一提起秦始皇，就会想到他发起的“焚书坑儒”这一典故，但是历史上秦始皇到底有没有“坑儒”呢？秦始皇的“坑儒”是“焚书”的继续。至于坑杀的人究竟是方士还是儒生，学术界各持己见。从分析“坑儒”事件的起因看，秦始皇所坑杀的人应该是方士；但从长子扶苏的进谏“众儒生都学习孔子的学说”来看，秦始皇所坑杀的又好像是儒生。
东汉卫宏在《诏定古文官书序》中记载，秦始皇在骊山温谷挖坑用以种瓜，以冬季瓜熟的奇异现象为由，诱惑诸生集于骊山观看。当众儒生争论不休、各抒己见时，秦始皇趁机下令秘杀填土而埋之，七百多名儒生全部被活埋在山谷里。于是有人便根据这一点而偏向于传统的说法，认为秦始皇确实有过“坑儒”的行为。
有人研究过很多有关史籍，认为“焚书”有之，“坑儒”则无，实是“坑方士”之讹。“坑方士”事见始皇三十五年，因为侯、卢二人求仙药不成，他们惧“秦法不得兼方，不验辄死”，骂了秦始皇一番后逃走。既然事端由方士引起，那么就只能是“坑方士”，当然不能说被杀的四百六十余人中没有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被杀的主体应该是方士，而被杀的原因更与儒家的政治主张和学派观点无关。
所以即使被杀者有儒生，也并非因其为儒生而得罪，总是与方士们有某种牵连之故。因此绝无理由说秦始皇“坑儒”。尽管秦始皇早因“坑儒”之举背上千古骂名，然而，直到今天，秦始皇究竟有没有“坑儒”这一谜团还是没有解开。