就肾病综合征本身而言，是无法使用抗生素预防的。尽管各种类型的肾病综合征发病机制都不甚明确，但通过肾活检免疫荧光检查可以看到，除微小病变型多数肾小球中无免疫球蛋白和补体沉积外，其余各型都可见各种免疫球蛋白和补体的沉积物以及循环免疫复合物的存在，由此可以提示肾病综合征属于免疫复合物病。抗生素不能阻止任何原因产生的免疫复合物在肾小球基底膜上的沉积，因此不能预防肾病综合征的发生。
从肾病综合征的病因学观点看，凡能引起肾小球病变的各种疾病，均可发生肾病综合征。原始病变发生在肾小球的疾病，包括急慢性肾小球肾炎、急进性肾小球肾炎、慢性肾小球肾炎及肾小球肾病。这些疾病主要与甲种溶血性链球菌感染有关，然而并不是由细菌或其产物直接侵犯肾脏所致，感染后的免疫反应是其根本原因。
因此，准确地说抗生素只能控制细菌的感染，并不能控制感染后的免疫反应。当然，在发生感染性疾病时，必须及时使用抗生素控制，对于慢性感染，如扁桃腺炎、咽炎、鼻窦炎、龋齿、中耳炎等，应尽量彻底治疗。
有学者主张，在链球菌感染流行时，短期使用抗菌药预防以减少发病。也有学者主张，急性肾炎病人常规使用10天为一个疗程的青霉素，然而事实上这种治疗对于急性肾炎本身是很少有疗效的，也无法阻止病情的发展及肾病综合征的出现。
至于继发于全身疾病的各种继发性肾病综合征，除同时存在细菌感染的情况外，使用抗生素对肾病综合征的预防和治疗也都没有实际意义。