2003年中央在已有农村税费改革的基础上宣布正式取消和废除农业税制度，这一史无前例的举措具有极其重要的历史价值，对于中国农民所面临的风险问题及其权利系统产生了深远的影响。
1 冻结了地方治理中的政治风险
在农业税取消之前的近20年里，农民负担不断加重一直是日益严重的政治问题。对农民的各种乱收费、乱集资、乱摊派，以及由此滋生的形形色色的地方腐败行为激起了许多农民的强烈不满，以致到上级政府集体请愿，直至抗议和示威、暴力冲突，或者到北京上访等。地方政府与农民之间的紧张关系在媒体和大量学者的研究文献中得到了充分的讨论和传播，中央政府也密切关注着农民因为税费负担问题而上访或投诉的信件、群体性事件的规模以及数量的变动趋势。这些数据指标客观上成了衡量地方政治风险的标尺，而地方政府也努力将各种冲突事件和矛盾控制在本地区范围内，以避免将群体性事件恶化到进入中央决策层的视野或信息统计之中。不过，很多情形下，地方政府控制局部矛盾和农民上访的努力会适得其反，常常造成更大的恶性群体性事件。因此，农村税费改革和农业税的废除一次性地终结了地方政府和农民之间关于税费负担问题的紧张关系以及相应的政治风险，即从此之后农民因为农业收费问题进行上访和暴力冲突的事件大体上快速消退了。
2 为农民权利扩张奠定了制度性基础与规则
中央政府过去一直试图界定繁杂的农业税费中合法的与非法的收费类型，并通过《农业法》（1993年）规定农民有权拒付非法的收费，但是困难是很明显的。通常，农民并不清楚或并不拥有关于税费是否合法的信息，并且地方政府总是很容易混淆税费是否合法的倾向以更加有利于自己的方式进行解释。于是，列举收费合法类型的规则控制丧失了合法性和有效性。但是，农村税费改革以及废除农业税则使得地方政府征收农业税和收费的行为丧失了合法性，从而系统地和可置信地约束了地方政府的政治行为边界与空间。彻底废除农业税的改革为农民权利扩张奠定了制度性基础与规则，由此大大提升了农民同地方政府谈判和交易的行为能力与地位，而地方政府试图模糊有关税费合法性信息的租金也随之消失了。
3 系统地重构国家、地方政府与农民之间的关系，扩大了农民的权利空间
农村税费改革之后，农民权利空间的扩大主要体现在两个方面。一方面，增强了地方政府为农民提供公共服务的能力，为随之而来的农民享有医疗卫生以及义务教育等社会福利权益创造了有利的条件。关于农村税费改革之后的政策设计，中央加强了地方财政预算与民主制度的建设，以及加大上级政府对下一级政府的转移支付水平。具体包括： 在精简机构、压缩人员、节约开支的基础上，根据公共财政的要求和各地财力的实际情况，建立中央、省、市或县三级财政合理负担的财政分权体系。按照农村税费改革中央对地方转移支付办法的有关规定，结合实际，统一规范计算财政转移支付资金，补助农村税费改革后出现的乡镇资金缺口。
另一方面，加强了农民对集体事务的民主决策权。如农村税费改革之后，集体项目的筹资实行了一事一议制度，即对任何具体的项目向农民收费都需要经过村民代表大会的“一事一议”的民主代表规则作出决策，从而替代了过去用行政命令下达收益额度的做法（Bernstern，2006）。由此，民主决策也加强了农村村民自治组织的建设，发挥农民组织在集体社区公共物品供给决策与实施中的作用。显然，规则改变强化了农民参与集体事务决策的激励与权利的意义。