小型拖拉机的科学保养是延长使用寿命的关键。所谓科学保养，是指对小型拖拉机各部件进行系统的清洗、润滑、紧固、检查、调整、堵漏及更换零部件等一整套措施。
小型拖拉机所用的各种油料，都要求清洁干净，特别是柴油，必须经过净化才能使用。净化有两个途径：一是机外净化，通过沉淀、过滤清除杂质；二是机内净化，通过保养、清洗、过滤、更换滤芯等办法，保证柴油干净。
保持冷却系统和冷却水的洁净，否则会导致冷却系统的障碍，因此，小型拖拉机必须使用洁净的软水。
