为了深入推进课程改革，努力使学校课程适应学生发展的需求和社会发展的需要，探索多样化培养人才的途径，走课程校本化实践与研究之路，学校在新课程实验取得初步成功的基础上，根据自身的校情、学情、师情，从把国家课程转变为适合本校学生发展需求的课程探索出发，参与全国教育科学规划领导小组确定的全国教育科学“十一五”规划教育部重点课题，启动了《提高课堂实效性的策略——国家课程校本化的实践研究》课题的研究工作。
这个课题的研究意义在于把国家层面上规划和设计的课程转化为适合六盘山高中学生学习需求和个性发展的课程，制订适应不同层次学生的教学内容与目标，确定适合每一个学生个性特点的学习内容与教学方式，给学生最适合的教育；通过实践研究，提升学校的办学层次，进一步推进课程改革，把“国家课程校本化”变成学校特色，进而使学校发展为特色学校。
课题组以校长金存钰为组长，以邓树栋、贾永宏、王宁忠、王俊昌及各学科教研组长为成员，组织各学科部分教师参与这一课题的研究工作。
在研究的准备阶段，课题组针对六盘山高中的学生构成和来源情况，在高一、高二年级学生中进行了学习调研，对校内外课程资料进行了评估。
2007年7月至2008年8月，制定《国家课程校本化》方案，确定国家课程校本化的原则和方法。
2008年9月开始，课题研究进入了实践阶段。课题组组长金存钰负责，全校动员，人人参与，研发、编写用于指导和规范教师教学、适合学生学习的《课堂导用》。《课堂导用》25个必修模块的系列丛书经过一轮试用，广泛征求师生意见建议，修改完善后由宁夏人民出版社出版，面向社会公开发行。学校还正式向全校学生开设课程提高类、特长生培养类、兴趣培养类、视野拓展类、科学与生活类五大类别的校本课程，供学生选择学习。
2010年12月28日，《国家课程校本化的实践研究》结题，在全国教育科学规划领导小组组织的课题实验优秀成果评选中获二等奖。贾永宏、王俊昌、陈熙春、路满雄等27位老师的教学论文和经验总结入选课题成果《课堂教学实效性》丛书。
经过本课题的实践研究，学校完成了“国家课程校本化”的实验，初步构建了更加有利于学生发展的课程体系，实现了课程内容的宽泛化、教学目标的层次化、教学手段的多样化、教学资源的开放化。形成的“年段分解、底线上移”“631”目标规划模式等，对新课程背景下国家课程校本化的实施具有示范意义。
学校生源地宁夏南部山区，由于受自然、经济条件和教育不均衡发展的影响，大部分初中学校虽然开了英语课，但教师水平参差不齐，教师缺乏新课程改革理念和先进经验的引领，没有外出学习的机会，从而导致学生缺乏正规有效的英语学习。特别是在英语阅读课教学上存在着严重不足，导致学生在英语阅读上存在着诸多不良现象：不喜欢阅读、嫌阅读枯燥乏味、单词多、难度大；缺乏良好的阅读习惯，读过的文章或段落不会做标记；不会查阅资料，不愿意和同伴交流，碰到不理解的单词或语句等着老师给答案；阅读方法欠缺，阅读时用手指着文字读出声音，阅读找不着重点；不能总结归纳，很少能深思善问；学习动力不足，缺乏向别人学习优秀阅读方法的欲望。
如何尽快帮助学生解决英语学习中的问题，让学生掌握正确的英语阅读方法，培养学生良好的英语阅读习惯，提高学生的英语阅读能力，成为六盘山高中英语教学的当务之急。
正在这时，全国教育科学“十一五”规划课题——《国家“英语课程标准”阅读目标校本化实施策略实验》课题在宁夏启动，可谓正当其时，正急所需。
学校成立课题组，课题组长曹天祥，成员滕淑萍、张巧玲、郝红霞、张秀娟、武小军及全校英语老师开始前期准备工作，学校积极组织申报。
2008年10月，学校被确定为该项目的实验学校。学校以此课题为契机，寻求提高学校英语教学水平和质量的突破口，开始走上英语教学校本化实践研究之路。
《国家“英语课程标准”阅读目标校本化实施策略实验》研究的目的在于，培养学生良好的阅读习惯，拓宽学生视野，为英语学习打好基础；传授给学生正确、有效、科学的阅读方法；培养学生对阅读课的兴趣、提高阅读课的效率；提高英语教师英语阅读课堂的调控能力、探索英语阅读课的有效操作形式和评价方式。
课题启动后，课题组全体成员在调查学校学生英语学习状况的基础上，认真制定课题实验研究方案，先后进行了优化阅读习惯策略、优化教学设计策略、优化教学资源策略、优化教学活动策略的实验。指导学生制定英语阅读计划、建立阅读卡，制定宁夏六盘山高级中学教师英语阅读教学参照项目和英语阅读教学评课表，组织开展英语阅读教学公开课，举办英文歌曲大赛、演讲比赛和周末英文电影展播等活动。
经过近三年的实验研究，初步形成了激发学生英语阅读兴趣、提高英语阅读课效率的方法，建立了“六盘山高中指导学生课外阅读操作模式”，有效地推动了学校的英语课堂教学。
2010年10月，课题研究结题。在厦门召开的课题总结会上，学校课题组荣获优秀课题组，承担的研究课题被评为一等奖。
与此同时，学校承担和参与了国家级其他课题的研究与实验。
全国“十五”计划教育部重点课题《三结合德育创新教育活动的组织与指导》，课题组长徐彦平，课题组成员金存钰、叶勇军、邓树栋、王生银、朱振华、王志恒。2005年2月开始实施，2008年结题。该课题探索在寄宿制学校、全封闭管理环境下“三结合”德育的可操作实践模式，努力构建促进学生创新人格与创新能力发展的学校、社会（社区）、家庭一体化的德育网络，搭建“以学校为主体、家庭为基础、社区为辅助”的学生成长平台，对丰富德育内涵，拓宽德育途径和方法，结合学校实际开展德育工作提供了借鉴。该课题被总课题组评为优秀课题成果二等奖。
以体育教研组长何国放为课题组长，体育组全体老师参与的《体育校本课程开发实验与研究》，是全国“十五”教育科学规划国家级重点课题《关于开发体育的地方课程与校本课程的研究》的子课题，2006年5月开始实施，2007年12月结题。该课题通过对国家课程以外的民族、民间体育项目（毽球和跳绳）的实验研究，开发出一套与国家体育课程相适应的校本课程资源，编写了具有学校特色的校本教材，并以此为载体，促进学校体育教学的发展和学生素质的提高，被总课题组评为优秀课题成果一等奖。
2009年开始，六盘山高中与中国人民大学附属中学等学校共同参与了《国家基础教育示范项目“基础教育资源开发服务试点”工程》的研究与实验工作。六盘山高中承担了《开发整合高中教育资源服务于学生》的子项目研究，着力于课程资源的采集、加工与制作。至2012年8月，上传课堂教学视频108个、课件218个、教案233份、学案18份、试卷305套。
2010年8月，由科学技术部、教育部主持实施的《中小学科学探究学习与创新人才培养实验研究》项目工程启动，六盘山高中被确定为项目实验学校。学校成立了以金存钰校长为项目总负责人、邓树栋副校长为项目联系人、下设三个研究小组的项目工作组，进行了实验与研究。曹效琴副校长和张君、王晓荣、王会玲等老师，教科室王俊昌副主任和项目组成员党喜奎、徐文娟、高建英、于绪排、王晓方等老师，开展了《“国家课程校本化”过程中科学探究方法应用研究》《探索学科研究性学习多样化课程体系和教学模式》和《构建探究学习实验室，培养学生探究创新能力》三个子项目的研究，于2012年5月完成结题报告，并向总项目组提交了《化学校本系列课程开发案例》《“西海固地理”校本课程案例》《利用校园资源开发校本课程的实践活动案例》和《寻找正午太阳高度变化的证据》《探究制作校园植物叶脉标本的有效方法》《函数模型的应用实例》等研究性学习案例。信息中心孙宇科主任和信息组卫金菊、马海燕等老师，进行了《科技实践活动中创新人才培养机制研究》子项目的研究工作，完成了结题报告。
2010年5月，经过申请、审批，学校参与了中科院心理研究所、中国教育学会联合组织的科研规划课题“学校心理教育体系的理论建构及心理技术在教育中的应用”。学校承担的子课题是“寄宿制普通高中心理教育与研究”，课题由金存钰校长负责，王生银副校长组织，王志恒、李启杰、赵保利、王寿江、陈熙春、韩佩蕾等课题组成员按照总课题组的部署，在两年的时间里，积极落实课题研究方案，精心培训实验教师，深入开展各项研究，使学校心理教育体系的理论建构及心理技术在教育中的应用渗透于教育教学各个方面。在实践研究中，通过总课题组研发的“心智仪”，采集了两万多个分析数据，走访调查了近千名学生，发放并收回1200多份调查问卷，以六盘山高中为例比较全面地研究了寄宿制普通高中学生的心理教育情况，形成了两万多字的研究报告——《寄宿制普通高中心理教育与研究》。课题于2012年5月结题。课题组的研究报告，受到总课题组评委高文斌、陈继英等专家的高度评价，并荣获一等奖。
目前正在实施的国家级课题还有：中国化学教育委员会基础教育“十二五”规划课题《通过培养学生自主学习能力来提高化学课堂教学的实效性》（课题组长曹效琴，课题组成员梅继红、姚晶莹、丁华、朱维昌、喜忠锋、张君、白烨萍、刘强、董国恩、徐文娟），第三届全区基础教育教学课题《高中通用技术课程多媒体资源包的建设》（课题组长孙宇科，课题组成员信息技术组全体教师）、中国化学教育委员会基础教育“十二五”规划课题《基于培养学生科学素养的中学化学实验校本课程开发研究》（课题组长徐文娟，课题组成员王会玲等）。
学校积极参与国家级课题研究，也积极参与自治区级各类课题的研究。宁夏教育厅新课程实施指导课题《学生选课指导手册》和《学校课程设置和排课方案》，参与教师：朱文璋、邓树栋、曹效琴、王俊昌。
宁夏第二届基础教育研究课题《新课程下历史教学的问题及对策》，课题组长路菊，课题组成员王俊昌、田英俊、张建福、路志峰、金波、张晓琳、郭琴、周慧、马晓媛、马宝梅。该课题获宁夏第二届基础教育研究优秀课题成果三等奖。
宁夏教育科学“十二五”规划教育厅规划课题《寄宿制高中班主任德育工作实效性研究》（课题组长陶森修），《提高英语课堂教学实效性的教学策略研究》（课题组长马绍云），《高中通用技术课堂教学实效性研究》（课题组长张小兰），《宁夏中学体育教师培训途径及实施策略研究》（课题组长曹嘉琳），《提高学生化学自主学习能力教学策略的实践研究》（课题组长丁华），《高中生化学实验创新能力培养的实践研究》（课题组长徐文娟）。
校本化的实践研究是六盘山高中教师专业发展的强大助推器。在研究过程中，教师们学会和掌握了基本的研究方法，由以前的被动接受者转变为主动学习者、研究者，学习能力和教科研能力逐步提升；教师不断进行理论学习，不断充电，知识得到补充，理论水平进一步提升；教师不断进行教学反思，总结教学经验，感悟教学规律，转变教学观念，改进教学方法，教学能力和教学水平不断提升。
在这一过程中，学校建立了较为完善的过程性教学研究管理模式，形成了一支懂科研、积极投身于教育科研的骨干教师队伍，学校整体科研水平不断提高；学校逐步形成了以科研为先导，带动学校教育教学不断走上新台阶、新水平的发展模式。新课程校本研究，成为教师进步、学生成长、学校发展的源头活水。