一个有效率的组织制度应当能够约束各利益相关方的机会主义动机与寻租行为（或空间），并且是在节约组织内生交易费用的基础上具有效率改进的特征。评价合作医疗保险的标准主要有两类： 一是正义标准，二是效率标准。其中，效率标准又可以从费用节约和风险分散两方面加以度量。
首先，关于社会正义的学术标准，最值得借鉴学习的是Rawls的最大化社会处境最不利者的福利正义原则与Amarty Sen关于改善贫困或疾病者的可行能力正义论除了Rawls和Sen的正义标准之外，还有功利主义标准和Nozick完全自由主义以及绝对平等主义等，其中，绝对平等主义和Nozick完全自由主义的正义论难以实际应用于政策过程，而社会福利最大化标准同样也会面临社会集团或阶层之间的福利难以比较加总和评判的问题。。这两类正义论都主张社会群体遭受疾病困扰的人有权利获得一定限度的社会保障措施，以恢复或提高自身的行为能力与福利水平。而农村合作医疗保险制度的设计正是为帮助农民抵御疾病风险或保护农民免受因病致贫的打击，这一组织制度不仅有效地提高了患者的福利水平，而且也增加了患者参与社会生产与竞争的行为能力。当然，受疾病困扰者能获得补偿的权利和资源是需要一定的转移支付或收入再分配机制为基础的，如除了农民和村集体支付一定医疗保险费外，企业的“以工助医”费的收取和各级政府的财政补贴事实上正是以社会财富再分配机制为农村（疾病）医疗保险提供了相当一部分资源。这部分资源的供给意味着未参加合作医疗保险的人与参加了合作医疗保险却未生病或很少生病的人为患者补偿支付了一定的资源。不过，这正是社会正义论对社会再分配的转移支付所容许或强调的。但是，那些没有参加农村合作医疗的农民如果同时也没有为其他社会保障机制所覆盖的话，那么这样的群众在遭受疾病尤其是大病时是难以得到相应的补偿的。为此，从社会正义论的角度看，应当强调所有的社会成员应当有平等的机会享受社会保障的权利，提高农民参保率正是社会正义论的应有之义。
其次，费用的节约主要是交易费用方面，又可以区分为可以直接计量的费用和难以计量的费用。对于前者，我们可以用管理成本来刻画或描述，通过构造一些统计指标直接加以度量，对各类相关数据进行数量分析，如单位人员管理费用等；而对于后者，我们则只能运用经济学的理论对各种可能增加交易费用的因素及因素的技术性特征进行剖析，以定性地识别出可能增加交易费用而降低组织效率或降低交易费用以提高组织效率的各种因素之间的权衡（Williamson，1996；Cheung， 1970）。
最后，关于风险的分担与控制程度。风险的分担是指从农民医疗补偿的角度看的，风险控制则是就各级合作医疗保险基金的收支平衡状况而言。农民的风险分散程度可以通过合作医疗保险对农民的补偿范围与补偿的程度来间接度量，即对农民补偿的可报销药品目录越宽，以及给农民分段补偿的比例越高，则农民的风险分散程度就越好。影响对农民补偿与补偿程度的因素主要有农民的缴费水平、政府财政补贴以及其他筹资渠道的资金收缴情况。此外，还有药品和医疗服务的成本高低状况等。当资金筹集水平不高，而药品与医疗服务的价格又相对十分高昂时，合作医疗保险机构对农民补偿的水平也会比较低，于是，农民承担医疗风险就会偏大，其风险分散的程度就会不高。与农民个人风险分担相对应，区镇两级合作医疗保险资金的运作也会存在“入不敷出”或亏空的风险。对合作医疗基金风险的控制水平反映合作医疗组织制度与管理的效率特征，其受到资金规模与医疗（药品）服务费用上涨压力的强烈影响。如果一味地追求“以收定支”和风险基金的适度平衡，对农民的补偿水平过分低的话，将有可能影响农民下一年参保的积极性，从而会隐含更大的由于低参保率引致的资金风险。