他在水利系讲授水文学和治河工程两门课程。有在普林斯顿大学给莫里斯教授当助教的经验打底，再加上他读硕士和博士时横跨水文学和工程地理学，在两大领域都有前沿性的科研成果，毕业后又先后在美国和国内从事过大量水文勘测及水利规划工作，在课堂上能够从实践到理论，由浅入深、旁征博引，将两门原本枯燥乏味的课程讲得趣味横生，很快成了工学院最受欢迎的课程，以至不少外系的学生也纷纷来旁听，使得原本没坐满的教室变得人满为患；一个学期下来，甄垠年就一跃成为了工学院最知名的教师，有的学生甚至仅仅出于喜欢听他的课，竟然舍弃原来的专业，改学水文学或治河工程专业了。
甄垠年日渐在大学讲堂上找到了自己的成就感。回国后一直有点找不着北的那种彷徨心理似乎也慢慢消失了。授课之余，他开始重操回国前已经初展才华的理论研究，他结合自己在美国密西西比河流域和中国的西南、西北河流勘测过程中掌握的资料，从水文和泥沙入手，先后撰写了两篇论文，并且很快在国外的权威杂志上发表了。不久，他的老师莫里斯教授专门写来了一封信，告诉他其中一篇论文被国际泥沙研究学会评为年度优秀论文，他还因此被吸收为该学会的会员，使他成为该协会为数不多的几名中国会员之一。莫里斯教授还邀请他赴美做访问学者，甄垠年觉得，在国内这几年，自己对国外水利界的最新进展颇有些生疏了。对他来说，这未尝不是一次与国际学术界沟通的难得机会。他心里遂萌生了去美国的念头。
可就在这时候，全国爆发了大规模的游行示威活动，将甄垠年也卷进去了。
从五月上旬开始，北平、上海、南京和广州等地的大学生就开始上街游行。由于内战的进一步蔓延，导致物价上涨，金圆券不断贬值，而现有的教育经费根本无法应付各高校的正常运转，一个教授每月的薪金只能购回一袋大米，其他教师的生活景况更加可想而知了。至于大学生每月的津贴，连喝稀饭都不够。许多学生每日靠喝菜汤度日。此前，北大几所高校曾经联名上书教育部，呼吁增加教育经费，改善师生待遇，但政府始终不予理睬，甚至以“匪患未除，一切应以维持大局为重”为由，将递交呼吁书的高校代表逐出门外。政府的粗暴行为很快引发了一系列连锁反应，起先是京沪两地的大学生开始上街游行，随后，南京、广州等地的大学生纷纷响应，直至组成大学生联合请愿团，从各大城市分别乘火车赴南京请愿。为了声援请愿团，全国各地游行示威声势越来越大。而与此同时，昆明发生了西南联大教授闻一多被特务杀害的惨案，遂使本来已经激化的冲突进一步升级了。大学生们义愤填膺，打出的标语也增加了“反对内战”、“要求民主”等内容。一时间，全国各大城市都出现了更大规模的游行示威活动，连许多机关职员和工人也参加进来了。
起初，武大的游行示威只是出于呼应各地高校，规模并不大，范围也仅仅限于校园内及武昌。这当然跟当局和校方的严加防范有关。那几天，校园里游动着不少便衣警察，学生外出和外面的人进校园都受到层层盘查，整个武大校园几乎变成了一所监狱。
就在这时，理学院的一位老教授因贫病交加，在家里上吊自杀了。事发的当晚，理学院的学生们便以凭吊老师的名义，聚集在老教授的家门口，组成游行队伍，从珞珈山下出发，经行政楼、图书馆、体育馆，一路上悲愤的口号不断，很快，队伍像滚雪球似的越来越大，不少教授也走进了游行队伍。随后，游行队伍开始向校园外进发。但就在校门口，被闻讯赶来的大队军警拦截住了。
这天是5月23日，正逢周末，甄垠年本来是去沈福天和可昕家吃饭的。但刚到校门口，就碰上了游行队伍同军警互相对峙的场面。军警们排成一字长队，荷枪实弹、如临大敌，将校门封锁得严严实实。此时，游行队伍聚集了好几千人，黑压压的一片，足有一公里长。不少大学生头上缠着白布带，上面写着“还我师长”、“停止内战”和“反对暴政”等字样，一个个挥舞拳头，呼喊口号，眼里喷涌着愤怒的火焰。队伍像潮水似的，一拨一拨地涌向校门口，但每次都被组成人墙的军警给挡了回来。几位熟悉的老教授也在人群中，脸上同样浮现出悲愤的表情。甄垠年还看见了他的几个学生一马当先地冲在队伍的前头。见此情景，甄垠年顿时把去妹妹家吃饭的事情忘到脑后，毫不犹豫地走到学生和老师们中间去了。
甄垠年一走进人群，就像一朵浪花被卷进漩涡，完全身不由己了。他随着师生们一次一次地涌向校门，又一次一次地退了回来。有好几次，队伍就差点突破军警人墙，冲出校园了。那一刻，甄垠年想起了几年前在重庆参加过的那场大游行；较之那次，这一次无疑更加惊心动魄。但他心里丝毫不感到害怕。这么多年来，他始终都是一个人面对着这个凶险难测的世界，而现在，他是和一群人在一起，置身在同仇敌忾、义无反顾的学生们中间，他感到一种从未有过的激动和踏实。他觉得自己变成了学生中的一员，仿佛一个在前线冲锋陷阵的战士那样，无所畏惧，显得异乎寻常的勇敢。
枪声就是在这一刹那间响起来的。甄垠年尚未反应过来，就看见离自己不远有两个学生应声倒地了。这是他平生第一次这么近的距离听到枪声，也是第一次看见人在枪声中倒下。他觉得浑身的血液仿佛被火柴点燃了似的，直往头上涌。队伍短暂地骚动了一下，接着爆发出一阵海啸般的呼吼声：“他们开枪杀人了！”“还我同学！”“讨还血债！”口号声像打雷一样从头上滚过。游行队伍随之跟军警发生了厮打。一时间，手无寸铁的学生们和挥舞着大棒和枪刺的军警纠结在一起，怒吼声、呻吟声此起彼伏，身边不断有人捂着头倒下，溅起一片片鲜血。接着，校门口的军警人墙被冲破了一道口子。甄垠年随着人潮向前涌去，但就在这时，一个军警挥着大棒打过来，他来不及躲闪，只觉得头部发麻，两腿发软，扑通一下倒在地上了……
§§§第七节
在这起突如其来的血腥事件中，除了两名大学生遇难，还有十几名大学生及包括甄垠年在内的几名教授受了伤。虽然应广大师生的强烈要求，校方为罹难学生举行了葬礼，但政府认定这起事件是受到了共产党操纵，并派出军警在学校大肆搜查，拘捕了几个被称为是“共产党武汉秘密学联组织成员”的学生，并强制罢课的学生复课，在全校实行宵禁。整整一个多月，武大都笼罩在一片令人惊悚的恐怖气氛中。
甄垠年头部缝了五针，在医院躺了一个多星期。这期间，都是妹妹可昕和沈福天轮流照料的。那天，可昕本来已经煨好了骨头汤，等哥哥去喝的，可一直等到中午，也没见人影子，后来才获悉甄垠年被军警打伤的消息。两口子把大头托付给邻居照看，就急急忙忙地奔往医院，在路上，沈福天对可昕嘀咕道：“你哥堂堂一个大学教授，学生游行他跟着掺和啥子呢？”可昕抢白了他一句：“当初在重庆，你不是也跟着上街游行过么？”沈福天也觉得自己说的不太妥当，就不吱声了。
两个人赶到医院，见甄垠年头上缠满纱布躺在床上，连嘴巴眼睛都遮住了，开口说话也很困难。可昕见此情景，坐在床边，眼泪扑簌簌地直往下落，沈福天找医生了解了一下情况，知道伤势并不严重，可昕这才平静下来。
晚上，沈福天回家照看大头，甄可昕留下来继续照料甄垠年。看得出，这起事件使甄垠年的身心都受到了极大的伤害，木然地躺在床上始终不说一句话，让可昕也觉得不知如何是好。
一天下午，江大老校长吴园圃特地来医院探望甄垠年。作为甄超然的老友，吴园圃显然对甄垠年的受伤颇为难过。甄垠年是他聘请来到武大的，现在遭此厄运，他觉得自己应该承担一部分责任。身为副校长，尽管同情师生，但他处世一向审慎，到武大任职的时间又不长，所以也不便在公开场合表明自己的态度。
趁旁边无人，吴园圃悄悄告诉甄垠年，军统怀疑他和另外几名受伤的教授同共产党地下组织有牵连，还在医院布置了密探监视他们。甄垠年听了，觉得一股怒火又从心底升腾起来。“他们既然怀疑我，干吗不把我也抓起来！”他气愤地嚷道，从病床上霍地坐起身，可头部的伤口未愈合，疼得他咧了咧嘴巴。吴园圃伸手制止了他。“我当然不相信。你怎么可能是共产党呢？”吴园圃颇不以为然地耸耸肩，过了一会儿，他问：“垠年，你是不是去过一次延安？”
甄垠年说：“是的，两年前我随父亲跟议和代表团一道去的，怎么了？”
吴园圃哦了一声：“他们大概就是因为这个怀疑你是共产党吧。”
甄垠年愣怔了片刻，才说出一句：“岂有此理！如果是这样，他们是不是把我父亲也怀疑上啦？”
吴园圃苦笑了一下：“军统那帮人现在是草木皆兵，说不定对我也怀疑上了呢！”
两个人沉默了一会儿，吴园圃说：“你父亲已经知道你的情况了，他让我转告你，让你回上海去养伤，避避风头……”
甄垠年听罢，喃喃道：“这样一来，我好像真的成了共产党了。”
吴园圃以长辈的口吻劝慰道：“眼下战场上的形势越来越对国军不利，政府怕后院失火，到处抓捕共产党分子，你还是听令尊大人的话，暂时离开武大一段时间吧。”
甄垠年从这位平素温和宽容的老校长身上，感受到一种深深的无可奈何之情。他原本已有赴美做访问学者的计划，现在看来，自己是不得不离开武大了。想到这儿，甄垠年心里一阵怅然。
甄垠年出院后，在妹妹可昕家里休养了两天。不久，他便离开武汉，乘船去上海了。