太祖即帝位后，再次发兵去攻打乃蛮部。这时卜欲鲁罕正在兀鲁塔山打猎，将他捉住带了回来。太阳罕的儿子屈出律和脱脱一起逃到也儿的石河边。
太祖开始谈论讨伐金朝之事。以前金朝杀害太祖同族咸补海罕，太祖想报仇。恰巧金朝投降的俘虏陈述金朝皇帝完颜璟任意施行暴虐的统治，太祖于是决定加以讨伐，但是由于条件不够成熟而没敢轻举妄动。
二年丁卯的秋天，太祖再征西夏，攻克斡罗孩城。
这一年，派遣按弹、不兀剌二人出使乞力吉思。不久野牒亦纳里部、阿里替也儿部都派使者来贡献名贵的鹰。
三年戊辰的春天，太祖从西夏回来。
夏天，在龙庭避暑。
冬天，再次讨伐脱脱和屈出律罕。斡亦剌部等和太祖军前锋遭遇，没有交战就投降了，便以他们作向导。到也儿的石河，讨伐蔑里乞部，将它消灭了。脱脱被飞箭射死。屈出律罕逃往契丹。
四年己巳的春天，畏吾儿国前来归附。太祖进军河西。西夏国王李安全派长子率领军队来作战，被我军击败，副元帅高令公也成了俘虏。攻克兀剌海城，俘虏西夏的太傅西壁氏。进至克夷门，又击败西夏军队，俘获其将领嵬名令公。包围中兴府，引黄河水淹没这座城。但是水堤决口，水往外流，只好撤围还师。太祖派太傅讹答进入中兴府，向西夏国王招降，西夏国王献女儿请求和好。
五年庚午的春天，金朝打算来进攻，建造乌沙堡。太祖命遮别进行突然袭击，杀死筑堡的人，接着向东掠取土地。
从前，太祖每年固定向金朝进献贡品，金朝皇帝派卫王允济到净州接受。太祖见到允济，不行礼。允济回去，准备请求发兵讨伐。正好金朝皇帝完颜璟死了，允济嗣位，即位的诏书送到蒙古，要太祖跪拜接受。太祖问金朝使节说：“新皇帝是谁？”金使说：“是卫王。”太祖立即向南方吐了一口唾沫，说：“我以为中原的皇帝是天上的神，这等无用胆小的人也能做吗！拜他干什么！”便骑马往北走了。金使回来报告，允济更加恼怒，想乘太祖下一次进贡时，在边境贸易的场所将他杀害。太祖知道这一情况，便与金朝断绝关系，进一步整顿军队作好准备。
六年辛未的春天，太祖居住在怯绿连河。西域哈剌鲁部首领阿昔兰罕来投降。畏吾儿国君主亦都护前来觐见。
二月，太祖亲自带兵南征，在野狐岭打败金朝将领定薛，攻取大水泺、丰利等县。金朝又建造乌沙堡。
秋七月，太祖命遮别攻乌沙堡和乌月营，占领了两地。
八月，太祖和金军在宣平的会河川交战，取得胜利。
九月，攻占德兴府，居庸关的守将逃跑。遮别入关，直抵中都。
冬十月，袭击金朝的群牧监，将群牧监管理的马匹都赶了回来。耶律阿海投降，到太祖临时屯驻的地方来谒见。皇子术赤、察合台、窝阔台分别夺取云内、东胜、武、朔等州，都占领了。
这一年冬天，太祖屯驻在金朝的北部边境。刘伯林、夹谷长哥等前来投降。
七年壬申，春正月，耶律留哥在隆安聚众自称都元帅，派遣使者前来归附。太祖攻破昌、桓、抚等州。金朝将领纥石烈九斤等带领三十万军队前来援救，太祖与他们在獾儿觜交战，金兵大败。
秋天，包围西京。金朝元帅左都监奥屯襄率领军队前来援救，太祖派兵把金军引诱到密谷口，在那里消灭了他们。再攻西京，太祖为飞箭所伤。便撤围而去。
九月，察罕攻克奉圣州。
冬十二月甲申，遮别攻东京，没有成功，立即退去。夜间驰还，发动突然袭击，占领了东京。
八年癸酉的春天，耶律留哥自封为辽王，改元元统。
秋七月，攻占宣德府。接着攻德兴府，皇子拖雷、驸马赤驹先登城，攻克了它。太祖前进到怀来，和金朝行省完颜纲、元帅高琪交战，金军败，追到居庸关北口。金兵占据居庸关固守，太祖命可忒、薄刹守在北口前，自己前往涿鹿。金朝西京留守忽沙虎逃走。太祖出紫荆关，在五回岭击败金军，攻占涿、易二州。契丹人讹鲁不儿献北口，遮别于是占领居庸关，与可忒、薄刹会师。
八月，金朝忽沙虎杀害他的君主完颜允济，将丰王完颜确立为皇帝。
这一年秋天，太祖分兵三路。命皇子术赤、察合台、窝阔台为右军，沿着太行山往南，攻取保、遂、安肃、安、定、邢、洺、磁、相、卫、辉、怀、孟，抢掠了泽、潞、辽、沁、平阳、太原、吉、隰，占领汾、石、岚、忻、代、武等地，然后回军。皇弟哈撒儿和斡陈那颜、拙赤歹、薄刹为左军，沿海向东去，攻取蓟州、平、滦、辽西等地之后回军。太祖与皇子拖雷为中军，攻取雄、霸、莫、安、河间、沧、景、献、深、祁、蠡、冀、恩、濮、开、滑、博、济、泰安、济南、滨、棣、益都、淄、潍、登、莱、沂等地。又命木华黎攻密州，攻下后进行大屠杀，史天倪、萧勃迭率领队伍来降，木华黎以皇帝的名义授他们以万户之职。太祖到中都，三路军回来会合在一起，屯驻在大口。
这一年，河北郡县都被蒙古军攻克，坚守不下的只有中都、通、顺、真定、清、沃、大名、东平、德、邳、海州等十一城。
九年甲戌，春三月，太祖屯驻在中都的北郊。将领们请求乘胜攻破燕京，太祖没有同意。派遣使节告知金朝皇帝说：“山东、河北郡县都已被我占有，你剩下的只有燕京城。天既然已使你衰弱，我又逼迫你走上绝路，天将说我什么！我的军队现在要回去，你难道不能来犒劳我的军队，借此消除我手下将领的愤怒么！”金帝于是遣使求和，献上卫绍王的女儿岐国公主，以及金帛、五百名童男女、三千匹马，还派丞相完颜福兴送太祖出居庸关。
夏五月，金帝迁都到汴，命完颜福兴和参政抹捻尽忠辅助太子守忠，留守中都。
六月，金朝纠军的斫答等杀死统帅，率领队伍前来投降。太祖命三摸合、石抹明安和斫答等包围中都。太祖在鱼儿泺避暑。
秋七月，金朝太子守忠逃往汴京。
冬十月，木华黎征辽东，高州卢琮、金朴等投降。锦州张鲸杀死节度使，自号临海王，派遣使者前来投降。
十年乙亥，春正月，守通州的金右副元帅蒲察七斤投降，被授以元帅之职。
二月，木华黎攻北京，金军元帅寅答虎、乌古伦开城投降。便以寅答虎为留守，吾也而代理兵马都元帅，镇守该地。兴中府元帅石天应来降，以天应为兴中府尹。
三月，金朝御史中丞李英等率领军队前来援救中都，在霸州与我军交战，金军失败。
夏四月，攻克清、顺二州。太祖命张鲸统帅北京十提控的军队跟随南征，张鲸谋反被处死。他的兄弟张致占据锦州，自称汉兴皇帝，改元兴龙。
五月庚申，金朝中都留守完颜福兴服毒自杀，抹捻尽忠丢下中都城逃走，石抹明安便进入中都镇守。这一月，太祖在桓州凉泾避暑，派忽都忽等前往中都查收金朝国库的收藏物品。
秋七月，红罗山寨主杜秀投降，授杜秀以锦州节度使之职。太祖派遣使者前去通知金朝皇帝，要他献出河北、山东没有被攻下的城池，去掉帝号改称河南王，这样的话可以停战。金帝不同意。太祖下令命史天倪向南进军，授以右副都元帅之职，赐给他金虎符。
八月，史天倪攻取平州，金朝经略使乞住投降。木华黎派遣史进道等攻广宁府，守城者投降。
这一年秋天，攻取的城市共八百六十二个。
冬十月，金朝宣抚蒲鲜万奴占据辽东自称天王，国号大真，改元天泰。
十一月，耶律留哥来朝觐，留下他的儿子斜阇充当太祖的侍从。史天祥讨伐兴州，俘获兴州节度使赵守玉。
十一年丙子的春天，太祖回到庐朐河边的行宫。张致攻陷兴中府，木华黎将他消灭。
秋天，撒里知兀歹、三摸合拔都鲁带领军队由西夏前往关中，越过潼关，俘获金朝西安军节度使尼庞古浦鲁虎，攻克汝州等地，抵达汴京之后还师。
冬十月，蒲鲜万奴投降，送他的儿子帖哥入朝充当侍从。不久反叛，自称东夏。
十二年丁丑的夏天，强盗祁和尚占据武平，史天祥平定了这起叛乱，并擒获金朝将领巢元帅献给太祖。察罕在霸州击败金朝监军夹谷，金方求和，察罕回军。
秋八月，太祖授木华黎以太师之职，封他为国王，统领蒙古、纠、汉各路军马南征。木华黎攻克遂城、蠡州。
冬天，攻克大名府，接着向东攻取了益都、淄、登、莱、潍、密等州。
这一年，秃满部百姓叛乱，派钵鲁完、朵鲁伯前去平定。
十三年戊寅，秋八月，军队出紫荆口，俘获金朝行元帅事张柔，让他继续保持原来的职务。木华黎从西京进入河东，攻克太原、平阳以及忻、代、泽、潞、汾、霍等州。金朝将领武仙向满城进攻，张柔将他打败。
这一年，讨伐西夏，包围西夏的王城。西夏国王李遵顼逃往西凉。契丹人六哥占据高丽江东城，太祖命哈真、札剌带军队将他消灭，高丽王唷投降，每年进贡本地特产。
十四年己卯的春天，张柔击败武仙，祁阳、曲阳、中山等城投降。
夏六月，西域杀害使者，太祖带领军队亲自出征，攻克讹答剌城，活捉城中首脑哈只儿只兰秃。
秋天，木华黎攻克苛、岚、吉、隰等州，又向绛州进攻，占领了该城之后将城中百姓全部屠杀。
十五年庚辰，春三月，太祖攻克蒲华城。
夏五月，攻克寻思干城，太祖的营帐屯驻在也儿的石河。
秋天，攻克斡脱罗儿城。木华黎攻取土地，来到真定，武仙投降。木华黎便以史天倪为河北西路兵马都元帅，管理真定府的事务，以武仙作他的副手。东平严实带着彰德、大名、磁、洺、恩、博、滑、浚等州三十万户前来投降，木华黎以太祖的名义授予严实金紫光禄大夫、行尚书省事。
冬天，金朝邢州节度使武贵投降。木华黎攻打东平城，未能攻下，撤出围城军队前往洺州，分兵攻取河北诸郡。
这一年，授予董俊龙虎卫上将军、右副都元帅之职。
十六年辛巳，春天，太祖进攻卜哈儿、薛迷思干等城，皇子术赤攻占了养吉干、八儿真等城。
夏季四月，太祖屯驻在铁门关，金朝皇帝派遣乌古孙仲端带着国书来请求和好，称太祖为兄，太祖没有答应。金东平行省事忙古丢掉城池逃跑，严实入城镇守。宋朝派遣苟梦玉前来请求和好。
六月，宋朝涟水忠义统辖石珪率领部众前来投降，以石珪为济、兖、单三州总管。
秋天，太祖进攻班勒纥等城，皇子术赤、察合台、窝阔台分兵攻打玉龙杰赤等城。都占领了。
冬季十月，皇子拖雷攻克马鲁察叶可、马鲁、昔剌思等城。木华黎出河西，攻克葭、绥德、保安、鄜、坊、丹等州，进攻延安，未能占领。
十一月，宋朝京东安抚使张琳以京东诸郡前来投降，被授予张琳沧、景、滨、棣等州行都元帅之职。
这一年，太祖下诏告谕德顺州。
十七年壬午，春天，皇子拖雷攻克徒思、匿察兀儿等城还军途中经过木剌夷国，进行大规模虏掠。渡过搠搠阑河，攻克也里等城，随即与太祖相会，合兵攻下塔里寒寨。木华黎的军队连克乾、泾、邠、原等州，进攻凤翔，没有成功。
夏天，太祖在塔里寒寨避暑。西域君主札阑丁出逃，与灭里可汗会合，忽都忽与他们交战，被打败。太祖亲自带兵进攻，捉住灭里可汗，札阑丁逃走。太祖派八剌追捕，没有抓住。
秋天，金朝又派乌古孙仲端前来请和，在回鹘国觐见太祖。太祖对他说：“我过去要你的君主将河朔地区给我，让你的君主当河南王，彼此罢兵停战，你的君主不肯。现在木华黎已经夺取了全部河朔地区，你这时才来请求不免太晚了吗？”仲端苦苦哀求，太祖说：“念你远来不易，河朔既然都已为我所有，关西还有几座没有攻下的城，若割付给我，可以让你的君主当河南王。不要再违背我的意思。”仲端于是回去。金朝平阳公胡天作以青龙堡来降。
冬季十月，金朝河中府归附，授石天应为兵马都元帅镇守该地。
十八年癸未，春三月，太师国王木华黎去世。
夏天，在八鲁弯川避暑。皇子术赤、察合台、窝阔台和八剌的军队会合，随即平定西域各处城市，设置达鲁花赤进行监督治理。
冬季十月，金朝皇帝完颜珣死，其子完颜守绪嗣位。
这一年，宋朝又派苟梦玉前来。
十九年甲申的夏天，宋朝大名总管彭义斌侵犯河北，史天倪在恩州与他交战，将他打败。
这一年，太祖到东印度国，角端出现，于是班师。
二十年乙酉，春正月，回到行宫。
二月，武仙在真定叛变，杀死史天倪。董俊手下的判官李全也在中山叛变。
三月，史天泽向武仙发起攻击，武仙逃走，收复真定。
夏季六月，彭义斌以军队响应武仙，史天泽在赞皇防御，将他捉住杀死。
二十一年丙戌，春正月，太祖因为西夏收留仇人亦腊喝翔昆不送质子，亲自带领军队去讨伐。
二月，攻取黑水等城。
夏天，在浑垂山避暑。攻取甘、肃等州。
秋天，攻取西凉府搠罗、河罗等县，接着越过沙漠，到黄河九渡，攻取应里等县。
九月，李全捉住张琳，带孙郡王指挥军队将李全围困于益都。
冬季十一月庚申，太祖攻灵州，西夏派嵬名令公前来援救。丙寅，太祖渡过黄河攻击西夏军，取得胜利。丁丑，五星相聚，出现在西南，太祖屯驻在盐州川。
十二月，李全投降。授予张柔行军千户、保州等处都元帅之职。
这一年，皇子窝阔台和察罕的军队包围金南京，派遣唐庆前往金朝责问为什么不交纳每年进贡的钱物。
二十二年丁亥，春天，太祖留下一部分部队攻打西夏王城，自己带领大部军队渡过黄河攻打积石州。
二月，破临洮府。
三月，占领洮、河、西宁三州。派遣斡陈那颜攻打信都府，占领了。
夏季四月，太祖到龙德，攻取德顺等州，德顺节度使爱申、进士马肩龙战死。
五月，派唐庆等出使金朝。
闰五月，太祖在六盘山避暑。
六月，金朝派遣完颜合周、奥屯阿虎前来请求和好。太祖对群臣说：“我在去年冬天五星聚会时，已经许愿不再杀掠，急促中忘记下诏书了。现在可以向中外发布告示，让他们的使者也了解我的意思。”这个月，夏国王李睨投降。太祖到清水县西江。
秋季七月壬午，太祖身体不适。己丑，在萨里川哈老徒的行宫去世。临死前对身边的人说：“金朝精锐部队都在潼关，南边有连绵的山脉可以凭借据守，北边有广阔的黄河为天险，很难迅速攻破。如果向宋朝借路，宋金是世代的仇敌，一定会答应我们的要求，于是我军攻占唐、邓，直捣金朝都城汴梁。金朝着急，必然从潼关征调军队。然而他们数万军队，从千里外前来援救，人马疲乏，即使到了也不能打仗，我们一定能取得胜利。”说完就死了，年六十六岁。葬于起辇谷。至元三年冬十月，追谥圣武皇帝。至大二年冬十一月庚辰，加谥法天启运圣武皇帝。庙号太祖。在位二十二年。
太祖为人深沉，有伟大的志向，用兵如神，灭四十国，平定西夏。他的奇勋伟迹很多，可惜的是当时没有设置史官，不少事迹没有能记载下来。
戊子年。这一年，由皇子拖雷监守国政。
蒙古建国
成吉思汗六年（1206年），成吉思汗铁木真建立了蒙古汗国。它统治着东起兴安岭，西迄阿尔泰山，南至阴山的广大地区。成吉思汗作为奴隶主贵族的代表，对内建立了一整套国家制度，对外展开了大规模的军事扩张。
成吉思汗即位后，打破了以血缘为纽带的民族部落组织，把蒙古百姓划分为95个千户，分封给开国的功臣和贵戚。在这些封地，每一千户内的牧民按十户、百户、千户编组，分别统属于多级那颜（长官），平日游牧生产，战时出征作战。千户即是军事组织，又是地方行政组织。生产和军事相结合的千户制，是蒙古国家的基本制度之一。千户之上设立只管军事，不管民政的左手、右手、中军等三个万户。分别由木华黎、博尔术、纳牙阿掌管。