首先，是中央行政部门对地方的监察。中央行政部门对地方的监察，主要是由尚书省的尚书左丞来具体实施。尚书左丞一职产生于汉代，初期只纠察尚书台内官员。魏晋以后职权开始扩大，监察的范围由台内延及地方。尚书左丞对地方的监察对象，上到地方都督、将军、刺史，下到军府佐吏、太守、县令均在其监察范围内。如《宋书》卷54《羊希传》载，羊希，“大明初，为尚书左丞。……益州刺史刘蠫……夺士人妻为妾……羊希弹之，蠫坐免官……”。《南齐书》卷39《陆澄传》专门记载的（宋）左丞庾登之“奏镇北檀道济北伐不进，致虎牢陷没……左丞荀伯子弹彭城令张道欣等……左丞羊玄保弹豫州刺史管义之谯梁群盗……又弹兖州刺史郑从之滥上布及加课租绵……左丞陆展弹建康令丘珍孙、丹阳尹孔山士劫发不禽……”等监察事例，都是尚书左丞曾经弹劾过地方官吏失职的例子。
其次是中央御史台对地方经常性的监察。首先，东晋南朝时期御史台的地位得到加强。御史台台主御史中丞，享有和尚书令相同的仪仗，具体负责对中央和地方各级官员的违法乱纪行为进行全方位的纠劾。为了加强对地方的督察，从东晋时期开始，规定御史台官员可以“风闻言事”。梁武帝天监元年（502年）初即位，即下诏：“今端右可以风闻奏事，依元熙旧事。”风闻言事，即只要听到有关某官违法行为的传言，御史台官员就可以在不加核实的情况下，提出对某人的弹劾，弹劾错了也不负责。采听风闻，进行弹劾，给御史台官员以更为自由的监察权。在东晋南朝，御史台的官员和尚书省的左丞，其弹劾的对象都是内外百官。为什么还要重叠设置呢？目的只有一个，就是加大监察力度。因为，在门阀政治背景下，御史台的监察职责执行得十分艰难。御史中丞虽为显职，但“中丞案裁之职，被宪者多结怨”。宋齐之间，吴兴沈怀文三子沈冲、沈淡、沈渊，都做过御史中丞。“（沈）渊永明中弹吴兴太守袁彖，建武中，彖从弟昂为中丞，到官数日，奏弹渊子缋父在僦白阛车，免官禁锢。冲母孔氏在东，邻家失火，疑为人所焚？，大呼曰：‘我三儿皆作御史中丞，与人岂有善者！’”刘宋政权60年，更换了53位御史中丞。其更换的频率之快是前所未有的。监察官难当，可见一斑。频繁地更换御史中丞，更可以想象它的监察状况。有了尚书左丞这一监察力量，不但可对内外百官进行监察，还可以对御史台官员监察不力进行监察，这就使得监察制度更完善，监察队伍更有力。南朝时期就有不少尚书左丞在纠弹违法官员时，同时牵连到御史中丞。违法官员在被纠弹的同时，御史中丞因其纠弹不力而被免职。这种双重弹劾机制，有其可取之处。
但是，由于门阀政治的行政生态背景，“大较江东政，以伛豪强，以为民蠹，时有行法，辄施之寒劣。如往年偷石头仓米一百万斛，皆是豪将辈，而直打杀仓督监以塞责。……纪睦、徐宁奉王使纠罪人，船头到渚，桓逸还复，而二使免官”。
再次是各种朝廷钦差使节对地方的不定期巡察。南朝时期还不时地派遣侍中、散骑常侍、司徒府掾属、御史台官员、中书舍人等各种“大使”巡察地方州郡。郡国守相还要定期巡行属县。如《宋书》卷5《文帝纪》载：“元嘉三年夏五月，可遣大使巡行四方。其守宰称职之良，闺荜一介之善，详细列奏，勿或有遗。若刑狱不恤，政治乖谬，伤民害教者，具以事闻。”另据卷64《裴松之传》记载，这是一次大规模的钦使巡察活动。当时分别从多个部门，包括一些退任的官员中抽调使节十六人，出巡十五个州区。其中荆、扬二州分别派出二人。这些人奉“二十四条”，“周行郡邑，亲见刺史二千石官长，申述至诚，广询治要，观察吏政，访求民隐，旌举操行，存问所疾”。随事为牒，还具条奏。“孝建二年（455年），散骑常侍乐询行风俗。”南齐“太祖即位，遣散骑常侍虞炎〔等〕十二部使行天下”。陈宣帝太建二年（570年），“分遣大使巡行州郡，省理冤屈”。《梁书》卷2《武帝纪中》载：“可分遣内侍，周省四方，观政听谣，访贤举滞。其有田野不辟，狱讼无章，忘公殉私，侵渔是务者，悉随事以闻。”都是朝廷各种巡使对地方监察的证明。
不过，南朝的朝廷大使巡行州郡，对州郡官员似无处分之权，只以巡省发觉存抚、还具条奏为务。
（二）州以检郡，郡以查县
对郡县的监察主要是刺史。东晋南朝时期州刺史的监察职责仍然很大。不但监察所辖郡县，还可监察朝廷直辖的驻州机构、州内的封国，如不监察则要被问罪。东晋元帝太兴元年（318年）三月，壬申，诏曰：“其有……当官软弱，茹柔吐刚，行身污秽，修饰时誉者，各以名闻。”秋七月戊申，又下诏：“州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪胠秽浊而以财势自安者，若有不举，当受故纵蔽善之罪，有而不知，当受？塞之责。”这是制度上规定的州要对属下郡县进行监察。晋穆帝时，王述为扬州刺史，“检察会稽郡，辩其刑政，主者疲于简对”。孝武帝时，范宁做豫章太守，“改革旧制，不拘常宪”，被州刺史王凝之上言奏劾，“以此抵罪”。南齐武帝永明三年（485年）下诏指出：“守宰亲民之要，刺史案部所先……其违方骄矜，佚事妨农，亦以名闻。将明赏罚，以劝勤怠。”这是南齐时期要求州刺史监察部内郡县的明令。梁朝武帝时，针对有些刺史不能很好地履行监察职责，专门下诏指斥：“州辍刺举，郡忘共治，致使失理负谤，无由闻达，侮文弄法，因事生奸，肺石空陈，悬钟徒设。”对州刺史不履行监察职责以严厉的批评。为了便于州刺史对辖内郡县的监督管理，宋政权还规定，一州之内，州郡官长间，“服亲不得相临”。
州刺史对郡县和郡对县的监察，主要是通过州属佐--部郡从事和郡佐吏--郡督邮来进行的。一般情况下，一州所辖郡中，每郡设一个部郡从事。部郡从事主要代表州对州内各郡进行监察。文献载，陶侃为庐江郡枞阳令，“有能名，迁主簿。会州部从事之郡，欲有所按，侃闭门部勒诸吏，谓从事曰：‘若鄙郡有违，自当明宪直绳，不宜相逼。若不以礼，吾能御之。’从事即退”。这一记载，把部郡从事要对该郡实施监察时的逼迫之态，郡中长吏如临大敌的拒察之情记述得十分逼真。《宋书》卷40《百官志下》载：“刺史，每州各一人。官属……部从事史每郡各一人，主察非法……”不过，该《志》中所列部郡从事的位次已经远远靠后。严耕望先生认为，这种情况表明，南朝时部郡从事的地位已不如先前那样重要。宋文帝元嘉前期，有何承天在衡阳做内史，“在郡又不公清，为州司所纠”。宋孝武帝时，汝南安成人周朗，在庐陵做内史。“郡后荒芜，频有野兽，母薛氏欲见猎，朗乃合围纵火，令母观之。火逸烧郡廨，朗悉以秩米起屋，偿所烧之限，称疾去官，遂为州司所纠。”宁朔将军、宣城淮南二郡太守刘式之，“在任赃货狼藉，扬州刺史王弘遣从事检校。从事呼摄吏民，欲加辩覆。式之召从事谓曰‘治所还白使君……吏民及文书不可得’”。由此可知，部郡从事到郡按核，不但要按问郡守，审计文簿，还要把郡中的属吏一个个逮起来按问。具体形象而生动。同时，又把王式之这块厕石的丑态暴露无遗。结合上述陶侃拒绝部郡从事对庐江郡覆按的情景，其过程都是一样的。《隋书》卷26《百官志上》载，梁时无部郡从事，但有部传从事。《梁书》卷53《良吏·沈蠫传》载：“（齐）竟陵王子良（齐武帝永明五年为司徒）闻蠫名，引为府参军，领扬州部传从事。时建康令沈徽孚恃势陵蠫。蠫以法绳之，众惮其强。”可知《隋志》所记部传从事实即部郡从事。名异而实同，均职监察。梁临川靖惠王宏为扬州刺史二十余年，“未尝以吏事按郡县……”虽然未尝考按郡县，但有此职责。
不过，部郡从事的设置，似乎不同地区有不同的情况。如扬州，“晋世京邑二岸，扬州旧置都部从事，分掌二县非违，永初以后罢省，孝建三年（456年），复置其职。（沈）攸之掌北岸，会稽孔？掌南岸，后又罢”。或者可以说，京邑二岸乃天子脚下，蜜迩州部，易于督察，故而部郡从事时设时废。
州除了以部郡从事对郡按劾外，州也可以派特使，或军府参军巡检属部，进行治况监察。桓温做荆州刺史时，曾经直接派军府参军罗含到江夏郡检劾郡太守谢尚。
至于郡对县的监察，具体是由郡督邮去实施的。为了切实发挥州对郡县和郡对县的监察，州部郡从事和郡督邮都不用本地人，以保证监察效果。不过，从实际的史料中看，部郡从事按郡和郡督邮察县，其效果并不如意。宁可网漏吞舟，也不以察察为明，就是最好的例证。
有时候则是派专门人员如典签、五官掾等下去巡察政情。如《南齐书》卷40《武十七王·竟陵文宣王子良传》载子良给朝廷的上表称：“近启遣五官殷氵尔、典签刘僧瑗到诸县循履。得丹阳、溧阳、永世等四县解，并村耆辞列……”
（三）地方政府互监，佐吏监主有责
东晋南朝时期，为保证中央对地方的绝对控制，还要求地方政府属吏，如长史、司马、别驾、治中以及典签，对其官长以及地方政府间要互相监察。
东晋元帝太兴元年（318年）下诏：“州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。”南朝宋齐政权时期，皇帝把魏晋以来主管州府文书的小吏--典签，升格为七品官，以自己左右心腹兼领此职，然后再派他们到地方州府，代表皇帝监察地方州郡。所以典签之设，是南朝宋齐政权对其地方监察的一大特色。
东晋禅宋后，为加强对地方的控制，宋廷多以幼小皇子为方镇。然而皇子幼小，无力从政，实行军府纪纲之吏--长史或司马（多为长史），代王子行府州事制度。但是，宋廷又对行事不放心，于是就派出心腹小吏--典签，监视皇子和行事。“大明（宋孝武帝年号）、泰始（宋明帝年号），长王临藩，素族出镇，（典签）莫不皆出内教命，刺史不得专其任也。宗为豫州，吴喜公为典签。行政所施，喜公每多违执。大怒曰：‘宗年将六十，为国竭命，政得一州如斗大，不能复与典签共临！’……自此以后，权寄弥隆，典签递互还都，一岁数反，时主辙与闲言，访以方事。刺史行事之美恶，系于典签之口，莫不折节推奉，恒虑不及。于是威行州郡，权重藩君。”汉时，刺史监察郡国，位卑而权重，地方百姓只知有州刺史，不知有郡太守。南朝时期典签察州，“诸州唯闻有签帅，不闻有刺史”。典签监州，大大加强了朝廷对地方州郡的控制。
不过，尽管皇帝视典签为心腹，派其在州刺史身边做监视，但是，就他对州刺史的关系而言，仍然是主仆关系。因此，宋齐时期，仍有不少典签不能很好地履行其监察职责，甚至还为谋反的州刺史包庇掩护。
除典签之外，州之上纲佐吏，也有责任及时上报州刺史的军政状况。《宋书》卷79《文五王·武昌王浑传》载：“浑至镇，与左右人作文檄，自号楚王，号年为永光元年，备置百官，以为戏笑。长史王翼之得其手迹，封呈世祖。上使有司奏免为庶人，下太常，绝其属籍，徙付始安郡。……逼令自杀。”齐政权时，萧鸾辅政时期，“防制诸蕃，致密旨于上佐”。即帝位后，有河东人裴昭明，“建武初，为王玄邈安北长史、广陵太守。……以其在事无所启奏，代还，责之”。
地方政府间的监察，由后任政府长官对前任政府长官的监察，其中主要是财务监察。《梁书》卷27《明山宾传》载：“初，山宾在州，所部平陆县不稔，启出仓米以赡人，后刺史检州曹，失簿书，以山宾为耗阙，有司追责，籍其宅入官……”
（四）社会力量对地方政府的监察
东晋南朝时期社会力量对地方政府的监察，主要由朝廷发布诏令或由地方州刺史发布符教（地方政府向部内发布的文告），要求民间上书举报地方官吏的不法行为，从而达到监察地方官吏的目的。
如东晋时，“百姓颇有讼官长者，诸郡往往有相举正”。梁朝武帝时期，专门于公车府旁置谤木肺石各一函，以接受百姓对官吏的举报，并特别提出，对那些“大政侵小，豪门陵贱，四民已穷，九重莫达（的恶政）……并可投肺石函”。
中大同元年（546年），梁武帝之孙萧鰎任雍州刺史。乃下教曰：“雍州部内有不便于民，不利于政，长吏贪残，戍将弱，关市恣其裒刻，豪猾多所包藏，并密以名闻，当加厘正。若刺史治道之要，驰张未允，循酷乖理，任用违才，或爱狎邪佞，或斥废忠謇，弥思启告，用祛未悟。……并广示乡闾，知其款意。”这都表明，此时存在着社会对地方政府的监察制度。