肾活检对了解弥漫性肾小球病变最有价值。凡临床判断为肾脏弥漫性病变和肾小球肾炎、肾病综合征、无症状性蛋白尿、无症状性血尿、系统性红斑狼疮、结节性多动脉炎等，但在诊断上仍有疑问时，肾活检为首选诊断方法。如在临床上怀疑药物性急性间质性肾炎但不能确定病因时，肾活检可协助诊断，指导治疗。对于不明原因的急性肾衰竭，肾活检可明确诊断，决定治疗，判断预后。肾移植术后，如病人发生排异反应，可根据肾活检决定是否将移植肾摘除。对糖尿病、高尿酸血症者进行肾活检可以有助于糖尿病肾病、尿酸性肾病的早期诊断。肺出血肾炎综合征的诊断也有赖于肾活检。急进性肾小球肾炎并非不可逆，及时进行肾活检，明确诊断后积极治疗，肾功能可以明显改善，肾活检后可以指导治疗，判断预后。
