8月下旬有一天，沙弥（郭姮妟）特別请了一个著名医院的医师，来给老师看诊。这位医师建议老师去医院先作检查，老师也没有同意，因为老师始终是自疗，吃的是科学中药（成药）。
关于这方面，宏忍师最清楚了解，因为她毕业自厦门大学中医学院，在多年随侍南师的岁月中，也跟老师继续学习有关医理各方面的知识。
南师去年8月中旬，闭门修关，8月27日起也不再到办公室了，有重要事务则上楼请示。不久南小舜（师之次子）及南国熙（四子）分别从温州、香港前来探视，老师仍表示不去医院就诊。
8月28日，陈照凤（老师在台湾学生）从台湾前来，帮忙照应老师。接着在上海帮老师的阿姨，也来协同永会师、宏忍师等照护老师的工作。
9月14这天，宏忍师值班照料，到了中午时分，老师咳嗽不止，很久很久，情况未见缓解，宏忍师侍奉在旁，问道：老师，要不要改变方式，到医院去？
老师说：好吧！你要通知大家。宏忍师马上联络李素美、沙弥、马宏达以及南家兄弟们等，立刻安排救护车前往上海的医院。老师对沙弥说：你去拿那个箱子，里面有30万元，你收着。沙弥说不要，当时照凤和宏忍师都在场，老师说：你拿去。沙弥才去拿。动身前，老师说：此时要借用一下西医了。
在救护车中陪同的，是李素美、何碧默（国熙妻子）、沙弥和宏忍师四人。另车在前行的是许江和郭彧嘉（沙弥弟）坐的车子，牟炼驾车于救护车之后。马宏达于访客走后，即赶赴医院……
送老师去医院的救护车，在14日下午4点多钟出发，路上曾略有阻塞，到达医院时已经是6点多钟了。
医院先给老师做了初步的检查，心电图、血压……然后才进入病房。医生立即开的药是：消炎、化痰、利尿。
老师服药后不久，咳嗽减轻了，小便了几次，老师还开玩笑地说：到上海来，就撒了三泡尿！
当晚是宏忍师和小君守夜，照顾老师。
次日（15日）上午9时，老师的儿子南国熙夫妇赶来了，南国熙还对老师说：鸠摩罗什也害病啊，而且病了很久。老师听了微笑，轻轻拍了拍国熙的头。
由于来照应的人太多，不能都在病房中，医院很周到，特别拨了一间办公室给大家作为轮值休息的地方。
老师的二儿子南小舜也赶来了，老师忽然对他们说：我对不起你们。两人听到就哭了，因为九月九日的时候，老师也对儿子们说过一次对不起他们。小舜和国熙说：爸，不要这样说，都过去了。旁边有几个同学也掉下了眼泪，深知老师多年来公而忘私，不能不疏离家属，甚至国熙每次来大学堂看父亲时，照样也要缴住宿费的。
看到老师的病况好转，大家都安心了，以为没有问题了，李传洪就回台办事，南国熙感冒怕传染，夫妇二人回香港去了。
16日上午，老师还与大家闲谈，并嘱咐沙弥快回去照看实验小学。到了傍晚，老师又开始不太舒服。
17日上午，老师喉咙不畅，南家兄弟家人和许多同学又都回来了，马有慧、彭嘉恒夫妇也赶来了。马有慧给老师背部按摩后，老师觉得舒顺些，又请宏忍师拍打背部，促使积痰吐出。
医生来了说，传统吃药疗法，如未能治愈，必须做进一步检查，找出病源，才能判断正确，彻底治疗。老师于是同意，于下午3点半做了CT。当晚，医院又安排了肺科专家会诊，医生们都表示，要待次日看到CT报告，才能确定。
第二天（18日）上午，CT检测报告出来了，显示老师肺部有真菌感染，另有一小处有些阴影，如要明确，必须再做进一步复杂的检查，那是很痛苦的。
下午2点多时，医生过来了，认为老师一来年事已高，二来太瘦，所以不建议再做这样复杂的检查，也担心检查过程中，万一有意外反而不好，故而对老师说：我们的能力到此为止了。马宏达接着说：老师，接下来要靠您自己了。
老师听到后，立即写下：明白，好！！
几天来，老师躺下的时候少，多数时间是坐着的，但不一定盘腿。此时听了医生所说，也表达了自己的了解后，开始活动颈部、腰椎……半小时后再一次活动，经过两三次之后，即稳坐不动，像他平日打坐那样。
直到傍晚，守护的宏忍师父等人在旁，看到老师仍然坐得很安详，一夜在气定神凝中度过。
19日晨6点40分，在旁的宏忍师等，忽然听到老师身体中有一个戛然而止的声音（像开关突然关了一样的声音），发现老师鼻息没有了，脉搏也极微弱，近乎没有了。于是立刻通知医生，心电图检查显示出来的是直线，间隔很久才突起一点点的状态。这时在旁边的，有宏忍师、小牟、小君和护工，以及当夜在休息室值班的小崔和小许。
不到十分钟，国熙夫妇来了，此后南宋钏、南小舜、李素美、沙弥、阿嘉、马宏达、谢福枝、马有慧夫妇、小乌等，得到消息陆续都来了（来的人还有不少，无法细说）。
医生和南小舜（中医）都看了老师的瞳孔，并未放大。
于是大家共同商议，决定下午两点送老师回大学堂，谢福枝立即回大学堂安排接应。
两小时后，南小舜再验老师的眼睛，瞳孔不但并未放大，而且脸颊滑润。
回去所乘坐的不是救护车，是大学堂三排座椅的车子，由小许驾驶，沙弥坐在副驾驶位，第三排座位是马宏达和王洪欣（学校拳术老师）二人，在他们腿上铺放软垫，南老师躺着，周围用软枕垫着。
第二排座位向后转，与第三排相对，上面坐了四个人，阿嘉、小牟、小乌和马有慧，他们面对着老师随侍。
就这样，于19日下午2点多动身，4点多钟就回到了太湖大学堂。
老师在医院五天期间，病房中24小时轮流守护的人有：宏忍师、照凤、小乌、小牟、小君、南荣荣和那位护工，还有马有慧、何碧默。
老师回到大学堂后，即放躺在他卧室的床上。卧室外一间是书房，书房外是医药室，室门通走廊楼梯，是老师出入之门。
19日当晚开始，护持老师的有三人，各在一间屋中，每天两班轮值，共六人。参加护持的人共有二十余位，有人轮值多次，有人只有一次不等。
次日，南家兄弟家人前来，讲到老师有关的许多事项，这是重大的事，当即请来李素美、李传洪姐弟，还有马宏达、李慈雄、吕松涛、谢福枝等，大家共同商议，先组成七人护持小组（宏忍师、素美、南一鹏、宏达、慈雄、松涛，我为召集人）。
小组每日晚饭后在主楼会议室聚会，先由宏忍师报告老师情况。实际上聚会时大家都可参加，都可以发言，并不限这七个人。
当宏忍师报告老师的情况一切平静如常时，大家却有不同的意见；有些人认为，19日上午，医生已宣告不建议作进一步检验，而且心跳、呼吸和脉搏也没有了，说明老师已经过世，现在应该处理后事。
另有一些人认为，在医生宣布放弃后两小时，老师的瞳孔也并未放大，况且，气住脉停本来是禅定的现象，老师70年代，在台湾也曾由医生测试过；当老师进入禅定时，也是气住脉停，心电图上呈现一条直线时，当时把医生吓坏了，以为老师休克死去了，（《禅门内外》一书中曾记述此事）。所以，认为现在的老师，是入定状态，不是死。
大家争论了一阵，结论是发布消息，老师在禅定中。这是根据守护同学报告的，老师看起来仍像平常一样。
连续几天，情况困扰着每个人，老师仍然平静地躺在那里。直到28日的傍晚，从香港来了两位医师，林德深医师和他的太太李丹医师。
林医师是国际知名的遗传医学专家，李医师是神经科专家，他们两位医师在医院服务，都有很多临床经验。过去他们也常来拜望老师，探究生命的各种问题。
28日晚，两位医师在主楼会议室与大家见面，他们先说了基本的医学常识，并讲解西方医学对死亡的定义。
初期是当生命现象没有时（呼吸停、心跳停、瞳孔散大），就认定为死亡。后来因器官移植的需要，再加上一个脑波停，才算死亡。
不过亦有报道，有人在被裁定死亡之后，又恢复生命迹象。
所以，以往医院所认定的，没有生命现象就算死亡，绝对是有问题的。据医方研究发现，美国在一年内就这样被误判为死亡的，有七千人之多。
所以，在西方的医学界，对生命终结的判定，越来越复杂困难了。
两位医生说，目前针对南老师究竟是处于禅定还是死亡的情况判断，应该分成两步：第一步：检查是否有生命现象；如果没有生命现象时，必须再作第二步：检查是否有死亡现象，二者具备才算死亡。
所以根据两位医师的阐释：南老师没有生命的现象，不能就判定为死亡。由此来看，老师19日离开医院时，绝对不是已死。
29日上午10点半左右，两位医师带着医院借来的仪器，去给老师作检测，陪同去的有南国熙、南小舜、宏忍师，一共五人。
详细检查之后，直到下午1点多钟才完毕。医生们根据各项检查资料，仔细研判，然后林医生在主楼小组会议上宣布：南老师已经没有生命的迹象，部分身体已出现死亡迹象，身体不可再用了。当林医师讲到这里时，忽然忍不住大哭，不少人也一同落泪……
下午4时左右，本地的法医确认了老师的死亡诊断。
9月29日下午，上海中山医院的医生到太湖大学堂审视并确认南师已无生命迹象，开具死亡证明书，认定南师辞世时间为2012年9月29日下午16时26分。之后为南师换衣时，南师身体柔软。
9月30日晚，在太湖大学堂进行了南师荼毗仪式。
10月5日，南师荼毗仪式结束后，弟子们经过讨论商议，在否决了就地不开炉建塔的方案后，于早晨四点，由宗性法师主持，打开荼毗炉，发现南师的头骨完整，上面缀满各色舍利子；头骨一半呈现黄色，一半呈现蓝色；舌头完整，上满布满莲花状舍利子；其余身体化成舍利子无数。