太平洋环境组织创立于1987年，最初的名称为“太平洋能源和资源中心”。该组织成立初期的工作重点是国际能源和资源问题，那些帮助定义和规范的新出现的全球环境问题以及促进实施国际环境法的科学和学术性文章，为该组织赢得了声誉。
太平洋环境组织的宗旨是保护野生环境、授权本地社团组织以及建立全球合作，其目标是致力于通过加强民主、支持基层（草根）组织联合当地社团及重新定义国际政策来保护环太平洋地区的生存环境。
太平洋环境组织的方针：支持本土的环境斗争，每年将1/3的财政用来支持当地正在从事的关键斗争，如非法伐木和捕鱼的草根组织；坚持企业及银行应承担的环境职责，如对抗那些在背后支持石油业、矿业及伐木业的银行，还有那些从中获利的公司企业；推广最佳环境项目，如支持可持续性渔业、绿色能源和各种以环境保护为第一考虑的项目计划；建立全球运动：太平洋环境组织联合环太平洋地区的环境学家和社团组织希望建立一个全球性的运动来面对全球性的环境威胁。
1991年，太平洋环境组织成为第一个将大家的注意力转向受威胁的西伯利亚针叶树林地带的NGO，并开始在俄罗斯工作。通过在《华盛顿邮报》、《自然》杂志以及其他媒体上发表文章，太平洋环境组织将其所有重点投入到了“清算”俄罗斯冷战后经济时代的自然资源上。同时，他们开始与当地环境组织和环保活动者合作。很快，太平洋环境组织在俄罗斯取得了明显胜利。
1993年，太平洋环境组织与俄方合作伙伴一起开展环境运动，并成立了Botchi自然保护区，它保护了俄远东地区非常有价值的森林，使之免遭Weyerhaeuser公司的砍伐。同年，他们与俄远东地区的乌德盖人一起使300万英亩（约1800万亩）的森林免遭砍伐（在Bikin分水岭上），目前该区域已成为了野生动植物的避难所。接下来的几年，太平洋环境组织继续在俄罗斯开展和实施富有创意和有效的环境战略。太平洋环境组织还帮助俄罗斯创立环境运动策略，与国际环境专家合作，努力争取外部资金，这些促进了20世纪90年代俄罗斯环境运动的巨大发展。太平洋环境组织还继续通过媒体，将很多国际注意力投向俄罗斯的环境问题，如《时代》杂志的一篇封面故事以及《纽约时代周刊》的大幅报道，《旧金山观察》、《华尔街》上的相关文章等。
20世纪90年代中期，太平洋环境组织开始把重点放在起关键作用的、导致俄罗斯资源耗竭的国际金融机构上。该组织发起一项长期的努力，即把环太平洋地区的基层环境主义者与国际政策决策者，特别是那些有政府支持的出口信贷机构联系起来。由此，他们开创了阻止有破坏性项目融资的先例，同时改善其他的类似机构，把它们作为一项改革出口信贷机构的社会和环境政策的国际运动，即ECA监督。1996年，太平洋环境组织和合作伙伴一起阻止了一个金矿的融资，而该金矿的建设将会蚕食勘查加半岛的世界遗产地。
太平洋环境组织在发展中开始把注意力放在更广阔的环太平洋周边地区。例如，他们将12个太平洋周边组织组成“火环”同盟，以保护该地区的年代较老的森林。
拯救中国海洋网
2004年4月，太平洋环境组织帮助创建了第一个中国保护海洋的联盟——拯救中国海洋网。各种国际和本土的环境组织、各类媒体、中国海洋学家都可参与其中，他们把应对珍稀海洋生物的非法交易作为当前工作的重点。为了取得更大的影响，他们已经在保护生物敏感栖息地、迫使国际金融组织采取更加严格的环境标准，以及保护海洋等脆弱生态系统方面取得了关键性的胜利。拯救中国海洋网努力填补环境科学研究与环境运动之间的空白。通过拯救中国海洋网，太平洋环境组织为社团和环境科学家提供合作的桥梁。拯救中国海洋网利用网络这个通信工具，将那些地域上遥远的草根组织密切结合起来。
支持草根组织
太平洋环境组织一直关心草根组织最迫切的需要。他们每年都和全球绿色资助基金合作，为中国大约50多家草根组织提供基金与支持，使其成功开展工作。他们的合作伙伴在中国产生了巨大影响。在新疆，一个由社团建立的环境网络努力增强全国对新疆地区土地沙漠化的注意力。在黑龙江，2003年，学生社团筹划了一场基于网络的、停止买卖玳瑁及其制品的运动。在北京，他们成功地说服了100多家国营餐馆停止使用一次性木筷。此外，太平洋环境组织还与中国石油和环境网络、“绿眼睛”、绿色安徽、“绿驼铃”等组织有合作。