司马主一州之政，在东汉末曹操主政时期已有先例。汉献帝建安十一年（206年），并州刺史高干败逃之后，曹操令西曹属梁习，“以别部司马领并州刺史”。只是这种情况在魏西晋时期不多而已，南朝时期则成为常事。当时州军府司马，在许多情况下不仅仅主将，而且经常与军府长史一样，也以行事的名义主一州军民之政。如《宋书》卷63《王华传》载：“太祖（刘义隆，后为宋文帝）未亲政，政事悉委司马张邵……邵白服登城，为华所纠，坐被征，华代为司马、南郡太守，行府州事。”卷79《文五王·海陵王休茂传》载：“大明二年（458年），以为使持节、都督雍梁南北秦四州郢州之竟陵随二郡诸军事、北中郎将、宁蛮校尉、雍州刺史……时司马庾深之行府事……”卷81《顾琛传》载：“（宋孝武大明）六年（462年），起为大司农，都官尚书，新安王子鸾北中郎司马、东海太守、行南徐州事……”卷84《袁靑传》载：“大明二年（458年），除东海王躋平南司马、寻阳太守，行江州事。”卷92《良吏·陆徽传》载：“（元嘉）二十一年（444年），征以为南平王铄冠军司马、长沙内史，行湘州府事。”
《南齐书》卷1《高帝纪上》载：“还除桂阳王征北司马、南东海太守、行南徐州事。”卷27《李安民传》载：“迁宁朔将军、冠军司马、广陵太守、行南兖州事。”卷37《刘悛传》：“除中书郎，行宋南阳八王事，转南阳王南中郎司马、长沙内史，行湘州事。”
在南朝的文献记载中，作为州司马行府州事的事例，与长史相比，其人数要少得多，尤其是在梁政权中，几乎找不到司马行州事者。在北朝，司马行州事被称为越级使用。如《魏书》卷45《辛祥传》载：“（辛祥）转平北府司马。会刺史丧，朝廷以其公清，遂越长史，敕行州事。”
（三）领贴郡县、军府众多职务
1．领郡守、内史。在东晋南朝，司马也同长史一样，经常领贴地方郡太守和王国内史。如毛琚为豫州刺史庾揩“西中郎司马、龙骧将军、谯梁二郡内史”。东晋安帝隆安元年（397年）四月，兖州刺史王恭，以诛司马尚之为名，于京口起兵。“（刘）牢之时为恭前军司马、辅国将军、晋陵太守，置佐领兵。”义熙十二年（416年）八月，大都督刘裕率晋军北伐。十三年八月，后秦灭亡。刘裕留其次子桂阳公义真为安西将军，雍秦二州刺史，镇长安。令谘议参军、行龙骧将军王镇恶“以本号领安西司马、冯翊太守，委以磗御之任”。齐全景文，高帝建元初，“迁光禄大夫，征虏将军、临川王征西司马、南郡太守”。周山图，“世祖践阼，迁竟陵王镇北司马，带南平昌太守”。张齐，“普通四年（523年），迁信武将军、征西鄱阳王司马、新兴永宁二郡太守”。
2．领县令。宋王茂，顺帝末，受诏西讨魏军。“魏军退，还为镇南司马，带临湘令。”梁韦爱，“（萧衍）义师之起也，以爱为壮武将军、冠军南平王司马，带襄阳令”。
3．领谘议参军。崔慧景，“升明三年（479年），豫章王为荆州，慧景留为镇西司马，兼谘议、太守如故。”
4．谏言与出使。东晋南朝时期，司马也经常为州刺史谏诤谋划和出使。如东晋隆安二年（398年），兖青二州刺史王恭与荆州刺史殷仲堪，以反王愉、司马尚之兄弟为名再次起兵。时任王恭司马的刘牢之进谏王恭：“晋阳之师，其可在乎！”王恭不从，后兵败身死。宋司州刺史刘季之，“在州贪残，司马翟弘业谏争甚苦……”齐初崔慧景，为豫章王镇西司马。“太祖（萧道成）受禅……豫章王遣慧景奉表称庆还京师，太祖召见，加以劳接。”司马因处于都督、刺史、长史以下，且常独当一面，并由朝廷除授，因此，时常和军府将军意见不合，乃至相互诋毁，至有唆使宪司弹劾府主罢刺史者。如《宋书》卷54《羊希传》载：“益州刺史刘蠫，先为右卫将军，与府司马何季穆共事不平。季穆为尚书令建平王宏所亲待，屡毁蠫于宏。会蠫出为益州，夺士人妻为妾，宏使羊希弹之，蠫坐免官……”有拒绝执行命令者。元嘉三年（426年），宋文帝起兵讨伐荆州刺史谢晦。谢晦请其司马庾登之率三千人马抵御朝廷讨伐军，而庾登之却拒绝领兵。加之上述宋司州刺史刘季之的军府司马翟弘业，因谏刘季之不要太贪残而引起刘季之的愤恨，以至于将毒药置于翟弘业食中将其毒死。
三谘议参军
魏晋南朝时期在军府佐吏中，除长史、司马等主要纲纪之吏外，还有人员众多的各种参军。大量参军的设置，都是为了应付当时频繁的战争。在那样一个战争就是朝廷最大政事的时代，不仅军府都督凌驾于州郡之上，长史、司马凌驾于州郡之上，就连军府的各种参军也借势凌驾于地方郡县行政长官之上。其具体的表现就是，有很多地方军府参军，还挂带地方不同层级的行政长官，甚至非地方军政的政府部门也不时地挂带地方官。作为军府佐吏的谘议参军，是处在长史、司马之下的军府重要佐吏，在州佐中有相当重要的地位。咨议参军须经朝廷任命，军府都督有提名权。宋明帝泰始三年（467年），郢州都督、刺史蔡兴宗，两次到尚书台固求以何始真为咨议参军，不被许可，还因此被贬降了军号。从现有的史料看，其在州佐系统中的地位仅次于长史和司马。其最为活跃的时期主要在宋、齐、梁、陈四朝。东晋时期的活动记载甚少。其活动主要表现在以下方面。
（一）主讽议事
《宋书》卷39《百官志上》载：“晋元帝为镇东大将军及丞相，置从事中郎……其参军则有谘议参军二人，主讽议事，晋江左初置，因军谘祭酒也……”这表明谘议参军的最初职掌是备军府都督、刺史顾问应对，议事规劝。由此也可以看出，咨议参军也是军府中的重要决策者之一。南朝时期，有不少谘议确实在认真履行这一职责。如晋安帝义熙中，袁豹为兖州刺史刘毅抚军谘议参军，领记室。当时刘毅建议大田（以狩猎的方式来演练军队），袁豹上议提出百姓刚经战火洗劫，“赋敛罄其所资，良畴无侧趾之耦”，应当劝农抚恤安民，而不是要搞什么以田练兵。元嘉三年，荆州刺史谢晦将被朝廷征讨。谢晦向其咨议参军何承天求问策略。所以袁豹和何承天的举动，正体现了谘议的最初职责。但是随着时间的推移，谘议参军的职掌也发生了很大变化。
（二）主府州之政
谘议参军在东晋南朝时期，还经常像长史司马一样，主一州军民之政。如《宋书》卷53《庾炳之传》载：“左将军竟陵王义宣未亲府板炳之为谘议参军，众务悉委焉。”卷68《武二王·彭城王义康传》记，义康自司徒、录尚书事，外放为都督江州军事、江州刺史后，以萧斌为咨议参军，领豫章太守，“事无大小，皆以委之。”卷75《颜竣传》载：“（颜竣）……世祖（宋孝武帝刘骏）举兵入讨。转谘议参军，领录事，任总内外，并造檄书。……断决军机。”卷77《颜师伯传》：“（谢）晦镇江陵，请（颜师伯）为咨议参军，领录事，军府之务悉委焉。”卷78《萧简传》载：“广陵王诞为广州，未之镇，以简为安南谘议参军、南海太守，行府州事。”
《南齐书》卷32《张岱传》载：“（宋）巴陵王休若为北徐州，未亲政事，以岱为冠军谘议参军，领彭城太守，行府、州、国事。后临海王为征虏广州，豫章王为车骑扬州，晋安王为征虏南兖州，岱历为三府谘议、三王行事……”卷28《刘善明传》载：“（宋）苍梧（刘昱）废，征善明为冠军将军、太祖（萧道成）骠骑谘议、南东海太守、行南徐州事。”卷47《谢緿传》载：“建武四年（497年），出（谢緿）为晋安王（萧宝义）镇北谘议、南东海太守，行南徐州事。”这些记载都表明咨议参军在州府中的重要地位。
（三）领贴其他众多职守
谘议参军主府州之事的情况，在东晋南北朝时期，还不占主要方面，其职责的主体是以谘议之职兼领州行政和州军府诸多职守。
1．兼领州行政职务。如领别驾。《南齐书》卷38《萧颖胄传》载，齐东昏侯永元二年（500年），荆州行事萧颖胄起兵反东昏侯，其中就有：“辅国将军、谘议参军、领别驾、军主宗。”领太守。《宋书》卷48《毛修之传》：“高祖讨司马休之，以为谘议参军、冠军将军、领南郡相。”卷53《张茂度传》：“骠骑将军道怜为荆州，茂度仍为谘议参军，（河南）太守如故。”卷79《文五王·海陵王休茂传》：“（薛继考）上以为永嘉王子仁北中郎谘议参军、河南太守……”卷86《刘面力传》：“除辅国将军、山阳王休皊骠骑谘议参军、梁郡太守。”领县令。《南齐书》卷32《张岱传》：“累迁抚军谘议参军，领山阴令，职事闲理。”《梁书》卷33《张率传》：“（天监）十三年（514年），（晋安）王为荆州，复以率为宣惠谘议，领江陵令。”卷41《刘览传》：“（晋安）王后为雍州，复引为安北谘议参军、带？县令。”卷48《贺革传》：“出为西中郎湘东王谘议参军，带江陵令。”卷50《王籍传》：“湘东王为荆州，引为安西府谘议参军，带作塘令……”《陈书》卷24《周弘直传》载：“（梁时）累除录事咨议参军，带柴桑、当阳二县令。”
2．兼领州军府别职。领司马。《宋书》卷45《王镇恶传》载：谘议参军、行龙骧将军王镇恶，“以本号领安西司马、冯翊太守，委以磗御之任。”领记室。《宋书》卷42《王弘传》：“后将军司马元显以为谘议参军，加宁远将军，知记室事。”卷55《徐广传》：“义熙初，高祖使撰《车服仪注》，乃除镇军谘议参军，领记室。”卷85《谢庄传》：“又转随王诞后军谘议，并领记室。”《梁书》卷50《谢征传》：“（齐郁林王）隆昌中，为明帝（萧鸾）骠骑谘议参军，领记室。”卷33《张率传》：“（晋安）王迁南兖州，转宣毅谘议参军，并兼记室……府迁江州，以谘议领记室。”领中兵。《宋书》卷42《王弘传》：“（司马）道子复以为谘议参军，加建威将军，领中兵。”卷77《刘元景传》：“世祖入讨元凶，以为谘议参军，领中兵，加冠军将军、（襄阳）太守如故。”《南齐书》卷51《裴叔业传》：“上以其有干用，仍留为晋安王征北谘议，领中兵，扶风太守……”领录事。《宋书》卷77《颜师伯传》：“（谢）晦镇江陵，请为谘议参军，领录事，军府之务悉委焉。”卷78《刘延孙传》：“为世祖（宋孝武帝）……南中郎谘议参军，领录事。”《南齐书》卷42《江纏传》：“安陆王（萧缅）左军谘议，领录事。”卷46《陆慧晓传》：“迁始兴王前将军安西谘议，领冠军录事参军……”领中直兵。《南齐书》卷38《萧颖胄传》载：齐东昏侯永元二年（500年），颖胄起兵反东昏侯，曾命“冠军将军、西中郎谘议、领中直兵参军、军主杨公则”带兵出征。《陈书》卷10《程文季传》：“转（始兴王伯茂镇东）府谘议参军，领中直兵。”兼领内官中书通事舍人、鸿胪卿。《梁书》卷42《傅岐传》：“累迁安西中记室，镇南谘议参军，兼舍人如故。”卷50《谢征传》：“迁除平北谘议参军，兼鸿胪卿，舍人如故。”
（四）谘议参军职事别见
上述谘议参军的领贴兼职，略有抽象之嫌，此处依据史料所记，具体胪列部分州谘议参军的行事状况，来为谘议参军的具体职掌做个注脚。
1．领兵作战，督办粮运。《宋书》卷65《申坦传》载：“元嘉二十六年（449年），为世祖镇军谘议参军，与王玄谟围滑台不克，免官。”卷84《邓琬传》载：晋安王子勋“转（陶）亮为咨议参军，领中兵，加宁朔将军，总统军事”。《南齐书》卷38《萧颖胄传》载：齐东昏侯永元二年（500年），荆州行事萧颖胄与雍州刺史萧衍，各于州内起兵反东昏侯。其中萧颖胄军中就有冠军将军、西中郎谘议、领中直兵杨公则；冠军将军、谘议参军庞岁羽；辅国将军、谘议参军、领别驾宗；辅国将军、谘议参军乐蔼；宁朔将军、谘议参军柳忱等为军主，率兵东下。与此同时，萧衍军中有“南中郎谘议参军、军主萧伟等三十九军主”，“南中郎谘议参军、军、主萧辵等四十二军主”，分别向石头城和新亭城进发。梁武帝太清三年（549年）四月，河东王誉，欲呈不轨，为分其兵力，湘东王萧绎“遣谘议周弘直至誉所，督其粮众”。这是谘议参军承担领兵作战和督办军丁兵粮的职责。