根据有关报道，在2001年“五一”黄金周期间，黄果树瀑布却让远道而来的游客大为失望。常年被飞瀑急流冲刷的断崖上，只有“一股细流，几行清泪”的凄清景象，旅游手册中“远隔五里，即闻瀑声”的介绍成为历史。据有关部门介绍，在此期间，黄果树瀑布上游的河水平均流量仅为1立方米/秒。据估算，流量至少要达到4立方米/秒，瀑布的水帘才能覆盖1/3的瀑面，形成最一般的景观。
那么，瀑布究竟是如何形成的？
瀑布，地质学上叫做跌水，是由地球内力和外力作用而形成的。在一般情况下，河流总是透过侵蚀和淤积过程来平整流动途中的不平坦之处。经过一段时间的流淌以后，河流长长的纵断面形成一条平滑的弧线。由于地表变化，流动的河水突然地、近于垂直地或较大落差地跌落，这样的地区就形成了瀑布。对于瀑布来说，源源不断的水流“供给”是其长存的基本保证。总而言之，要形成一道壮观的瀑布，除了需要高低突变的地形，还需要有足够的水才行。
从地理位置上来看，黄果树大瀑布处于长江和珠江两大水系的分水岭，境内岩溶地貌十分发育，暗河与伏流、地表水与地下水明暗交错。地处分水岭，又属于河源瀑布，水流量受降水的影响较大，加上是岩溶地貌，漏水、跑水多，所以瀑布水量保持长期丰沛较难。
黄果树瀑布的壮阔与纤细、奔流与断流，是由地面河打邦河和岩溶地下河的水流量大小决定的。黄果树上游段由白马河、镇宁河、桂家河、大抵拱河、打邦河等5条地表河，从安顺西秀区渗流下来的对门寨河、宁谷河、桃水河、小屯河等地下河，及白马水库、桂家湖水库、杨家桥水库、蜜蜂水库、娄家坡水库、虹山水库等水库组成供水水源，流域面积2100平方千米。其河流流量决定瀑布的水量，而降水的多少，又影响河流流量。黄果树流域年降水1500毫米，一年的降雨日数占全年的50%，也就是说，黄果树瀑布水量有半年是自然雨水，有半年是靠自然生态调蓄供水。如果出现大雨、暴雨的时候，瀑布就会出现洪瀑；不下雨时，瀑布水量就小，或者断流。
有一个不可忽视的问题是，即使降水量很大，但降到漏水、跑水的岩溶地貌中，也容易造成水量流失。由于该地区是100%的碳酸盐岩石分布，拿黄果树瀑布流域来说，该流域石山裸岩占总面积的13.73%，可以称作是一个“下雨水往地面走，无雨水往地下流”的地区。
概括来说，造成黄果树瀑布水流量减少有以下几个方面的原因：
第一，聚湖泊水、水库拦截水源直接影响瀑布的水源来源。
瀑布上游的湖泊、水库由于农业灌溉和自身旅游发展的需要，在枯水季节要开闸灌溉或关闸保水，都会直接影响黄果树瀑布的水量。
第二，耕地栽培作物面积的改变影响瀑布的水量。
在流域内，栽培的水稻、玉米等作物，通过耕地的作用，能在夏季留蓄雨水，减缓降水的流失速度，让瀑布的“急流”变为“长流”。豆类、薯类、麦类、高粱、油菜、烟草等作物，则在秋、冬、春三季根据生长的需要，以根部抽取地下水，加上湖泊水库储蓄灌溉水等方式，向流域内的河流进行补水，增加瀑布流量，让瀑布在旱季也能流淌。然而，20世纪60年代后，受经济利益的驱使，流域内的耕地，冬春季土地裸露面积达2000多公顷，既增加了蒸发量，也影响了地表水和地下水的水量。
第三，流域内森林面积的减少影响地表的保水功能。
20世纪60年代以来的乱砍滥伐，致使黄果树周围森林植被面积大量减少。造成了“夏季下雨留不住，旱季没水补瀑布”的局面。2002年，黄果树景区规划面积为115平方千米，加上景区的外围保护地带共310平方千米，其森林覆盖率仅为10.3%，不及全省平均水平的1/3，大瀑布和天星桥两个核心景区的森林覆盖率只达15.6%。黄果树景区的植被为次生植被，由于受人为活动的影响，原生植被被破坏殆尽。如今，原生常绿阔叶林已不复存在，现有植被为次生类型，并正沿着森林—灌木—草丛—裸岩的方向逆向发展。
森林的日渐稀少，植被的贫瘠，大量山石、土壤的裸露使得土地涵养水分功能大幅降低，通常会出现大雨时河水浑浊，小雨时瀑布细小，天晴日久则水源枯竭，甚至出现瀑布断流的现象。
第四，岩溶地貌的改变使供给瀑布的地表水、地下水水量发生了变化。
黄果树景区进行的坡改梯改变了地表土壤、岩石分布，使得原有的水系分布改变了。某些地区的坡改梯爆破震裂了地下河道的岩石，使地下水流淌方向和深度发生了改变。
第五，耕地面积的大量增加，增加了农业灌溉的用水量。
黄果树所在的打邦河上游地区，多年平均流量为30立方米/秒，径流量为9亿立方米，因该地支流较多，流水往往从支流渗入地下，影响瀑布的总水量。其支流桂家河，流域面积为361平方千米，按理来说，仅靠桂家河5立方米/秒的流量，已能形成瀑布。但是，由于土地荒山承包到户，人们为了占地的需要，使得大面积的草地、灌木树林变成了广种薄收的耕地。然而对这些耕地进行的灌溉大量地浪费了水，引流灌溉又改变了流水路径，影响了瀑布的流量。
据当地群众介绍，20世纪60年代以前，黄果树瀑布是不分丰水、枯水季节的，没有出现过枯水的状况，哪怕是在冬季，水流量也相当可观。2000年至2002年，黄果树瀑布因水量不足，一度瀑布变为细流，甚至断流。在2001年，暴发了多年来愈演愈烈的生态危机，成为黄果树瀑布历史上一个最为干涸和苦涩的5月，出现了自1990年以来最严重的枯水现象，由于瀑布景观“受损”，造成“五一”黄金周旅游团首次出现退团的难堪局面。然而现在，瀑布不仅有枯水期，而且枯水期呈明显的逐年延长的趋势，黄果树区域内的一些村庄也会出现井水枯竭、山泉干涸的状况。目前，枯水期已从20世纪80年代的每年2个月延长到5个月，甚至半年之久，尽管上游建了水库，采取夜蓄日放的手段进行缓解，但仍然不能从根本上解决问题。有关专家进行深入的研究后预言，如果不下大力气进行生态重建，50年后黄果树瀑布将不复存在。
经有关专家研究认为，流域内是岩溶地貌，上游长期不降雨是客观的自然因素。但上游森林植被减少，农作物植被改变，使得保水能力差；石漠化进程加快，蓄水的水库水量太少，大降水留不住；垦耕面积扩大，农业灌溉用水增加等人为因素，则是导致瀑布断流的直接原因。
1992年，当地在经过一年的精心准备后，黄果树瀑布向联合国教科文组织申报“世界自然遗产”。该组织经过一番认真的考察之后，指出，景区植被覆盖率低、环境差、人工痕迹和商业化气息过重，希望黄果树景区加快绿化和保护生态的步伐……但是，同期申请并接受考察的张家界和九寨沟却一次过关，“世界自然遗产”的美冠使得当地旅游经济大幅攀升。