肾病综合征的主要并发症有：
（1）感染。感染是肾病综合征的常见并发症，它与蛋白质营养不良、免疫功能紊乱及应用糖皮质激素治疗有关。常见感染部位的顺序是：呼吸道、泌尿道、皮肤，目前已有多种抗生素可供选用。但如果治疗不及时或不彻底，感染仍是肾病综合征复发和治疗不佳的原因。
（2）血栓、栓塞并发症。由于血液浓缩及高脂血症造成血液黏稠度增加所致。另外，蛋白质丢失及肝代偿性合成蛋白增加，可引起机体凝血、抗凝和纤溶系统失衡。此外，患肾病综合征时，血小板功能亢进、应用利尿剂和糖皮质激素等会加重高凝。而此类并发症中以肾静脉血栓最为常见。
（3）急性肾衰竭。其机制可能是因肾间质高度水肿压迫肾小管以及大量蛋白管型阻塞肾小管所致。由于肾小管管腔内高压，间接引起肾小球滤过率骤然减少，导致急性肾实质性肾衰竭。
（4）蛋白质及脂肪代谢紊乱。长期低蛋白血症可导致营养不良、小儿生长发育迟缓；免疫球蛋白减少造成机体免疫力低下，易致感染。