但是，刑事诉讼公正和效益毕竟是两个不同的范畴。诉讼效益强调的是诉讼的迅速有效，它是以降低诉讼成本，简短诉讼周期，合理配置资源为目的。而刑事诉讼公正强调的是诉讼维护当事人公平正当的权益，使诉讼结果在最大限度上为当事人和社会公众所接受以满足他们对正义、自由、平等的要求。诉讼效益作为一种工具价值，可以通过具体的标准来衡量，如个案诉讼时间，办案率，上诉率等，诉讼效益是具体和绝对的；而诉讼公正作为一种理性价值，无法通过具体标准衡量，只能经由人们内心的接受程度来判定，它是抽象和相对的。
首先，刑事诉讼公正和效率本身的要求决定了它们的对立性。公正要求权利的最大实现，被告人、犯罪嫌疑人有充分表达自己权利的机会，控诉方对所指控的事实要有绝对优势证据来支持，法官以同等态度对待双方的意见，充分考虑采纳后再做出判决。对公正来说，诉讼程序设置得越多越好，四审终审显然要比二审终审更能有效地查清事实真相，达到公平的效果。而效益在刑事诉讼中则表现为提高资源利用的合理性，减轻诉讼成本，尽量减少不必要的诉讼环节，更多地使用简易程序，独任审判，选择书面审理，对证据提交的期限做出规定。由于过分追求迅速侦破，尽快起诉和审结案件，容易出现不严格遵守诉讼程序、不维护甚至侵犯当事人和其他诉讼参与人的诉讼权利、非法取证、证据不足“带病起诉”、草率定案等现象。追求公正必然导致程序的繁琐，而繁琐的诉讼程序则制约刑事诉讼效益的提高；追求效益必然导致程序简化，简化的诉讼程序则有可能漠视对诉讼参与人正当权益的保护，有可能出现诉讼结果的不公正。
其次，司法资源的有限性决定了公正与效益是一种此消彼长的对立关系。资源稀缺是刑事诉讼面临的一大难题，一个刑事案件从侦破到审结要花费大量的人财物，具有高耗能的特点。刑事诉讼是涉及公权利的诉讼，法院不向当事人收取诉讼费用，因此刑事诉讼中的费用大部分由国家分担。一方面，个案中投入太多的司法资源不仅不能使该案及时获得公正的判决，而且其他案件也会因司法资源缺乏而迟迟不能结案或草率结案。另一方面，不适当追求刑事诉讼效益会导致公正要求在刑事诉讼过程和结果中不能实现。对每一个案件不问性质情况，一律从简，从速处理，无视案件事实，侵害当事人的诉讼权利，诉讼公正就没有了程序的保障。
总之，刑事诉讼公正与效益两大价值目标的对立关系可以“鱼和熊掌”为喻，在一定的历史条件下，突出一方必须会减弱另一方。可能正源于此，有学者断言：任何一种程序设计，要完美无缺地充分显示效益与公正的双重价值是不可能的。