战争策略、血腥的战场以及残忍的以被俘的敌人献祭的详尽的描述。我们看到的再也不是爱好和平而又富有知识的祭司阶级了。事实证明，玛雅的统治者，都是些好战的武士。大部分文字都记载了他们在战争中取得的胜利。
考古学家们在摆脱了莫利和汤普森观点的束缚之后，发现了更多的证据，它们向我们展现了玛雅人的穷兵黩武。例如，在蒂卡尔曾发现一些长而狭窄的壕沟和土埂，它们可能曾被用作护城河和胸墙。在拜肯也发现过这种曾用于防御的城墙在卡拉科尔，人们曾发现建筑物上有烧焦的痕迹，还曾在一座金字塔的地板上发现一个未埋葬的儿童。在博南帕克曾发现过许多栩栩如生的壁画，过去人们认为它描绘的是某种宗教仪式，而现在则将它们被看作是真实的战争场面的再现。
考古学家们确立了玛雅人的穷兵黩武的新形象之后，就可以为其文明的消亡寻求新的解释了。阿伦和迪亚娜·蔡斯在伯利兹的某个地方发现了武器，他们认为玛雅的各个城邦之间的连绵不断的战争最终摧毁了玛雅文明。阿瑟·德玛雷斯特在危地马拉北部的一次发掘中发现了成堆的被砍下的人头，他也由此得出了相似的结论。他估计大约在公元820年前后，那儿的玛雅人曾锐减到其以前数量的5％。
德玛雷斯特认为：“像波斯尼亚瘟疫一样的战争最终断送了玛雅文明。”关于城镇之间战争的影响，考古学家似乎正在达成共识。而恰在这时，却发现了一些新的证据，导致以环境因素来解释玛雅文明的消亡的古老观点重又流行起来。1995年，古气候学家在研究尤卡坦半岛中部的奇彻坎努博湖底的沉积物时，发现在公元800～1000年这一时期的沉积物中，硫酸的含量很高。硫酸只有在湖水很少的情况下——通常是在干旱时期——才会沉到湖底。戴维·霍德尔和他的同事认为，这一时期可能曾发生过严重的干旱，造成庄稼歉收，饿殍遍野、疾病盛行，这些都是导致玛雅文明消亡的祸根。
这岂不是使科学家们又回到他们的起点了？未必尽然。首先，霍德尔并未把干旱作为玛雅文明消亡的唯一原因；他只是把它作为引发了一系列环境和文化危机的一根导火线而已。同样，那些强调战争的破坏作用的人也只是把它作为众多因素之一。实际上，自20世纪70年代以来，持不同立场的科学家都逐渐变得更加开明，他们开始考虑到各种相关因素的作用——包括环境的压力和对外战争以及内战的影响。可能曾有许多不同的因素削弱了玛雅人的实力，使他们在最终的危机面前不堪一击。至于这最终危机的性质则因城镇而异。
在过去的几十年中，考古学家们也开始将他们的注意力从南部的玛雅文明的中心地带，延伸到了位于尤卡坦半岛上的较北部的边远地区。这里的一些城镇虽然在规模上远远不及南方的城镇，其存在的时间却比南方的城镇长了数百年；有些直至被西班牙人攻占才没落下去。当位于南部的玛雅人的中心地带面临某种危机的时候，一些难民逃了出去，来到北方。北方的许多城市可能就是由这些难民建立起来的。
最近有人认为，玛雅人的城镇几经变迁——这可能是连年战乱的必然结果。发生于公元900年之前的南部大城镇的衰落以及北方城镇的兴起，都是变迁过程中的一部分——当然只是一个极端的部分。以威利斯·安德鲁斯为代表的考古学家，甚至认为玛雅文明并未消亡，只是向北转移了。
多数考古学家尚不能接受这种观点。南部城镇在取得如此辉煌的建筑和艺术成就之后，竟然衰落到了这等地步，这在玛雅的历史甚至所有民族的历史中都是前所未见的。北方城镇的兴起，有助于我们理解随后发生了些什么事情，但它们却无法解释是什么导致了这些变故，也不能解释玛雅人为什么没有完全复兴。这些都是谜，尽管不再像1840年时斯蒂芬斯所认为的那般神秘莫测，却仍然颇令人费解。
印加文明之谜
素有“新世界的罗马”之称的印加帝国，是南美文明的集大成者。他们与中美洲的玛雅文明并无继承关系。然而，令人目眩的公路网、巨石建筑群、巧夺天工的制金工艺……竟然出自仅有石器的印加人之手，实在是难以置信的奇迹。
南美安第斯山脉南段群山环抱的库斯科，是美洲印第安文明的又一发祥地。库斯科，印第安语为“离太阳最近的城市”，海拔3400米。据古代神话传说，太阳神在的的喀喀湖中的太阳岛创造了一男一女，男人叫曼科·卡帕克，女人叫玛玛·沃利奥。二人结为夫妻而后子孙繁衍，成为印加民族。“印加”一词，印第安语的含义是“太阳的子孙”。太阳神传授各种技艺并赐给他们金杖，晓谕他们率领印加族去寻找金杖沉没的新居地。遵照神的旨意，他们开始跋涉。有一天来到库斯科谷地，金杖一插入地便消失得无影无踪。就这样，太阳的子孙们找到了神灵指引之处，于是安居乐业，生息繁衍，建立起库斯科城，继而缔造了声名煊赫的印加古国，成为美洲三大文明中心之一。