湖泊水资源在地区上与时间上分布的不平衡性，也影响到水资源的合理利用。中国地处东亚季风区，降水量主要集中在每年的6～9月，此时也是湖泊与河流的汛期。由于湖泊的蓄水量有限，汛期众多的水量未被利用就白白地流走，仅洪泽湖、洞庭湖和鄱阳湖每年汛期就有1500余亿立方米的水量被排出湖外。而冬、春农田灌溉用水的季节，又正是湖泊的枯水期，水源不足影响到农田灌溉、交通航运和水产养殖等事业的发展。湖泊水资源在地区上的分布也是很不均匀的。
为了改善水资源在时间上与地区上分布的不平衡，解放后进行了大规模的水利建设。月亮泡、白洋淀、南四湖、洪泽湖、洪湖、洱海等许多大、中型湖泊已建闸筑坝，这些湖已由天然湖泊转为受人工控制的湖泊型水库，增加了湖泊的容蓄量，提高了水资源的利用率。此外，在湖泊及河流的上游，还兴建了大、中、小型水库86000座，增加地表水蓄量4000亿立方米左右。随着现代化建设的发展，对淡水的社会需要量将不断增加，采取工程措施来改变水资源分布的不平衡状况，将是提高水资源利用率的重要途径。
3.维护生态平衡，保护生物资源。湖泊中时刻发生和发展着的地质、地貌、水文、化学、生物等各种自然现象，彼此相互依存，相互制约，统一于湖泊这一综合体中，从而形成了一个完整的生态系统——湖泊生态系统。
湖泊生态系统又是整个生物圈的组成部分，它像森林、草原等所有别的生态系统一样，都是由生物及其所赖以生存的环境两大部分所组成的不可分割的整体，并在其内部不停地进行着物质的流动和能量的转换。一个生态系统中的生物成分有生产者、消费者和还原者（分解者）。湖泊生物成分中的生产者包括浮游藻类、附生藻类和大型水生植物，它们能够把二氧化碳和无机营养元素如氮、磷、钾、硅、铁等在太阳光的作用下，合成有机物质，组成自己的躯体，并把光能转变成生物能。消费者包括浮游动物（如轮虫、枝角类、桡足类等）、底栖动物（如螺、蚌等）和游泳动物（如鱼、虾等），它们从绿色植物合成的有机物质中获取自身生命活动所需要的物质和能量，其中肉食性动物（如鳜鱼、青鱼等）则从别的动物躯体获取自身生命活动所需要的物质和能量。还原者是细菌和真菌，它们分解复杂的生物有机体获取自身生命活动所需要的物质和能量，同时把生物有机体还原为二氧化碳和各种无机物质。在湖泊生态系统中，物质和能量就是这样不停地进行着流动和转换。当然，这种流动和转换不是简单的、直线式的，而是十分复杂的网络状系统。由于在流动和转换过程中，物质的大部分转入了贮存状态，只有少部分被消耗，因此就为人类蓄积了鱼、虾、蟹、贝、菱、莲、芡、芦等湖泊生物资源。
湖泊生态系统是在湖泊长期的自然演变过程中所形成的，并处于相对的平衡状态。人们在利用湖泊资源时，如果忽视了湖泊生态系统的整体性，破坏了其中某一环节，就会引起一系列连锁反应，使整个生态系统失去平衡，导致资源的衰减。例如与江河通连的湖泊，解放以后兴建了许多闸坝，在水利上虽然发挥了显著的效益，促进了湖区工农业生产的发展。可是有的湖泊在兴建闸坝的同时，没有从生态系统的角度对湖泊进行周密的综合分析，以致建成的闸坝，切断了鱼、蟹的自然洄游通道，破坏了湖泊水域的生态平衡，引起了水利与水产之间的矛盾，使湖泊鱼产量大幅度下降。江苏省洪泽湖建闸前，鱼类年最高产量曾达4200万斤，自从上游的蚌埠闸建成后，淮河的水文状况发生了变化，青、草、鲢、鳙鱼的产卵场被破坏；下游的三河闸、万福闸建成后，又得不到来自长江的鱼、蟹苗源的补充，水产资源量减少，产量下降。安徽省的泊湖，建闸前的1955年，鱼产量达到700余万斤，其中青、草、鲢、鳙等大型经济鱼类占产量的54％，建闸后年产量则徘徊在200万斤左右，最低年产量只有90万斤，大型经济鱼类仅占产量的10％。河北省的白洋淀，过去是盛产河蟹之地，河蟹体大肥满，脍炙人口，可与江苏省的阳澄湖清水大闸蟹相媲美，遗憾的是下游枣林庄闸建成以后，该淀河蟹已近乎绝迹。
此外，湖泊滩地围垦，耕地面积虽然扩大，粮食产量增加，但同时也造成许多大、中型湖泊面积之缩小和许多小型湖泊之消亡，这不仅导致湖泊调蓄能力的下降，与水利发生矛盾，而且也与水产发生矛盾。因为湖泊滩地水生植物茂盛，是鱼类栖息和索饵的场所，围垦滩地必将影响水产资源的产量。位于江西省鄱阳湖东南部的信江、抚河入湖三角洲，其上苔草群落发育良好，是该湖鲤鱼、鲫鱼的主要产卵场所，对补充该湖鱼类资源起着重要的作用。20世纪60年代以来因大量的滩地被围垦，鲤、鲫鱼的产卵场日趋缩小，造成了该湖鱼产量的明显下降。
因此，在湖泊资源的开发利用中，必须注意维护湖泊的生态平衡，本着综合开发、统筹兼顾、因地制宜、兴利除弊的原则，把湖泊建设成具有蓄洪、排涝、灌溉、给水、航运、旅游和水产养殖等多种效益的综合性水体。只有这样，才能有效而合理地利用湖泊资源，为人类提供更多的物质财富。单一开发必然顾此失彼，造成资源的浪费，甚至会出现如恩格斯所告诫的那样，人们陶醉于征服自然所取得的胜利，却往往受到自然的惩罚。
当然，对于因不合理开发而导致湖泊生态平衡受到的干扰破坏，要采取适当的改善措施，以逐步恢复其生态平衡，有利于湖泊资源的合理利用。围垦湖泊及兴建闸坝虽然对湖泊生态和水产资源会带来不利影响，但若采取相应的保护性措施，亦能达到恢复水产资源、发展渔业生产的目的。
（1）兴建过鱼设施，适时灌江纳苗。有些湖泊因兴建闸坝而隔断了鱼类洄游的通道，可补建鱼道。建设鱼道，欧美各国已采用，并有成功的经验。中国白洋淀、洪湖、巢湖、固城湖、高邮湖等受闸坝控制的湖泊，也已补建了鱼道。江苏省太平闸鱼道就是沟通长江与邵伯湖、高邮湖、洪泽湖等湖泊的重要鱼道。据观察，在鱼苗汛期，有鳗苗、刀鱼等由长江经鱼道入湖。
灌江纳苗就是根据某些鱼类和河蟹的洄游习性，在鱼、蟹苗旺发的汛期，选择江湖水情有利时期，适时起闸，使鱼、蟹苗随江水进入湖内，以补充湖泊水产的后备资源。如湖北省的洪湖，1964年5月利用螺山排水闸灌江一次，当年产量就由1963年的770万斤增加到1086万斤，1965年达1600万斤，而且青、草、鲢、鳙等大型鱼类所占的比例显著上升，显示了灌江纳苗的效果。1972年5月13～21日，先后灌江5次，共126小时，估计灌入的鱼苗达1亿尾以上，当年在湖中就能见到体长半寸左右的青、草、鲢、鳙鱼群，渔民也经常可以捕获到体重半斤以上的个体，濒于绝迹的河蟹、鳗鲡又重新有了捕捞产量。以产河蟹著称的江苏省阳澄湖为例，该湖20世纪50年代的河蟹常年产量在10万～15万斤，1951年最高产量为22万斤，1959年于下游的浏河口建闸后，中断了河蟹苗入湖的主要通道，造成河蟹产量锐减，1960年降至5万余斤，1961年更进一步下降到3万余斤。1962年开始灌江纳苗后，产量逐年回升，至1965年产量又回升至35万斤，比历史最高年产量提高了60％以上。
（2）建立繁殖保护制度，促进湖中定居性鱼类资源的增长。鲤、鲫、鳊、鲌、银鱼等都是湖泊中定居性鱼类，根据其生长、繁殖的习性，规定“禁渔期”和捕捞规格，确保亲鱼产卵繁殖，大量增加其补充群体，是促使鱼类资源增加的重要措施之一。太湖渔业生产管理委员会根据国务院颁布的《水产资源繁殖保护条例》，制定了《太湖水产资源增殖与繁殖保护实施细则》，规定银鱼禁捕期为每年2月上旬至5月中旬，开捕和禁捕的具体日期均由湖管会同水产收购部门和渔业生产单位的代表经试捕确定。对于鲤、鲫、鳊等经济鱼类，经过调查研究之后也都划定了季节性的繁殖保护区，并确定了停捕、开捕的日期。这一措施经过多年来的认真贯彻执行，使太湖的鱼产量有所提高，鱼、虾、蟹年产量一般都能保持在2000万斤以上。阳澄湖当地管理部门规定河蟹的禁捕期为每年的6月下旬至9月下旬，最小起捕规格为一两半；鲤鱼的禁捕期为5月下旬至9月下旬，最小起捕规格为半斤；青虾的禁捕期为每年的7月上旬至8月上旬。其他如滆湖、洪泽湖等适时禁捕银鱼，也都取得了较好的成效。
（3）人工放流，提高大、中型经济鱼类与河蟹的产量。自从人工繁殖培育青、草、鲢、鳙、团头鲂等鱼苗实验成功和相继推广应用之后，人工放流已成了调整湖泊鱼类区系组成，提高大型经济鱼类产量的一项重要资源增殖措施，如今全国许多湖泊都已广泛应用。在太湖的水产资源中，多年来以梅鲚、银鱼和白虾为主，这“三小”成了该湖的优势种群，占总产量的70％左右。1957年～1973年陆续投放了鲢、鳙、鲤等夏花和鱼种1.2亿多尾，其中尤以1969年～1973年投放的鲢、鳙、鳊鱼较多，1973年捕获的鲢、鳙鱼约占该湖鱼产的30％，鳊鱼占9％。长江下游湖泊人工放流河蟹苗的效果比较显著，河蟹本是下游湖泊的大宗水产品之一，由于江湖阻隔，产量逐年下降，高邮湖、白马湖、洪泽湖等已近乎绝迹，60年代末推广河蟹苗人工放流后，产量迅速回升。1974年洪泽湖河蟹产量猛增至140万斤左右，同年江苏省河蟹产量达1300万斤，超过历史最高年产量60％以上。
除上述的水产资源增殖和保护措施外，还应淘汰和限制水老鸦、密目网等落后的渔具渔法；在湖区种植菱、莲、芦苇、茭草等水生植物，实行养、捕、种结合，以种植推动湖泊生态平衡的逐渐恢复，有利于水产资源的繁殖保护，促进渔业生产的发展。
中国广大地区的湖泊自然条件优越，但是从事天然捕捞的大型湖泊，每亩水面的鱼产量不超过10斤；中型湖泊产量略高，也只有10～20斤；从事养殖的小型湖泊，每亩水面的鱼产量一般在30斤以上，好的能达200余斤。从以上的对比分析可知，提高湖泊鱼类的产量是有可能的，只要重视湖泊的生态平衡，加强水产资源的繁殖保护，像对待耕地那样把可以利用的湖面都充分利用起来，不仅使渔业生产的面貌能逐步好转，而且对湖区农业生产的发展也将是一个很大的促进。
我国对保护湖泊生态环境和湖泊资源是十分重视的。宪法已明确规定：“国家保护环境和自然资源”，制订了《环境保护法》，明确宣布：“一切企业、事业单位的选址、设计、建设和生产，都必须充分注意防止对环境的污染和破坏”；“新建大、中型水利工程，必须事先做好综合科学调查，切实采取保护和改善环境的措施，防止破坏生态系统”。湖泊是自然资源的重要组成部分之一，保护湖泊生态环境和湖泊资源，人人有责，在社会主义建设的大好形势推动下，湖泊资源的开发与保护必将出现一个新的面貌。