当然，在过去30年的农村改革历程中，中国农村的税费制度变革和农业税的取消尤其引人注目。21世纪之初，开始于安徽的中国农村税费改革被广泛认同为继20世纪50年代的土地改革、70年代末的家庭联产承包责任制之后的第三次重大制度变革。虽然对其历史意义的争议不大，但是从目前大量的有关税费改革的文章和评论来看，人们对这次农村税费改革的性质的争论十分混乱。种种似是而非的观点和政策设计表明现有的文献对我国长期以来实行的农村税费制度本身的性质和问题之根源认识并不清楚。如果从农民与国家、地方政府之间的关系来看待农村税费改革的性质问题，那么许多问题与争论就比较容易得到解释，如农业税费制度设立或存在的依据是什么？为什么要征收？对这一问题有代表性的探讨，有从公共物品和公共财政的视角（陶勇，2003；王绍光等，2001），有从土地制度和地租性质的视角（张岸元等，2000）；还有从城乡分治和城市、工业优先发展战略决定的视角进行的分析（刘书明，2001）。但是，无论从哪一种视角来看，农村的税费制度变革都表明了农民在地方政治经济关系中的地位和权利显著上升了（赵德余，2004）。也正是因为税费关系的变化以及农民对抗地方政府组织权力的强化，农民其他相关的社会保障权益才获得了可靠的政治基础税费改革另一个重要后果是地方政府在乡村公共物品及服务方面的提供职能或激励有明显的弱化，而也许正是为了弥补税费改革可能形成的供给缺口，中央政府开始强化和提高了其直接提供乡村公共物品的责任。
自从中国农村的税费改革之后，尤其是建设社会主义新农村政策纲领的确定很大程度标志着中国农民权利变迁史中的一个转折点，即从过去主要关注于农民的经济权利向关注农民的社会领域尤其是社会保障权利的转变。其中，关于农民的流动、非农就业和农民工合法权益，以及农民的“看病难、看病贵”的医疗保险乃至养老问题，引起了国内外广泛的关注和讨论。但是，由于缺乏有效的组织资源，困难在于现有的社会保障权都是通过国家政策的调整自上而下从外部“强加”给农民，农民对国家导入或赋予的社会保障权益还需要一个认同和信心发生的过程。如一些地方合作医疗的个案研究表明：“成功的经验不仅依赖于政府支持，更有赖于一系列的具体制度安排或制度结构的效率特征。”
首先，中央政府在2002年10月提出建立新型农村合作医疗制度，其最大特点是“政府投入为主，农民自愿参加”，这项由政府主导建立的新型农民合作医疗保障制度以“大病统筹”为主，其重点是解决农民因大病导致的风险。由于符合农民的愿望和利益，新型农村合作医疗的推进和发展十分迅速，成为具有中国特色的农民医疗保障制度。目前正在30个省、自治区、直辖市的310个县（市）进行试点。截至2004年6月，覆盖9 504万农业人口，实际参加人数6 899万人；共筹集资金30.2亿元，其中地方各级财政补助11.1亿元，中央财政对中西部地区补助3.9亿元。至2006年年底，全国51%的县（市、区）开展了“新农合”，参合农民4.1亿，受益面逐步扩大，补偿农民4.2亿人次，补偿金额逐年增长，累计补偿242亿元。相应地，2006年合作医疗的人均筹资标准从30元提升到50元，2008年则再次提高到人均100元的水平。一些发展相对成功的新型农民合作医疗表明了农民健康风险分散化制度建设过程中政府、农民以及相关组织（如医疗卫生服务机构和医疗保险机构等）间的信任关系的形成与互动的重要性。其中，关于政府的作用问题，财政资源的投入是重要的，但这并不是最关键的因素。政府的作用集中体现在其对农村医疗卫生服务的供给承诺或信念，即政府愿意承担起责任，通过财政资助和镇村卫生一体化建设将农村社区的卫生防疫（如计划免疫、传染病控制等）、健康保健、疾病预防、健康档案等公共卫生服务功能落实到乡村卫生室，并以低成本或免费的形式提供给广大农民，从而有效地降低农民的发病率和提高农民的健康状况。由于制度结构的效率改进，政府与合管机构的政治承诺强化了农民对承诺和合作医疗的信心，于是，农民选择参与行为的激励大大提高，而这又进一步刺激了政府与管理机构对合作医疗的公正性和效率作进一步的监管承诺。
其次，关于农民的养老保障权利，农村社会养老保险制度显然也在探索之中。一直以来，中国农村养老保障以家庭为主。20世纪90年代以后，部分地区根据农村社会经济发展实际，按照“个人缴费为主、集体补助为辅、政府给予政策扶持”的原则，建立了个人账户积累式的养老保险。2003年年底，全国有1870个县（市、区）不同程度地开展了农村社会养老保险工作，5428万人参保，积累基金259亿元，198万农民领取养老金。2004年，中央政府开始对农村部分计划生育家庭实行奖励扶助制度的试点： 农村只有一个子女或两个女孩的计划生育夫妇，每人从年满60周岁起享受年均不低于600元的奖励扶助金，直到亡故为止，“奖励扶助金”由中央和地方政府共同负担。2004年年末全国参加农村养老保险的人数为5378万人，全年共有205万农民领取了养老金，当年年末农村养老保险基金累计结存285亿元。至200６年年末全国参加农村养老保险人数为537４万人，2005年年末全国参加农村养老保险人数为5442万人，2005年共有355万农民领取养老金，比上年增加53万人，全年共支付养老金30亿元。相对于农村合作医疗而言，农民养老保险的推进程度还远远滞后，其覆盖水平只接近2003年农村合作医疗起步阶段的状况。
再次，自2007年年初中央一号文件明确提出在全国范围建立农村最低生活保障制度的要求以来，民政部和各地加大了推进农村低保制度建设的力度。中国已有27个省、自治区、直辖市全面建立了农村最低生活保障制度，最新统计数据显示，农村低保已覆盖2500多万农村贫困居民；自然灾害应急救助年均救助受灾群众达8000万人次；农村五保供养实现了由农民互助共济向财政保障为主的转变，507万孤老孤儿的生活得到保障。此外，还有农村特困救助对象562.3万人。
最后，对于寻求非农就业机会的农民工的权益问题近年来也得到了社会和政府的特别关注。根据2007年第二次农业普查结果，我国农村外出从业劳动力及农民工的规模已经达到1.3亿，并且农民工外出就业机会的流向主要是省外，约占全部农民工的49.3%，其中中部和西部地区流向省外打工的农民占全部外出就业劳动力的67.0%和59.6%。此外，农民工外出就业的产业构成主要分布在第二产业和第三产业，其比例分别为56.7%和40.5%，而且不同地区农民工外出就业的产业结构差异也不是十分明显。考虑到绝大多数农民工是在其户籍地之外工作，并且主要从事第二、第三产业，农民工在异地工作的环境、工资收入及其相关的劳动权益乃至社会保障等诸多问题都会面临特殊的风险。如在一些地区农民工的工作环境恶劣，缺乏安全保障而工伤事故频发以及农民工工资被拖欠等问题时有发生。同样，农民工遇到与其他公众类似的患病与养老风险问题，即如何将农民工纳入正规的社会保障体系中来一直是政府十分关注的议题。在此过程中，国家在总结各地方试验的经验基础上发挥了主导性的作用，如关于农民的流动、非农就业和农民工合法权益问题。目前，许多地方开始试点和出台具有地方特色的农民工的养老或医疗保险办法。如北京、浙江和深圳等地实行的“双低”模式，即在城镇职工社会保险体系的基础上，主要通过降低各类社会保险项目的缴费基础和缴费比例等形式，降低农民工的参保成本，相应地农民工享受的社会保障待遇水平也适当降低。而上海、成都等城市则专门为农民工量身订做了一种社会保障模式，即综合保险模式，该模式的主要特点是将农民工的工伤、医疗和养老三项保险捆绑在一起，统一按照比较低的费率缴费，从而显著降低了农民工参保的门槛。随着社会媒体与学术界对农民工的社会融合及其社会保障问题的讨论不断深入，一方面，国家已经高度重视并着手推动城乡统一的社会保障体系的建设，另一方面，政府的权力部门也开始启动以分派“指标”式的行政性手段向地方政府施加压力，要求各地方政府扩大社会保障体系对农民工的覆盖面。面对日益强烈的社会呼声与压力，地方政府与工商企业以及农民工之间关于流动农民的合法社会保障权益正展开着激烈的政治博弈。