宋代设立校正医书局，林亿等主据开宝年间高继冲所献的《伤寒论》十卷本校订，并于治平二年完成，共10卷22篇112方合397法。《校定伤寒论·序》中指出：“百病之急，无急于伤寒。今先校定张仲景伤寒论十卷，总二十二篇，证外合三百九十七法，除重复定，有一百一十二方，今请颁行。”此书成为后世流传的《伤寒论》主要版本。此外，又据另一版本校订了《金匮玉函经》，共8卷29篇115方。还校订了《金匮要略方论》。因此，张仲景学术得到广泛传播。继之，涌现出一大批注释、发挥《伤寒论》的医家和著作，比较著名的有韩祗和的《伤寒发微论》、庞安时的《伤寒总病论》、朱肱的《类证活人书》、许叔微的《伤寒论著三种》和成无己的《注解伤寒论》、《伤寒明理论》等。其中《注解伤寒论》是现存全面注解《伤寒论》的最早专著，系采用“以经解论”的方法，选取《内经》、《难经》等理论来阐述伤寒学说，并旁参《备急千金要方》、《金匮要略》、《本草纲目》等书，逐条注释，尤重视脏腑经络，以阴阳表里寒热虚实诸证作为辨证论治的依据，深得后世医家赞允，汪琥谓“成无己注解伤寒论，犹王太仆之注内经”，足见其评价甚高。其他医家也对《伤寒论》进行注释，并多有发挥。如许叔微主张将“三阴三阳”辨证与“表里虚实”辨证相结合，韩祗和发挥冬伤于寒、春夏发作的热病及其治法方药，庞安时认为感受“异气”、“乖气”、“疫气”的“天行”温病具有流行性和传染性，朱肱对阴毒伤寒以及妇人、小儿伤寒的证治作了较为详细的论述，都对后世产生了较大影响。
明清时期，众多医家围绕《伤寒论》的编次、注释、内容等展开了激烈的辩论，出现了《伤寒论》研究领域中的学术争鸣，继之以考据，并由此逐渐分出不同派别。例如：方有执著《伤寒论条辨》，首先提出“错简重订”之说，认为，《伤寒论》年代久远，已失仲景之旧，“颠倒错乱殊甚”，必须“重考修辑”，返还本来面目，遂采用“消、移、改、调”的办法，对《伤寒论》进行通盘的订正和编次。喻嘉言、张路玉、程郊倩、章虚谷、周扬俊、黄坤载等均追随方有执，指责王叔和，批评成无己，形成了错简重订派。但也有不少医家认为王叔和编次的《伤寒论》仍为仲景之旧，成无己注释《伤寒论》符合仲景原旨，均不必更改。例如：张遂辰著《张卿子伤寒论》，极力尊崇王叔和，赞同成无己。其学生张志聪更强调《伤寒论》原著的编次条理贯通、章法井然，没有错简。张令韶也认为原著“前后照应、血脉贯通、无有遗漏”，不必重订。陈修园更赞扬王叔和编次《伤寒论》是“有功千古”，对原著“不敢增减一字、移换一节”，主张维护旧论。后人称这些医家为维护旧论派。另有一些研究者认为《伤寒论》的实质是辨证论治，不管是张仲景原文，还是叔和纂集，只要有利于辨证论治，就应采纳运用，其“错简”与“真伪”不是主要问题。例如：钱天来主张按因类证论治，沈金鳌主张按症类证论治，尤在泾主张按法类证论治，柯韵伯主张按方类证论治等，都从不同角度阐述《伤寒论》的辨证施治规律，极大地丰富了张仲景学说，被世人称为辨证论治派。
民国初期，欧风东移，西医日盛，受其影响，中医界出现了中西医汇通的趋向，有些医家开始借用西医的理论知识来解析《伤寒论》。例如：恽铁樵的《伤寒论辑义按》，“全书六经关系以《内经》形能为准，全书生理关系以西国书为准，各方配合以临床经验为准”；“此当本之《内经》，参用西说，证之实验，然后能为比较真切之谈”。陆渊雷在《伤寒论今释》中多次引用西医知识解释《伤寒论》条文，认为外感病的病因有病毒、细菌，“极易接触传染”。这种方法对促进中西医之间的相互了解有一定的积极作用，但由于受当时认识水平的限制，难免存在着某些肤浅套用或牵强凑合之处。
三、广义伤寒的病因与病机
1.伤寒的病因广义伤寒的病因广泛，据《伤寒例》所述，导致伤寒的原因有四时正气与非时之气为病等类型。
（1）四时正气为病：《伤寒例》云“春气温和，夏气暑热，秋气清凉，冬气冰冽，此则四时正气之序也”；“其伤于四时之气，皆能为病。以伤寒为毒者，以其最具杀厉之气也。中而即病者，名日伤寒。不即病者，寒毒藏于肌肤之中，至春变为温病，至夏变为暑病。是以辛苦之人，春夏多温热病，皆由冬时触寒所致”。由此可知，四时之气虽为正常的气候变化，但触冒之后，皆能导致外感热病的发生，然四时正气之中，尤以寒邪致病最广，为患最重，故为四时正气为病之主因。汉代在四时正气为病中之所以偏重寒邪为病，其原因在于寒为阴，阴主杀，阴寒为病，每易伤人身之阳，故最具杀厉之气。当时认为，感受冬日寒邪，感而即病者名为伤寒，似属狭义伤寒。若感而不即发，寒毒藏于肌肤之中，至春感温气而发者名日温病，至夏感暑气而发者名日热病，则属于广义伤寒范畴。
（2）时行之气为病：《伤寒例》云“凡时行者，春时应暖，而复大寒，夏时应热，而反大凉，秋时应凉而反大热，冬时应寒而反大温，此非其时而有其气，是以一岁之中，长幼之病多相似者，此则时行之气也”。时行之气为病与四时正气为病不同，它是由反常的气候变化所致，由于人体对反常的气候变化不适应，所以容易触冒而病。另外，时行之气在发病上还有一个不同于四时正气为病的特点，即常常是在同一时令内许多人同时患病，且长幼之病，多相近似。这是对时行病发病特点的具体描述。时行之气为病最常见的疾病有两种，即“其冬有非节之暖者，名为冬温”；“从春分以后，至秋分节前，天有暴寒者，皆为时行寒疫也”。
2.影响伤寒发病的因素伤寒的发生，除上述致病的主因之外，还与其他因素有关。影响伤寒发病的因素主要有体质因素、自然因素、社会因素。
（1）体质因素：在影响伤寒发病的诸多因素中，体质因素是一个重要因素。外邪侵袭人体后是否发病，取决于体质的强弱，亦即正气的盛衰。正盛则邪气难以人侵，反之正虚或邪气过盛，超过人体的防卫能力则易发生疾病。感邪后发病之轻重也与体质的强弱以及正邪对比有重要的关系，即正盛邪衰者病轻易愈，正衰邪盛者病重易变。感受邪气后，究竟发为阳证还是阴证，是自太阳经表而发还是直中三阴，甚至少阳病是传阳明还是传太阴，少阴病是寒化还是热化，亦与人的体质有关。一般规律是：在发病上，阳盛者易发三阳病，阳虚者可直中三阴。在传变上，正气较盛者，病情少变，正气不足者，病邪易于传变。在从化上，邪入少阴，阴虚者可从阳化热而成少阴热化证，阳虚者可从阴化寒而成少阴寒化证。此外，过度的饥饿、劳累，过度运动，心理的创伤等所造成的脏腑功能失调，也会成为外邪侵袭与发病的影响因素。
（2）自然因素：自然因素主要包括气候因素与环境因素。四时气候的变化对外感热病的发病有重要的影响。《伤寒例》中描述：“然气候亦有应至而不至，或有未至而至者，或有至而太过者，皆成病气也。”四时之气避之不足，尤其是感受寒邪，不仅可感而即发为伤寒，而且会导致至春发为温病，至夏发为热病。而非时之气的发生，则又是引发“一岁之中，长幼之病多相似”的疫疠病的根本原因。环境因素主要是地理因素，《伤寒例》描述：“土地温凉，高下不同，物性刚柔，飧居亦异，是故黄帝兴四方之问，岐伯举四治之能，以训后贤，开其未悟者，临病之工，宜须详审也。”不同的地域条件下，气候的变化不同，人们的起居劳作，饮食习惯不同，外感热病发病的类型也有所差别，如西北高寒地区多伤寒病，东南水网地区多湿热病。再者，久旱、大涝、雪灾等灾害性气候，也是温疫性外感病发生的重要诱因。
（3）社会因素：社会动荡，战乱灾害，破坏了人们安定正常的生活秩序，造成精神上的伤害，必然使机体的正气受损，抗病力下降，从而成为外感热病发生的诱发因素。东汉末年，战乱频仍，温疫流行，形成“白骨露于野，千里无鸡鸣”的凄惨景况，而张仲景之家族也发生“其死亡者，三分有二，伤寒十居其七”的悲凉突变，由此可见社会因素与伤寒发病之间的重要关系。
3.伤寒的感邪途径秦汉时代，中医对人体感受外邪的途径，多认为“邪从肌表皮毛而入”，《伤寒例》描述“凡伤寒之病，多从风寒得之，入里则不消矣，未有温覆当而不消散者”，就充分代表了当时对伤寒病感邪途径的认识。由于太阳主表，总六经而统荣卫，为一身之藩篱，故外邪袭表，太阳首当其冲，卫气起而抗邪，失其温煦之职，故不论伤寒中风，初起多见恶风恶寒，发热头痛等症状，所以张仲景以“脉浮，头项强痛而恶寒”作为太阳病之提纲，同时将辛温发汗、温覆取汗作为治疗伤寒、中风表病的主要方法。
4.伤寒的病证传变外受邪侵引发外感热病，仲景以六经辨证分治。六经病证是脏腑经络病理变化的临床反映，而脏腑经络又是不可分割的整体，故某一经的病变，常常涉及到另一经，从而出现相互传变以及合病、并病等证候。
传，是指病情循着一定的趋向发展，变是指病情在某些特殊条件下不循一般规律而起着性质的改变，但传变常并称。一般而言，凡病邪侵袭，正虚邪盛，则病证由表传里，由阳人阴；若正气恢复，驱邪外出，则病证由里出表，由阴转阳。无论病证由表入里，由阳入阴，还是由里出表，由阴转阳，皆称为传变。所不同的是，前者属邪胜病进，后者属邪衰病退。
六经病证的传变与否，取决于多种因素。其中，一是决定于正气的盛衰：正气充盛，抗邪有力，则邪气不能内传；若正气衰弱，则易致邪气内传；若邪气已内传，但正气恢复，已具驱邪外出之力，则可使病情由阴转阳，由里出表。二是决定于邪气的轻重：若感邪重，其势较盛，外邪直袭而入，则必然向内传变；若邪气不甚，或邪气渐衰，则内传无力，或虽已内传，亦可有外出之机。三是决定于治疗的当否：在疾病发展的过程中，治疗是否及时、得当，关系到疾病的传变与否及传变的趋向。
六经病证不仅有自太阳病内传而来者，而且还有“直中”者。直中是指病邪不经太阳初期及三阳阶段，而是直接进入三阴经，其中尤以直接进入少阴为著。产生直中的原因，主要是由于正气内虚，抗邪无力，正因为如此，病邪才得以越过阳经直接进入阴经而发病。
六经可以单独为病，也可以两经或三经合并为病，故有“合病”、“并病”之称。合病是指两经或三经同时发病，无先后次弟之分者，如太阳少阳合病、阳明少阳合病以及三阳合病等。并病是指一经的病证未罢，而另一经病变又起，有先后次弟之分者，如太阳少阳并病、太阳阳明并病以及少阳阳明并病等。合病多属原发，其势较急；并病多属继发，其病较缓。
四、辨证体系
1.六经辨证《伤寒论》是以六经作为辨证论治的纲领。六经即太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴，由于每一经又分为手足二经，因而六经又总领十二经及其所属脏腑的生理功能。六经病证则是人体感受外邪之后所表现出的各种病理变化及其症状表现，它既是外感病发展过程中的不同阶段，也是相对独立与相互联系的证候。六经辨证是以六经所系的脏腑经络、气血津液的生理功能与病理变化为基础，并结合人体的抗病能力、病因属性、病情缓急、病势进退等因素，对外感疾病发生、发展过程中的各种症状进行分析、归纳、综合，借以判断病变部位、证候性质、疾病特点、邪正消长等，并以此作为前提，决定治法、选方、用药、护理等问题，形成辨证论治的方法与体系。