宁夏是古代边关重镇，是多种文化交融之地，自古以来就形成了独具特色的区域文化。六盘山高中的学生来自中国回族集聚区的宁夏南部九个县（区）和川区移民吊庄点，不同区域的学生有着不同的文化背景。学校生源地的隆德县是全国书法之乡，泾源县是泾河的发源地、国家级森林公园旅游胜地，西吉县是全国文学之乡，海原县是“花儿”之乡，固原县是古代萧关古镇，彭阳县、盐池县、同心县是革命老区。
生活在这些不同地域的孩子从小受到当地传统文化的熏染，他们来到六盘山高中这个大家庭，要与不同县域、不同民族的同学同吃同住同学习、和睦相处、情同一家人，团结教育就显得尤为重要。学校针对学生实际，教育学生相互尊重、相互理解、相互帮助、相互包容、相互学习，共同进步，实现理想，回报社会。
学校认真贯彻《国家民族团结教育指导纲要》《宁夏中长期教育改革和发展规划纲要》。认真贯彻党的民族政策，每年招生时，对少数民族学生降低20分录取，使宁夏南部山区更多的少数民族学生享受优质教育，提高民族教育质量。同时，积极开展民族团结教育活动，使党的民族理论和民族政策、国家法律法规进课堂、进头脑。政治课专门系统地介绍党的民族、宗教政策，教育学生建立平等、团结、互助、和谐的新型民族关系。
学校组织学生开展以“知我民族，爱我家乡”为主题的暑假社会实践调查活动，开展“讲述我身边的民族团结故事”主题班会活动，开设了“回族在祖国大家庭中”校本课程。通过专题讲座、板报、会议、知识竞赛、横幅标语、参观学习、课堂教学等多种形式和方法，广泛宣传党的民族理论和民族政策；组织学习《宪法》《民族区域自治法》《民族团结知识读本》，使民族团结教育贴近学生、贴近生活，教育引导学生树立“汉族离不开少数民族、少数民族离不开汉族、各少数民族之间也相互离不开”的思想观念，把民族团结教育与学校思想道德教育、教育教学实际紧密结合，增强学生作为中华儿女的自豪感和实现中华民族伟大复兴的使命感、责任感和自觉性。
学校确定每年一月为民族团结教育月，二月为民族传统教育月，十月为民族精神宣传月，开展“弘扬和培育民族精神、为中华民族复兴而努力读书”主题教育活动，开展“知我民族、爱我中华”的民族团结主题征文比赛和演讲活动。
每年新生入学后，学校都要组织新生到宁夏博物馆、宁夏科技馆等定点社会实践基地参观，了解宁夏经济社会发展史、回族发展史及回族文化。元旦、毕业典礼等重要节日，学校在文艺演出中特意安排表现民族团结进步的节目和富有民族特色的节目，如《汤瓶舞》《剪花花》《民族团结一家亲》等歌舞类节目都已经成为经典曲目。学校开设民族文化艺术课和《西海固地理》《回族研究》《回族对伟大祖国的贡献》等校本课程，让学生在学习风土人情、文化知识的同时，了解民族政策和民族文化。2006年6月，宁夏六盘山高中被自治区教育厅、民委、财政厅、发改委命名为“宁夏回族自治区标准化回民学校”。
2006年8月17日，全国人大常委会副委员长司马义·艾买提一行在自治区主席马启智陪同下来学校视察，当看到南部山区的少数民族孩子在六盘山高中快乐学习、健康成长时，各位领导露出欣慰的笑容。2008年6月由全国人大常委会委员、全国人大民族事务委员会副主任委员周声涛带领的全国人大民委调研组视察六盘山高中后，对学校开展民族团结教育工作给予了高度评价。2009年9月5日，中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林来学校视察工作，对六盘山高中民族团结教育工作给予充分肯定。
2010年，六盘山高中接收了青海省玉树地震灾区153名藏族师生，为保证他们异地复课，学校为他们创造了优越的学习、生活环境，在全校开展和藏族学生手拉手活动，帮助灾区学生尽快适应环境，不定期地和藏族学生举行文体联谊等活动，各族师生团结和睦，亲如一家。2011年中秋节，自治区主席王正伟、自治区政协副主席马国权与在六盘山高中就读的玉树师生共度中秋佳节，“宁夏青海，扎西德勒！”响彻六盘校园。
沐浴着党的阳光，这些山区少数民族的孩子在六盘山高中健康成长。学校为山区少数民族孩子更好地成长与发展开辟渠道，形成办学特色，提高少数民族学生的综合素质，为少数民族地区培养了优秀人才。
2011年12月，学校被自治区民族团结进步创建领导小组授予“民族团结进步模范学校”称号。
六盘山高中已成为山区孩子的家园，民族团结的典范。