李时珍回到湖北，立刻着手《本草纲目》的编写。为了使这部著作尽善尽美，他一方面将自己在医疗实践中的经验心得记录下来，在以前所掌握的医学知识的基础上，大量阅读医学专著，但他仍深感不足，由于有关医学的知识散落在相关的书籍中，李时珍决定大海捞针，“凡经、史、子、传、医卜、星象，无不毕览”，史称“阅书八百余家”，就是希望能从中发现一二个有用的记录。为此他记录下大量的参考资料，写了大量的读书札记。另一方面，也是更为重要的一方面，李时珍极其注重野外考察，注意搜集大量的民间药方。他带着自己的儿子、门徒，到各地去游历，历经千山万水，过着风餐露宿的生活。后人赞道：“达穷僻壤之庐，险探仙麓之华。”这就是他调查活动的真实写照。他到湖广一带山地进行实地调查，他爬过江西庐山，攀过江苏茅山，进过南京牛首山紫霞洞，游过安徽，足迹遍布大江南北，凡是药材资源丰富的山岭他都去过。在这过程中，李时珍采集了大量的标本。对每一棵草药，从产地、栽培，到根、茎、叶、花果的样子，以及形态、气味、功能等，都进行了详细地记录，深入地研究。同时他也到平常百姓家去收集药方，广泛地接触各行各业的人。种地的、打鱼的、砍柴的、打猎的、放牧的……都成了他的助手和老师。
只有不断实践，才能得到真知。李时珍深晓这一真理。当时有一种穿山甲叫做鲮鲤。根据陶弘景《本草经集注》的记载，“穿山甲是一种食蚁动物，他能陆能水，日中出光，张开鳞甲如死状，诱以入甲，即闭而入水，开甲蚁皆浮出，围接而食之。”穿山甲的生活习惯真是这样的吗？为了弄清这个问题，他跟随猎人深入山林，进行穿山甲解剖，发现胃里确实装满未消化的蚂蚁，这证明本草书里记载的是正确的。但是，他发现穿山甲并不是“以鳞诱蚁”，而是“吐舌诱而食蚁”。他修订了这一错误的记载。同时，他又在民间收集穿山甲的药用价值，记载了“穿山甲，王不留，妇人食了乳长流”的顺口溜。如此谨慎一丝不苟的治学态度，为《本草纲目》的准确详实打下坚实的基础。
他夙兴夜寐，锲而不舍，笔耕不辍，数十年如一日。经过反复修改，仔细推敲，历时27个春秋，万历六年（1578），《本草纲目》终于脱稿了。当《本草纲目》成稿时，李时珍欣慰地笑了，多年的努力没有白费。而当他想到人民正遭受病痛折磨的时候，他迫不及待地把这本书公之于众，希望它能流传后世，发挥其应有的社会作用，这样也算为天下的黎民百姓尽了一份力。然而他遇到了不曾想到的困难。
万历八年，李时珍赶赴南京，准备在这个全国出版业最发达的城市出版自己的书籍。李时珍兴致勃勃地寻找到出版商。但遗憾的是，没有人认识到这部书的重要价值，也没有人愿意帮他出版。沮丧的李时珍并没有放弃，在著书立说的实践中磨炼出的意志力，让他更加坚强。为了引起书商的重视，李时珍专程赴大仓拜访当时著名的文人王世贞，请求他为此书作序。虽然王世贞答应作了序，但由于种种原因，它一直没有出版。至此，不能不让人感叹：千里马常有，而伯乐不常有。
李时珍回到家里，虽很失望，但并没有放弃希望。万历十八年（1590），李时珍已经老迈体弱，风烛残年。为了在有生之年实现自己的夙愿，他派长子李建中去南京，再次和书商洽谈出版事宜。几经周折，终于捎回了正式付印的消息。但令人扼腕的是，由于全书篇幅过大，整部书直到1596年才全部刊行，而李时珍却没能目睹自己心血的问世。在书成的当年李时珍的次子根据父亲的遗愿，将书献给了朝廷。但是，被炼丹成仙蒙蔽了双眼的万历皇帝，没能“看清”这部惊世之作。仅仅翻阅了几页，便在书上题了“书浏览，礼部知道”等几字，把《本草纲目》束之高阁。但只要是金子就会发光。该书出版后便不断被翻刻，广为传布。并先后被译成日、法、德、英、拉丁、俄、朝鲜等十余种文字在国外出版，传遍五大洲。
《本草纲目》共52卷，约190万字，收药物1892种，药方11096个，另有插图1100余幅。这部伟大的著作，吸收了历代药物学著作的精华，尽可能地纠正了以前的错误，补充了不足，并有很多重要发现和突破。是到16世纪为止我国最系统、最完整、最科学的一部医药学著作。更为重要的是，《本草纲目》的贡献远不止于药物学，对人体生理、病理、疾病症状、卫生预防、植物学、动物学、矿物学、物理学、化学、农学、天文、气象等方面均有不少论述。连达尔文的《物种起源》都曾引用过《本草纲目》的资料。
§§§第三节 徐光启与《农政全书》
徐光启
明末徐光启所著的《农政全书》，是中国农学史上里程碑式的著作。它是作者一生刻苦钻研、亲身试验和实践而获得的丰硕成果，也是中华文化宝库中一份珍贵的遗产。其作者徐光启，不仅以著名的农学家之誉载入史册，同时他也是中国近代科学的先驱。而撇开这两方面，他又是一位忧国忧民、关注国计民生的政坛风云人物。如此丰富的人生阅历、杰出的历史贡献，如何不叫人惊叹！
徐光启（1562－1626）生当明季，在内忧外患的双重打击下，明朝慢慢地走向死亡的终点。生于忧患的徐光启仍希望以一己之力去挽狂澜于既倒。青年时代起，徐光启就“以天下为己任”，异常关注国计民生。他一心想着富国强兵，为此提出了许多改革方案，只要有一丝希望，他也决不放弃。无奈他无官无职，人微言轻，他的改革方案不能得到实行。摆在徐光启的面前只有步入仕途一条路可走。虽然徐光启对八股文非常厌恶，认为正是宋明理学的清谈误国，但为了实现自己救国救民的目标，他还是发奋读书，立志要考中进士。1604年，徐光启终于考中进士，被授予翰林院庶吉士。
徐光启20岁中秀才，35岁中举人，43岁才中进士，这可以说是大器晚成了。从秀才到进士，他花了20多年时间才考中。这并不是因为他才能有限，而是有着更为深刻的原因。
其实，徐光启早就对八股文不感兴趣。他一直致力于对实学的研究，参加科举考试，只不过是进入仕途的敲门砖而已，是为了可以实现他的救国措施而已。徐光启生活的时代，正是明朝崩溃的前夕。朝廷里太监弄权，政治黑暗；外部正在东北崛起的满族，不断地对明朝发动进攻。加上连年的水旱等严重的自然灾害，农民起义不断发生，人民处在水深火热之中，整个社会处于一个动荡不安的状态。徐光启出于对祖国的热爱，他希望用科技使国家富强起来，使天下黎民百姓过上丰衣足食、安居乐业的生活。他认为，不仅要总结我国古代的科技成就，更应该吸收西方先进的科学技术，取长补短。因此，身怀报国之志的他把目光投向科技，希望以科技来振兴国家，拯救国家和人民。所以他在四书五经上只花费很少的精力和时间，以至他迟迟不能考中进士。
而徐光启之所以能有这样的全球化视野，是与利玛窦来华传教有着密切关系的。在未中进士之前，徐光启就听说过耶稣会传教士利玛窦，知道他是来自遥远的欧洲，带来了许多前所未闻的知识，并经常在南京宣传西方先进的科学知识。徐光启在北京做官的时候终于有了与利玛窦见面的机缘了。二人相见后，利玛窦向他介绍了许多欧洲近代的科学知识。徐光启听了以后非常高兴，他终于找到一条用实际知识救国的道路了。于是，他拜利玛窦为师，向他学习西方的天文、历法、水利、算术等知识。他希望能让西方先进的科学知识在中国普及。
利玛窦每两天给徐光启授一次课。徐光启总是准时到达，无论是风雨交加还是大雪纷飞，从不间断。一次，利玛窦对徐光启说起一本叫做《几何原本》的西方数学著作，是古希腊数学家欧几里得的一部重要的数学著作。徐光启马上要求利玛窦就此书的内容进行讲解。过了一段时间，徐光启完全弄懂了《几何原本》中的数学原理，深深的为其基本理论和逻辑推理所折服，他认为这些正是中国数学的不足。更为重要的是，徐光启通过仔细的研究，发现《几何原本》中讲的许多知识，很适用于武器的制造，尤其是大炮的制造。大炮炮身的长度、弧度，以及炮弹的落地角度无一不与这些数学知识有着密切的关系。用书中的原理制作大炮，完全可以大幅度地提高其质量和作战能力。于是，他希望和利玛窦一起把它合译成中文。开始时利玛窦有些犹豫，因为《几何原本》是用拉丁文写的，拉丁文和中文语法词汇很不一样。有些数学专业名词，在中文里也找不到现成的词语。要准确地把它翻译出来，是很不容易的。先前就有一个姓蒋的举人同利玛窦合译过，因为这些原因半途而废了。
但是徐光启很有信心。他认为，只要下工夫，就一定能成功。在他的多次劝说下，利玛窦同意了。从1606年冬天，他们开始了合译工作。每天晚上，他们坐在油灯下，先由利玛窦用中文口译，再由徐光启草录下来；译完一段，徐光启便一字一句地推敲修改，然后由利玛窦按照原文进行对照；遇到不正确的地方再进行修改，直到准确为止。徐光启翻译得非常认真，常常是到了深夜，利玛窦已经睡着了，他还在灯下独自修改译稿，直到天明。到1607年，徐光启终于将前六卷的《几何原本》译完并出版。这是第一部被翻译为中文的西方数学著作，由此引进了西方近代数学基本理论体系，对中国近代科学技术的兴起，奠定了基础。徐光启在翻译中创造的点、线、面、平行线等名词，十分贴切，一直沿用至今。
除了翻译《几何原本》以外，徐光启还和另一个传教士熊三拔合作翻译过测量、水利等方面的西方科学著作。他翻译这些著作，一方面是为了引进西方科技，另一方面是为了国家和百姓服务。翻译测量方面的著作，是为了以后战争中军事工程的选址便利。翻译水利方面的著作，是针对当时严重的水旱灾害。
徐光启一生中翻译过许多外国科学著作。在这每一部被翻译的著作中，都包含着他忧国忧民，为国家的繁荣富强和人民的安居乐业而贡献自己的真情，也是他将自己的救国主张付诸实践的表现。
徐光启在引进西方科学技术的同时，他还十分注重国家的军队建设。他不仅自学兵书，还不断地上书给朝廷。针对明朝军事上的落后状况，他提出了一系列的改革措施，以加强明军的战斗力，抵御后金和农民军的进攻，维护国家的统一和安宁。如《拟上安边御虏蔬》、《海防迁说》等，都是他纵论时政之作。1618年，杨镐统领的四路大军在萨尔浒一战中几乎全军覆没，辽东军事告急。徐光启连续上书给朝廷，要求练兵自防。他认为，要拯救国家，就要选练人才，训练新兵。他还自愿承担练兵工作。明神宗听说他熟识军事，就批准他到通州练兵。但是，由于他官小位卑，统治阶级对练兵一事认识不足，不够重视，地方政府又多方阻拦，使练兵一事以失败而告终。他大失所望，只好辞职。明熹宗时，徐光启回到京师，他看到后金的威胁越来越严重，又竭力主张多造西洋大炮。为此事，他和兵部尚书发生矛盾，徐光启又被排挤出朝廷。即使是这样，徐光启也没有放弃努力。在他年老时，依然花费大量的时间和精力，写出了一大批军事著作，希望能被朝廷重视，用来对抗后金的进攻，其中重要的有《兵机要决》、《火攻要略》、《制火药法》等。此外，徐光启还十分注重武器的制造，尤其是火炮的制造。他多次上书请求朝廷重视对火炮的重视，并多次派人到澳门向葡萄牙人购买火炮，并进行仿制。徐光启对火器在实践中的运用，对火器与城市防御、火器与攻城等方面也有研究，使他完全有资格成为中国古代杰出的军事家之一。
徐光启中进士之后，就不断地为救国救民而努力着，不断地把自己的救国措施付诸现实。但是由于他没有实权。即使他一度当过尚书，拜过宰辅；但是由于明末太监专权，政治黑暗，，使他不能实现自己的抱负。经过多年的努力和不断的受阻，他认识到，仅仅靠引进西方先进科技来拯救国家，是远远不够的。农业才是衣食之源，是国家富强的根本。因此，他决定在自己最后的岁月里，一定要写出一部有利于国家农业发展的、使国家富强的农业巨著出来，为国家作出自己最后的贡献。
从少年时代开始，徐光启就开始接触农业生产，自学农业知识。这一切，为他以后写出《农政全书》奠定了坚实的基础。为了完成自己的心愿，他一边学习，一边致力于农学试验和农业科学经验的总结。早年，为了推广优质高产农作物，他在上海南门外试种甘薯和芜青（大头菜）成功，并亲自种植棉花，研究科学的种植方法，写成《甘薯蔬》、《芜青蔬》、《吉贝蔬》，宣传自己总结的高产经验。他还批驳了当时流行的“农作物不能随意移栽”的保守观念。万历十四年（1586），徐光启告病托假，前往天津购地，在北方尝试着种植水稻、葡萄、药材等作物，并著成《宜垦令》等。他所总结的水稻种植经验，至今仍然沿用。天启年间，他又告病回上海，投身于农业研究。他不仅研究大量的农业资料，还进行科学试验，把甘薯的种植由江南推向全国。
为了获得更多的农业知识，徐光启经常深入农村调查，拜农民为师，遇一人则问，至一地则问。其子徐骥称徐光启“广咨博问，遇人则问，至一地则问。问则随词随笔，一事一物，必讲究精研，不究其极不已”。他的勤奋好学使他获得了大量的第一手资料。如“荒政”一章中“除蝗蔬”里关于蝗虫的生长过程的记载，就是从老农那里获得的。他在“种植”章中讲到乌桕树的接种方法，是一位山中老圃给他的一种新方法，他亲身试验证实的。他还十分重视引进西方先进的农业知识，对一切新技术、新作物的栽培，都搜集了大量详尽的资料。
崇祯年间，徐光启回到上海，已是六十多岁的老人了，本应该颐养天年了。可他依然在钻研农业，为自己的理想能得以实现而努力。在多年的学习和实践的基础上，他花了三年多时间编纂成《农政全书》。他著此书的本意在于治本，希望运用国家的力量来发展农业生产，达到富国强兵的目的。
《农政全书》共60卷，分为12目，包括农本（传统的重农理论）、田制（土地利用方式）、农事（耕作、气象）、水利、农器、树艺（谷类作物与园艺作物）、蚕桑、蚕桑广业（纤维作物）、种植（植树及经济作物）、牧养、制造（农产品加工）、荒政（救灾）等。《农政全书》涉及到方方面面，是用科学的方法，总结了中国传统的农业知识和生产经验，并吸收了大量西方科学技术，成为一部“总括农家诸书”的农业百科全书。
《农政全书》是徐光启的毕生之作，是他一生济国济民的集中体现。但是这部为后世所推崇的巨作，却没能改变明朝的命运。在徐光启死后的第十二年，明朝就灭亡了。