《巴黎条约》第95条关于过渡条款的公约所规定的过渡期届满后，如有必要修改欧委会行使权力的规则，此项修改应由欧委会和理事会（理事会以其组成人员的10/12多数通过决定）以联合提案的形式提交欧洲法院征求意见。欧洲法院在研究过程中有权评估全部事实和法律部分。如果欧洲法院认为提案符合有关规定，提案应送交欧洲议会。如果欧洲议会以其组成人员的2/3和投票表决的3/4多数通过，该提案即可生效。
按照《欧共体条约》第228条第6款的规定，如果共同体与一个或多个国家或国际组织缔结协定，欧盟部长理事会、欧委会或成员国可就拟议中的协定是否与该条约的规定相符合，听取欧洲法院的意见。在欧洲法院持反对意见的情况下，有关的协定只能根据《欧洲联盟条约》第N条生效。
2欧洲初审法院的管辖权
初审法院主要是为减轻欧洲法院日益增多的案件审理重负而设立的。不过，欧洲法院的管辖权主要来自欧盟的一级立法，而初审法院的管辖权则主要由欧盟的二级立法依据一级立法确定。
根据基础条约，例如《欧共体条约》第168条A的规定，初审法院只能审理由自然人或法人提起的某些种类的诉讼，无权管辖由成员国或欧盟机构提起的诉讼，也无权作出先予裁决。现行初审法院的管辖权系由决定设立该法院的欧盟理事会1988年10月24日第88/591号决议规定的。另外，欧盟理事会1993年6月8日第93/350号决议和欧盟理事会1994年3月7日第94/149号决定扩大了初审法院的管辖权。
初审法院的管辖权基本上是从原欧洲法院的某些管辖权移转而来：
欧盟机构与其雇员间的争议案件
初审法院在审理此类案件时，通常除依据有关的欧盟法外，还须在职员守则（StaffRegulation）或雇佣条件（ConditionsofEmployment）规定的限度内与条件下进行。如果职员守则有违法或显失公平之处，初审法院有权通过自己的判决实施法律和维护公正，而不受职员守则的限制。
在由欧盟机构雇员为原告人的此类案件中，通常原告人应向有关的欧盟机构的上级官员提出申诉。如果原告人对该上级官员的答复不满意，或在其提出申诉后4个月内根本未得到答复，那么，他可在此后2个月内将此事项诉诸初审法院判决。在一般情况下，欧洲初审法院的有关分庭负责审理此类案件。
煤钢企业及企业协会与欧委会间有关征税、生产、价格以及垄断协议和集中的案件
《巴黎条约》第50条和57条至66条，对欧委会就煤钢生产征税做了规定，也对欧盟煤钢企业及企业协会在煤钢生产中的行为，煤钢价格确定方面的行为，煤钢的生产、定价、技术发展及投资方面的行为做了规定；同时也规定了欧委会在以上各方面的监督和管理权限。凡是由煤钢企业及煤钢企业协会为原告所提起的、指控欧委会在以上任何方面和行为不当的案件，现均由初审法院管辖。
由自然人或法人对欧盟提起的，旨在请求宣布欧盟有关法令无效，或指控欧盟机构失职，或要求损害赔偿的案件
第一，自然人或法人与欧盟机构间有关实施欧共体竞争规则的案件。
《欧共体条约》第85至90条，对适用于欧盟企业的竞争规则做了规定。这些竞争规则一方面规定了欧盟企业在竞争中所应遵守的行为准则，另一方面也规定了为实施这些规则，欧盟部长理事会、欧委会和欧洲议会的职责与权限。凡由自然人或法人作为原告人所提起的、指控欧盟机构在实施以上竞争规则中行为不当的案件，现均由初审法院管辖。
第二，以欧盟机构为被告人的关于倾销和补贴的案件。
《欧共体条约》第91条、第112条和第113条中规定了有关反倾销和补贴的规则。根据这些规则，欧盟部长理事会和欧委会等机构负有实施这些规则的职责和权限。凡以欧盟机构作为被告人的、指控其在实施以上任何规则过程中有不当行为的案件，现均由初审法院管辖。
依据《欧共体条约》第181条行使仲裁权
对于欧洲经济共同体所签订的、或者为了共同体的利益而签订的公法或私法意义上的契约中所包含的仲裁条款，初审法院有权进行裁决。
欧洲初审法院的设立，在一定程度上减轻了欧洲法院的负担。
四、司法机构的特点
欧盟司法机构的特点根源于其性质，而欧盟司法机构的性质根源于欧盟的性质。欧盟是一个极其独特的国际组织，它虽以传统形式的国际条约为基础而成立，却又与以往的任何国际组织有着本质区别。正是欧盟的这种复杂的性质决定了欧洲司法机构的性质及其特点。
如果说欧盟是一个独特的区域性国际组织，那么，欧盟的司法机构就可以称为独特的区域性国际司法机构。
有的学者认为，作为欧盟的主要司法机构，欧洲法院既不同于传统的国际法院（如联合国国际法院），也不同于传统的国内法院（如联邦制法院），仿佛是一个兼具国际法院、行政法院、民事法院以及超国家的宪法法院的多种属性的法院。
首先，欧洲法院和成员国的法院之间的关系不构成主权国家法院系统中的层级关系。从管辖权上看，欧洲法院不仅享有类似联邦成员的对欧盟及其成员国的管辖权，还可以受理欧盟有关机构及其雇员、有关仲裁条款的合同争议等案件。从先予裁决程序看，欧洲法院行使的是一种解释权，成员国法院的先予裁决提请并不是向欧洲法院提起上诉。就判决的执行而言，成员国法院执行欧洲法院的判决并不是作为下级法院执行，而是作为一个执行机构履行条约义务。因此，欧洲法院和成员国的法院关系更多地是一种合作关系。欧洲法院显示出明显的国家间协调的特征。
其次，欧洲法院与国际司法体制中的国际法院也有较大的差异。从职能范围上看，欧洲法院享有欧盟内最高的审判职能和对欧盟法的解释以及司法审查权。除非不接受欧盟基础性条约，欧洲法院对成员国的管辖权是强制性的。但国际法院仅对国家之间通过种种方式自愿提交的案件具有管辖权，而且《联合国宪章》并没有赋予国际法院审查联合国机构的行为和决定的权力。从解释权来说，欧洲法院的基本职能是保证在解释和适用欧盟条约时，欧盟法得到遵守。而国际法院对《联合国宪章》并不具有最终的解释权，而只能发表咨询意见，而该意见并不具有法律上的拘束力。就法院判决的执行而言，欧洲法院可以对没有履行其判决的成员国处以经济处罚，对于成员国法院的提起先行裁决的判决，也具有强制执行力，成员国必须予以遵守。除可以请求安理会执行外，国际法院本身则没有强制执行的机构和执行程序。因此，作为国际组织的司法机构，欧洲法院体现出集权意志，具有较强的权力意识，是当今国际司法机构中的一个另类。
欧盟司法机构的性质决定了它具有以下两大特点：
欧盟司法机构缺乏强有力的执行力
司法机构的判决必须以强制力作为后盾，但欧盟法并没有赋予欧洲法院相应的执行能力。欧洲法院督促其判决的执行主要通过两种途径：一是将成员国不履行条约义务或不执行判决的情况公之于众，即公布在欧洲法院年度报告中；二是对违约成员国处以经济罚款。这两种途径均不足以敦促有关成员国履行条约义务或执行其判决。事实上，在很大程度上，欧洲法院判决的执行主要依赖于成员国政府和法院的善意合作。
欧盟司法机构缺乏足够的影响力
欧洲法院经常被看作欧洲一体化的真正的发动机，因为它的裁决总是从根本上把一体化引向深化。然而，这样一个机构并没有足够的影响力。从欧盟层面上看，前已述及，一体化之初，缔约者的初衷仅仅是把欧洲法院设计为欧委会的救济机构，所以，在欧盟准三权分立的体制中，欧洲法院处于最底层的地位。从成员国层面上看，多年来，欧洲人对欧洲法院知之甚少。或许除英国外，大多数欧洲国家的媒体很少聚焦于欧洲法院的活动。根据1992年进行的一次民意测验，当围绕《马约》批准的风波白热化时，曾经听说过欧洲法院的欧洲人竟然不超过三分之一，以至于它经常可能被误认为是位于斯特拉斯堡的欧洲人权法院。